台灣農委會今年5月三讀通過升格農業部，並於8月1日正式揭碑運作。作為首任農業部長的陳吉仲，此前擔任農委會主委達四年半，但擔任農業部長僅50天，卻因為雞蛋進口爭議在9月19日晚間請辭下台。（延伸閱讀：《從「缺蛋」到「圖利廠商」爭議：巴西進口蛋何以成台灣輿論焦點｜Whatsnew》）
陳吉仲出身屏東農家，博士畢業於德克薩斯農工大學（Texas A&M University）農業經濟所。回台後，陳吉仲在國立中興大學應用經濟系任教，研究專長與國際農產貿易、農業政策有關。馬政府時代，陳吉仲是台灣農村陣線成員，長期參與包括反國光石化、318反服貿等社會運動。
2016年蔡英文上任後，時任行政院長林全延攬陳吉仲進入政府擔任農委會副主任委員。2019年，內閣改組時，陳吉仲獲留任並升任農委會主委。國民黨執政時的前主委陳武雄曾在臉書上說：「民進黨中真懂農業政策的只他一人。」
陳吉仲曾在接受專訪時表示，農委會要做的就是兩點：農民就是要收入增加，消費者就是要買到安全農產品。在農委會任內，陳吉仲將許多過去學界的討論轉換為政策，包括將農田水利會變成公務體系、盤點全國農地、土地和水資源等。陳吉仲任內也實現了自1988年520農運以來不斷被提及的訴求：成立農業部。（延伸閱讀：《疫情之下，誰替島嶼守住糧倉？台灣農運百年小史》）
陳吉仲習慣用大量補貼與優惠等國家支持手段推動農業政策，許多人稱讚他做事認真，願意解決產業問題。但也有人認為陳吉仲抓錯台灣農業發展的重點，還妨礙產業正常發展，造成國家資源的扭曲分配，滋生腐敗等。媒體《上下游》引述部分農民意見認為他無視產業意見，部分政策缺乏長期政策。《上下游》還特別提及，廢止農田水利會的決定，在政治及法律上都引發極大爭議。
過去近八年來，陳吉仲與農委會遭遇多次爭議，包括2019年禁止巴拉刈（一種高效而劇毒的除草劑）、2021年決定對走私進口的品種貓進行安樂死等。
其中，在他任內做出開放含有萊克多巴胺的豬肉進口最具爭議性。過去陳吉仲曾反對開放含有萊克多巴胺的豬肉進口，因此被外界質疑其立場反覆。陳吉仲對此則表示，做好配套措施，不怕開放符合安全容許量的萊豬輸入。（延伸閱讀：《愛用國豬最光榮？台灣豬的蹄爪，陷於三個迷思中》）
過去幾週內，有國民黨籍立法委員及立委參選人質疑農委會於3月開始的進口雞蛋專案圖利特定廠商、進口有食安風險的雞蛋等問題。17日晚間一度傳出其請辭獲准的消息，但隨即遭到行政院否認。9月19日上午他首度為造成「社會紛擾」鞠躬道歉，表示自己絕對不會戀棧，下午又召開臨時記者會釐清爭議，未料晚間即宣佈請辭。
陳吉仲在臉書發文對自己的辭職做出說明，他說，「對於專案進口雞蛋的執行過程遭到不實抹黑、造謠與指控，進而造成社會不應有的恐慌，並使農業部同仁遭受不該背負的指責，他一肩扛起責任，平息紛擾，因此決定請辭農業部長一職」。
對專案雞蛋進口爭議，陳吉仲指出，面對國內雞蛋供應不足，進口雞蛋是為顧及所有消費者糧食安全，並不影響國內蛋農生計，不直接調降雞蛋關稅，是考量到黑市價格猖獗問題，最後只會對消費者和蛋農造成傷害。
