台湾农委会今年5月三读通过升格农业部，并于8月1日正式揭碑运作。作为首任农业部长的陈吉仲，此前担任农委会主委达四年半，但担任农业部长仅50天，却因为鸡蛋进口争议在9月19日晚间请辞下台。（延伸阅读：《从“缺蛋”到“图利厂商”争议：巴西进口蛋何以成台湾舆论焦点｜Whatsnew》）
陈吉仲出身屏东农家，博士毕业于德克萨斯农工大学（Texas A&M University）农业经济所。回台后，陈吉仲在国立中兴大学应用经济系任教，研究专长与国际农产贸易、农业政策有关。马政府时代，陈吉仲是台湾农村阵线成员，长期参与包括反国光石化、318反服贸等社会运动。
2016年蔡英文上任后，时任行政院长林全延揽陈吉仲进入政府担任农委会副主任委员。2019年，内阁改组时，陈吉仲获留任并升任农委会主委。国民党执政时的前主委陈武雄曾在脸书上说：“民进党中真懂农业政策的只他一人。”
陈吉仲曾在接受专访时表示，农委会要做的就是两点：农民就是要收入增加，消费者就是要买到安全农产品。在农委会任内，陈吉仲将许多过去学界的讨论转换为政策，包括将农田水利会变成公务体系、盘点全国农地、土地和水资源等。陈吉仲任内也实现了自1988年520农运以来不断被提及的诉求：成立农业部。（延伸阅读：《疫情之下，谁替岛屿守住粮仓？台湾农运百年小史》）
陈吉仲习惯用大量补贴与优惠等国家支持手段推动农业政策，许多人称赞他做事认真，愿意解决产业问题。但也有人认为陈吉仲抓错台湾农业发展的重点，还妨碍产业正常发展，造成国家资源的扭曲分配，滋生腐败等。媒体《上下游》引述部分农民意见认为他无视产业意见，部分政策缺乏长期政策。《上下游》还特别提及，废止农田水利会的决定，在政治及法律上都引发极大争议。
过去近八年来，陈吉仲与农委会遭遇多次争议，包括2019年禁止巴拉刈（一种高效而剧毒的除草剂）、2021年决定对走私进口的品种猫进行安乐死等。
其中，在他任内做出开放含有莱克多巴胺的猪肉进口最具争议性。过去陈吉仲曾反对开放含有莱克多巴胺的猪肉进口，因此被外界质疑其立场反复。陈吉仲对此则表示，做好配套措施，不怕开放符合安全容许量的莱猪输入。（延伸阅读：《爱用国猪最光荣？台湾猪的蹄爪，陷于三个迷思中》）
过去几周内，有国民党籍立法委员及立委参选人质疑农委会于3月开始的进口鸡蛋专案图利特定厂商、进口有食安风险的鸡蛋等问题。17日晚间一度传出其请辞获准的消息，但随即遭到行政院否认。9月19日上午他首度为造成“社会纷扰”鞠躬道歉，表示自己绝对不会恋栈，下午又召开临时记者会厘清争议，未料晚间即宣布请辞。
陈吉仲在脸书发文对自己的辞职做出说明，他说，“对于专案进口鸡蛋的执行过程遭到不实抹黑、造谣与指控，进而造成社会不应有的恐慌，并使农业部同仁遭受不该背负的指责，他一肩扛起责任，平息纷扰，因此决定请辞农业部长一职”。
对专案鸡蛋进口争议，陈吉仲指出，面对国内鸡蛋供应不足，进口鸡蛋是为顾及所有消费者粮食安全，并不影响国内蛋农生计，不直接调降鸡蛋关税，是考量到黑市价格猖獗问题，最后只会对消费者和蛋农造成伤害。
陈吉仲并细数其任内的农业政策改革。在他任内，农业部建立三保一金农民福利体系、精进农民健康保险、开办农民职业灾害保险、推动农业保险、建立农民退休储金，“让农民从农更有保障”。
而在台湾流行长达24年的口蹄疫，陈吉仲指在政府的努力下，不只从疫区除名，传统猪瘟更在今年全面拔针，并持续防堵非洲猪瘟，让台湾有机会成为亚洲猪只三大重大疫病的非疫区。（延伸阅读：《活在防疫最前线，金门人怎样吃一口猪？》）
陈吉仲还指在他任内台湾农业不断开拓新市场，以减低依赖中国大陆单一市场的危险：“虽然中国不断以禁止输入特定农渔产品作为恐吓台湾农渔民的手段⋯⋯因此我们开拓新市场，让中国以外的市场出口持续成长⋯⋯让台湾农渔产品往高端国际市场迈进。”（延伸阅读：《水果王国的美名与破口：中国打组合拳制裁，台湾如何走出农业困境？》）
在陈吉仲在脸书宣告请辞后，行政院证实已获院长陈建仁勉予准辞。发言人林子伦表示，农业部陈吉仲部长近日多次向陈建仁院长表达歉意，并愿负个人责任，19日晚间则再度向陈建仁表达坚辞之意，陈建仁尊重陈吉仲的决定，勉予准辞，并于21日生效。
林子伦说，陈建仁已指派农业部政务次长陈骏季暂代部长一职，并要求陈代理部长持续进行社会沟通说明，厘清各界疑虑。
前环保署副署长詹顺贵与陈吉仲自2010年的反国光石化运动相识至今，两人投入社运多年，并进入蔡英文政府任政务官，詹顺贵对陈吉仲的请辞向端传媒表示，他其实支持陈吉仲的决定，在最近一个多礼拜，他看著陈吉仲几乎都在农业部待到深夜12点，有时甚至更晚，“不值得，我相信他走了自己也松了一口气”。
詹顺贵说，也许执政党短时间内也松了一口气，但执政党可能很快就会面临到下一个议题攻防、或是下一个被锁定攻击的部会。“他也尽心尽力努力了七年多，该做的农业改革也做了，也开阔出一些好的政策，已经做得够多了”，詹顺贵说，陈吉仲脱离战场后，或许回到学术圈，可以用轻松一点的方式生活。
实际上，陈吉仲在任内将改革深入过往难以企及的深水区，并完成将水利会改制农水署的任务，虽然反对声浪不断，但也扩大灌溉服务超过5.6万公顷。詹顺贵指出，这些改革搅动了既有的利益结构，阻挡了既得利益者，在利益重分配的过程中，势必遭遇重重阻力，这些利益单位一但被改制为公务机关，就得依循公务系统去使用资源与金钱。
詹顺贵认为，这些改革势必冲击到既有的利益结构，当然遭受反弹，“改革就是挑战到既得利益，或是原先一个安定平衡的状态。”
陈吉仲脸书提及，“在任内遭遇到各种认知作战的抹黑攻势”，詹顺贵说，这些攻击来自四面八方，并且是有系统性的攻击，以官方体制去回应外界质疑与抹黑，永远慢半拍，而急于反应又容易出错。（延伸阅读： 《新媒介上的台湾民族梦——如何面对社群离散与身份政治的挑战？》）
詹顺贵表示，如果下级单位提供回应的资料有误，必须回过头重新检视判断，耗费一定时间，“但网路时代一个议题打完没多久，你来不及回应，下个议题又打来，讯息轮转的速度太快。”他说，当政府要回应外界质疑，但轮动的攻势马上把你带到下一个议题，他在民间看陈吉仲一直被攻击，却始终来不及回应，执政党也为了选举大局考量必须有所切割，“这让有心要从事改革的人，到最后只得百口莫辩。”（延伸阅读：《台北市长选战陈时中遇社群乱流，凸显民进党哪些问题？》）