香港中文大學校董會12月13日通過決議，解僱中大副校長（行政）及秘書長吳樹培，即時生效。
中大校董會主席查逸超在下午見記者時，沒有透露吳樹培被解僱的原因，但稱吳樹培的行為難以配合大學現時需要和將來需要的工作，以大學良好管治為基線將其解僱。記者追問下，他提及吳樹培被指繞過校董會主席制訂校董會議程，以及曾聯署反對中大改組方案，形容這些行為只是「很多行為其中的兩個。」
記者會現場發放的新聞稿指，有鑑吳樹培近月因應校董會的一些重要事項的行為舉措，令校董會「對他能夠或願意以符合良好管治原則的方法去支持校董會工作，已失去信心」。大學會根據吳樹培的聘用合約條款，以現金代替通知期將其解僱，但查逸超未有回應現金金額為多少。查逸超指，校董以簡單、大多數通過決議，但具體票數為機密。（延伸閱讀：《校長閉門會議，融化了的異溫層——一名香港中大學生的觀察和思考》）
新聞稿又指，校董會決定，在委任新的副校長（行政）前，由常務副校長陳金樑署理其職務。吳樹培曾任的大學秘書長一職則委任副秘書長黃陳慰冰出任，任期至2024年12月31日。
吳樹培在2007年加入中大，2008年出任教務長，2011年起同時兼任大學秘書長。2017年4月起，吳樹培出任副校長（行政），並繼續以大學秘書長身份擔任大學校董會秘書。根據中大網站，他負責統籌大學的專業及行政服務，支援教學、研究及知識轉移等，並管理多個行政部門，包括校園發展處、物業管理處、財務處、人力資源處、內部審核處，以及大學秘書處等。
今年六月，三名建制派立法會議員校董提出一份私人立法草案修訂《中大條例》，改組中大的校董會構成和校長聘用機制。三名立法會議員為自由黨的立法會飲食界議員張宇人、民建聯的新界北立法會議員劉國勳，以及工聯會的九龍東立法會議員鄧家彪。（延伸閱讀：《香港中大校董會改制草案持續爭議，涉大學自主與校長人選｜Whatsnew》）
七月底，校友評議會選任校董楊于銘和兩名中大校友發起網上聯署，反對三名議員校董提出的方案，並提出「多方共贏方案」，包括立法會議員席位由三席減至二席、校友評議會代表席位由三席減至二席，以及聘任校長及常務副校長須得校董會同意及投票通過，所得票數由目前的簡單多數提升至三分之二。
聯署獲逾千名中大校友的簽名，而吳樹培為聯署人之一。
在7月28日的立法會法案委員會中，吳樹培被多次點名批評。查逸超稱，吳樹培在校董會7月中開會前，在未獲他的同意或知情下，擅自制訂及發放議程。工聯會立法會議員、中大校友梁子穎表示，中大管理「黑箱作業」，吳樹培「隻手遮天」，委員會主席則質疑吳樹培參加聯署有違中立。
據香港01報導，在8月1日的中大校董會會議上，吳樹培被批評參與聯署有違中立、又被指曾「僭越」校董會主席權力制訂議程，被停止參與校內改組工作，並需在5日內向校董會提交報告。
11月1日，立法會三讀通過修訂《中大條例》草案，校董會人數將由55人減至34人；校外成員由佔一半增至超過三分之二；3名議員校董數目維持不變。另外，聘任校長和常務副校長的門檻提高，由原先的委員會遴選、校董會聘任，改至須獲校董會全體成員四分之三投票通過。
中大改組爭議亦延伸出針對中大校長段崇智的風波。當查逸超被問及校董會有否計劃彈劾段崇智時，他指校董會議程為機密，不方便透露。
【以下為12月13日21:00更新】
據《明報》等香港媒體報導，吳樹培已對中大的解僱舉措做出回應，指自己為中大忠誠工作多年，面對如此結果「感到極大的愕然、悲憤及難過，內心感受無法形容」，他稱有個別校董和社會人士「一而再對我作出毫無根據的嚴重誹謗，我是非常遺憾，並保留作出追究的法律權利。」
吳樹培指他在被解僱當日才得到校方宣佈指有一個三人小組已成立並完成了對他的調查。他指校董會主席曾在10月中旬通知他會成立一個小組對他進行調查，但過去兩個月來一直沒有被邀請參與調查或答辯，或被要求提供資料。結果是還未有機會就指控及批評作出申辯便被解僱。
吳又指無法認同校董會聲明中對他「能夠或願意以符合良好管治的原則的方式去支持校董會的工作，已失去信心」的指控，「是指控我的專業操守抵觸了大學良好管治原則，這實在對我構成了嚴重的不公。」