陳吉仲並細數其任內的農業政策改革。在他任內，農業部建立三保一金農民福利體系、精進農民健康保險、開辦農民職業災害保險、推動農業保險、建立農民退休儲金，「讓農民從農更有保障」。
而在台灣流行長達24年的口蹄疫，陳吉仲指在政府的努力下，不只從疫區除名，傳統豬瘟更在今年全面拔針，並持續防堵非洲豬瘟，讓台灣有機會成為亞洲豬隻三大重大疫病的非疫區。（延伸閱讀：《活在防疫最前線，金門人怎樣吃一口豬？》）
陳吉仲還指在他任內台灣農業不斷開拓新市場，以減低依賴中國大陸單一市場的危險：「雖然中國不斷以禁止輸入特定農漁產品作為恐嚇台灣農漁民的手段⋯⋯因此我們開拓新市場，讓中國以外的市場出口持續成長⋯⋯讓台灣農漁產品往高端國際市場邁進。」（延伸閱讀：《水果王國的美名與破口：中國打組合拳制裁，台灣如何走出農業困境？》）
在陳吉仲在臉書宣告請辭後，行政院證實已獲院長陳建仁勉予准辭。發言人林子倫表示，農業部陳吉仲部長近日多次向陳建仁院長表達歉意，並願負個人責任，19日晚間則再度向陳建仁表達堅辭之意，陳建仁尊重陳吉仲的決定，勉予准辭，並於21日生效。
林子倫說，陳建仁已指派農業部政務次長陳駿季暫代部長一職，並要求陳代理部長持續進行社會溝通說明，釐清各界疑慮。
前環保署副署長詹順貴與陳吉仲自2010年的反國光石化運動相識至今，兩人投入社運多年，並進入蔡英文政府任政務官，詹順貴對陳吉仲的請辭向端傳媒表示，他其實支持陳吉仲的決定，在最近一個多禮拜，他看著陳吉仲幾乎都在農業部待到深夜12點，有時甚至更晚，「不值得，我相信他走了自己也鬆了一口氣」。
詹順貴說，也許執政黨短時間內也鬆了一口氣，但執政黨可能很快就會面臨到下一個議題攻防、或是下一個被鎖定攻擊的部會。「他也盡心盡力努力了七年多，該做的農業改革也做了，也開闊出一些好的政策，已經做得夠多了」，詹順貴說，陳吉仲脫離戰場後，或許回到學術圈，可以用輕鬆一點的方式生活。
實際上，陳吉仲在任內將改革深入過往難以企及的深水區，並完成將水利會改制農水署的任務，雖然反對聲浪不斷，但也擴大灌溉服務超過5.6萬公頃。詹順貴指出，這些改革攪動了既有的利益結構，阻擋了既得利益者，在利益重分配的過程中，勢必遭遇重重阻力，這些利益單位一但被改制為公務機關，就得依循公務系統去使用資源與金錢。
詹順貴認為，這些改革勢必衝擊到既有的利益結構，當然遭受反彈，「改革就是挑戰到既得利益，或是原先一個安定平衡的狀態。」
陳吉仲臉書提及，「在任內遭遇到各種認知作戰的抹黑攻勢」，詹順貴說，這些攻擊來自四面八方，並且是有系統性的攻擊，以官方體制去回應外界質疑與抹黑，永遠慢半拍，而急於反應又容易出錯。（延伸閱讀： 《新媒介上的台灣民族夢——如何面對社群離散與身份政治的挑戰？》）
詹順貴表示，如果下級單位提供回應的資料有誤，必須回過頭重新檢視判斷，耗費一定時間，「但網路時代一個議題打完沒多久，你來不及回應，下個議題又打來，訊息輪轉的速度太快。」他說，當政府要回應外界質疑，但輪動的攻勢馬上把你帶到下一個議題，他在民間看陳吉仲一直被攻擊，卻始終來不及回應，執政黨也為了選舉大局考量必須有所切割，「這讓有心要從事改革的人，到最後只得百口莫辯。」（延伸閱讀：《台北市長選戰陳時中遇社群亂流，凸顯民進黨哪些問題？》）