5月19日，因应台湾疫情升温，全台升至三级警戒，直到7月27日降回二级警戒，共计69天。按指挥中心规划，二级警戒至少持续至8月9日。在过去的一周内，5月16日至22日，本土确诊共3181例（含校正回归案例），而近一周、7月25日至31日，本土确诊总数已降至104例。
今（1）日下午最新数据，尚未列入此表中。1日指挥中心最新公布，新增12例本土、2例境外移入个案，新增2死亡个案。
自三级警戒的第一周开始，端传媒即以“疫情周报：数据仪表板”的方式，追踪台湾疫情数据，收集专家意见，对于政府数据缺漏提出疑问，并将数据视觉化，方便读者掌握台湾疫情动态，迄今十一周。由于台湾指挥中心已在本周宣布三级警戒解除，下一周的数据周报将停止更新。
【8月10日更新】
据台湾政府提供的数据，7月24日至31日，死亡个案仅新增1例；然而，8月7日，指挥中心宣布新增12例死亡，死亡日却介于7月22日至7月30日。
指挥官陈时中称，7月23日时程式有所修改，导致撷取档案时资料不全，“前阵子个案数都是零，后来判定单位觉得有些怪异，从档案中搜寻，发现有部分档案没有转进来”，新增的12例死亡中，有11例因而较晚被公布。
对此，国民党党主席江启臣8月9日以“死亡人数也开始『校正回归』？”为题，于脸书撰文质疑染疫死亡“到底有没有黑数”，要求政府向人民释疑。
卫福部：疫情低度流行，可维持缓慢下降趋势
5月中旬，三级警戒开始后，确诊案例大幅增加，受筛检量能、通报程序影响，确诊案例出现“塞车”状况，5月22日至6月6日间因而出现“校正回归”情形，一度引起舆论哗然，也连带影响民众对指挥中心的信任。
由“数据仪表板”中“未检验的检体数量”栏位可见，5月排除数一直远低于通报数，两个数字于后渐趋相同，近一周通报数每日平均约21718、排除数则是21554，可见通报流程简化、效率提升的效果。
过去七天，单日本土确诊数都在10至21例间。卫福部7月29日至行政院会报告“COVID-19疫情现况及应处作为”，认为疫情曲线可维持缓慢下降趋势，未来一周每日发病新增可能维持30例至50例以下；同日疫情记者会上，有媒体询问，近期每日确诊数低于30例至50例，是否代表有潜在病例？是否不可能回到确诊“加零”？
指挥中心指挥官陈时中回应，每日确诊低于30例至50例是非常低的数字，近期每日确诊数约20例上下，希望持续维持，随着居家隔离对象慢慢解除隔离，新增案例会愈少，确诊案例数应该还会往下降，虽仍可能有群聚事件，但处理群聚事件的经验与速度已增快许多；陈时中也称，疫情控制不以零确诊为目标，因此不会有潜在案例没报出来，但若有零确诊出现，“我们确实会很高兴。”
关于解除隔离相关内容，第八周的疫情周报我们曾统整标准的异动历程。7月20日，指挥中心在全国防疫会议后，决议再次调整，新闻稿写道：
“针对地方政府所提，确诊者其症状缓解且检疫期满，惟经采检后Ct值<30，可继续于加强版集中检疫所或防疫旅馆进行居家隔离；至居家隔离或居家检疫期满，惟采检阳性但Ct值>30之处置方式，仍请依确诊者处置方式办理，至2采后Ct值均>30者，可解除居家隔离，但其密切接触者应办理疫调匡列。”
因仍不确定此一版本与原版本的差异，向指挥中心询问，经过此次调整，解除隔离的标准与原订版本有何差异？更动的依据为何？
指挥中心公关室表示，会再向相关业务单位询问，但距离端传媒记者提问已超过一周，仍未得到指挥中心的说明及回应。
近期确诊个案解隔离情形，5月11日至7月29日累计公布14,438位确诊个案中，已有12,856人解除隔离，解隔离人数达确诊人数89.0%。
近一周仅1人死亡，但重症率、致死率未下降
除了疫情曲线趋缓，死亡个案数也大幅下降：过去七天，仅新增1例死亡个案，截至7月31日，累计787人死亡，其中有695例年龄大于60岁、占比约88.3%。
但舆论一直认为，台湾的致死率数字过高：截至7月31日，以“确诊者死亡比”（Case Fatality Ratio，简称 CFR）方式衡量的致死率，台湾约为5.02%，美国1.8%、英国2.2%、日本1.7%、南韩1.1%。
彭博社（Bloomberg）也注意到台湾的高致死率，在7月26日的报导中，将其归咎于自满心态（driven by complacency）。综合彭博社对台湾前疾管署长张鸿仁、香港行政会议成员林正财（也是港府疫苗政策团队成员）的采访内容，这篇报导认为，台湾致死率高，与政府未在病例数较低时积极接种疫苗、提升筛检能力、强化医疗量能有关。
我们在第七周的“数据仪表板”曾简介“致死率偏高”议题：数据的计算，会受检测人数、人口结构、医疗照护系统限制，详见第七周的疫情周报。
致死率的高低，也与重症率有关。6月1日，确诊个案重症率为16.3%，60岁以上则有30.2%；截至7月31日，重症率上升至19.5%，60岁以上增幅更大、增至38.8%。
为降低致死率及重症率，在前线医护、防疫人员接种疫苗后，指挥中心优先让高龄者施打疫苗，作为预防措施。除此之外，6月的作为还包括：采购已通过美国食药署“紧急使用授权”（EUA）的单株抗体药物bamlanivimab、高流量氧气鼻导管全配系统（HFNC），减少轻中症者转为重症；大量采购、储备用于治疗重症者的药物瑞德西韦，并委请疾管署增加类固醇订购量，于患者呼吸困难时使用、降低死亡机率。
7月5日的防疫记者会上，指挥中心专家谘询小组召集人张上淳分析疫情资料时表示，使用单株抗体对病人有很大帮助，更能减少重症死亡状况。
政府的疫苗数据资料：无法回看过去资料，中途有数次错误
接种疫苗后仍可能染疫，但诚如上述，可避免重症死亡，疫苗相关数据故为防疫重要指标。截至7月30日，台湾疫苗“接种一剂涵盖率”为 32.82%、“接种二剂涵盖率”为 1.62%，“剂次人口比”则是34.4。过去七日，疫苗平均施打速度每日约21.8万人次（上周日则为17.8万人次），以此速度估算，“接种一剂涵盖率”要达到 40%、60% 分别还需约6天、28天。
在第九周、第十周的疫情周报，我们说明了“疫苗接种涵盖率”、“剂次人口比”的差异及意义。过去这段时间，卫福部疾管署每日于“COVID-19 疫苗统计资料”专区上传的档案，经过多次改变：
6月9日前，仅公告疫苗接种累计人次，自6月10日起增加公布AZ、莫德纳疫苗个别接种人次；6月22日起，新增第二剂接种人次，我们因而能计算“接种二剂涵盖率”；7月9日起，开始公告县市别疫苗累计配送剂数与接种人次，我们透过这些数据，计算各县市“剂次人口比”、比较区域间的差异。
但7月27日起，政府不再继续公布县市别疫苗累计配送剂数与接种人次，各县市累计配送剂数、第一剂及第二剂个别的累计接种人次、以及疫苗剩余量，都无法继续掌握。
7月29日，陈时中在疫情记者会上表示，暂时不会公布各县市疫苗剩余量，以“避免比较心理”：“每个县市有它的想法，剩的多会被说打得慢，剩的少又会被说打太快 ，所以要避免比较心理”。
出于官方的这项调整，我们无法继续透过“剂次人口比”衡量区域分配的现况。端传媒计算台湾各地疫苗“剂次人口比”，自7月9日至7月26日，六都数据分别为：台北市由20.19升至40.43、新北市由12.46升至29.97、桃园市由15.03升至29.03、台中市由13.92升至28.26、台南市由13.2升至26.52、高雄市由14.17升至29.59；最高的县市连江县，由54.69升至69.16，最低的新竹县则由9.02升至22.16。
另外，台湾政府采用逐日更新、不可回溯的方式更新疫苗统计资料，仅能在当日下载前一天的资料，隔日过往的资料便无法再翻查。端传媒曾试图向指挥中心索取过往特定日期的疫苗数据，以核实相关资料，指挥中心回应：
“疫苗统计资料可能依医疗机构补上传资料而随时变动，故各项数据皆可能回补修正先前之统计资料，指挥中心在每日记者会后于官网公布前一日疫苗统计相关数据，不另提供过往之数据资料，建议每日于该页面取得留存。”
新竹县卫生局直至上周，都还会在网站上的“COVID-19疫苗专区”留存疫苗资料，但近日端传媒记者发现，该连结会直接导入卫福部的疫苗专区，也无法回溯过往资料。端传媒记者就此致电询问，新竹县卫生局表示，考量卫福部官方为最新、确认无误的资料，且没有民众反映有翻查过往数据的需求，因此决议撤下相关资料，直接导流至卫福部的最新资料。
事实上，端传媒记者曾在翻查疫苗数据时发现多处应勘误的部分，包括但不限于：6月23日，将“接种人口涵盖率”以接种一剂＋二剂的累计人次计算，但6月24日之后都是以接种一剂累计人次计算，同一指标采用不同算式却未说明；7月2日，将接种一剂＋二剂累计人次误植为接种一剂累计人次，数个小时更正后重新上载，但没有公告、也未向传媒通知原先提供的资料有误。
端传媒将现有的疫苗资料全数汇整上传云端硬碟，读者可点选连结参阅。
外国疫苗陆续抵台，蔡英文宣布施打国产“高端”疫苗
本周，台湾预计取得的疫苗中，有18.4%已到货，较上周增加1.2%：
7月26日，捷克卫生部长渥伊泰赫（Adam Vojtěch）宣布，将捐赠台湾3万剂疫苗。捷克成为立陶宛、斯洛伐克之后，第三个宣布捐赠疫苗给台湾的欧洲国家。
7月27日，政府订购之AZ疫苗第四批抵台，约有58.2万剂。指挥中心指出，与AZ药厂签署1,000万剂COVID-19疫苗供应合约，先前已到货3月3日11.7万剂、7月7日62.6万剂、7月15日56万剂，本次提供第四批疫苗，截至目前总计约188.5万剂到货。
7月31日，立陶宛宣布捐赠的2万剂AZ疫苗抵台。台湾外交部指出，立陶宛捐赠台湾的疫苗原预订在今年9月底运抵台湾，但在立陶宛政府积极推动并经双方密切协调下，提前两个月运达。
另外，台湾国产高端疫苗于7月25日纳入公费接种作业计划，并于7月27日新增至疫苗预约平台的意愿登记选项。7月28日，总统蔡英文表示，“我已经完成疫苗意愿登记，并且选择接种国产高端疫苗。”
截至7月31日17时，疫苗意愿登记只选AZ疫苗有768,534人、占比6.55%；选择AZ与莫德纳有6,073,185人，占比51.79%；选择AZ、莫德纳及高端有566,304人、占比4.83%；选择AZ、高端为28,718人、占比0.24%；只选莫德纳有4,021,008人、占比34.29%；选择莫德纳与高端有113,720人，占比0.97%；只选高端有155,641人、占比1.33%。