5月19日，因應台灣疫情升溫，全台升至三級警戒，直到7月27日降回二級警戒，共計69天。按指揮中心規劃，二級警戒至少持續至8月9日。在過去的一週內，5月16日至22日，本土確診共3181例（含校正回歸案例），而近一週、7月25日至31日，本土確診總數已降至104例。
今（1）日下午最新數據，尚未列入此表中。1日指揮中心最新公布，新增12例本土、2例境外移入個案，新增2死亡個案。
自三級警戒的第一週開始，端傳媒即以「疫情週報：數據儀表板」的方式，追蹤台灣疫情數據，收集專家意見，對於政府數據缺漏提出疑問，並將數據視覺化，方便讀者掌握台灣疫情動態，迄今十一週。由於台灣指揮中心已在本週宣布三級警戒解除，下一週的數據週報將停止更新。
【8月10日更新】
據台灣政府提供的數據，7月24日至31日，死亡個案僅新增1例；然而，8月7日，指揮中心宣布新增12例死亡，死亡日卻介於7月22日至7月30日。
指揮官陳時中稱，7月23日時程式有所修改，導致擷取檔案時資料不全，「前陣子個案數都是零，後來判定單位覺得有些怪異，從檔案中搜尋，發現有部分檔案沒有轉進來」，新增的12例死亡中，有11例因而較晚被公布。
對此，國民黨黨主席江啟臣8月9日以「死亡人數也開始『校正回歸』？」為題，於臉書撰文質疑染疫死亡「到底有沒有黑數」，要求政府向人民釋疑。
衛福部：疫情低度流行，可維持緩慢下降趨勢
5月中旬，三級警戒開始後，確診案例大幅增加，受篩檢量能、通報程序影響，確診案例出現「塞車」狀況，5月22日至6月6日間因而出現「校正回歸」情形，一度引起輿論譁然，也連帶影響民眾對指揮中心的信任。
由「數據儀表板」中「未檢驗的檢體數量」欄位可見，5月排除數一直遠低於通報數，兩個數字於後漸趨相同，近一週通報數每日平均約21718、排除數則是21554，可見通報流程簡化、效率提升的效果。
過去七天，單日本土確診數都在10至21例間。衛福部7月29日至行政院會報告「COVID-19疫情現況及應處作為」，認為疫情曲線可維持緩慢下降趨勢，未來一週每日發病新增可能維持30例至50例以下；同日疫情記者會上，有媒體詢問，近期每日確診數低於30例至50例，是否代表有潛在病例？是否不可能回到確診「加零」？
指揮中心指揮官陳時中回應，每日確診低於30例至50例是非常低的數字，近期每日確診數約20例上下，希望持續維持，隨著居家隔離對象慢慢解除隔離，新增案例會愈少，確診案例數應該還會往下降，雖仍可能有群聚事件，但處理群聚事件的經驗與速度已增快許多；陳時中也稱，疫情控制不以零確診為目標，因此不會有潛在案例沒報出來，但若有零確診出現，「我們確實會很高興。」
關於解除隔離相關內容，第八週的疫情週報我們曾統整標準的異動歷程。7月20日，指揮中心在全國防疫會議後，決議再次調整，新聞稿寫道：
「針對地方政府所提，確診者其症狀緩解且檢疫期滿，惟經採檢後Ct值<30，可繼續於加強版集中檢疫所或防疫旅館進行居家隔離；至居家隔離或居家檢疫期滿，惟採檢陽性但Ct值>30之處置方式，仍請依確診者處置方式辦理，至2採後Ct值均>30者，可解除居家隔離，但其密切接觸者應辦理疫調匡列。」
因仍不確定此一版本與原版本的差異，向指揮中心詢問，經過此次調整，解除隔離的標準與原訂版本有何差異？更動的依據為何？
指揮中心公關室表示，會再向相關業務單位詢問，但距離端傳媒記者提問已超過一週，仍未得到指揮中心的說明及回應。
近期確診個案解隔離情形，5月11日至7月29日累計公布14,438位確診個案中，已有12,856人解除隔離，解隔離人數達確診人數89.0%。
近一週僅1人死亡，但重症率、致死率未下降
除了疫情曲線趨緩，死亡個案數也大幅下降：過去七天，僅新增1例死亡個案，截至7月31日，累計787人死亡，其中有695例年齡大於60歲、占比約88.3%。
但輿論一直認為，台灣的致死率數字過高：截至7月31日，以「確診者死亡比」（Case Fatality Ratio，簡稱 CFR）方式衡量的致死率，台灣約為5.02%，美國1.8%、英國2.2%、日本1.7%、南韓1.1%。
彭博社（Bloomberg）也注意到台灣的高致死率，在7月26日的報導中，將其歸咎於自滿心態（driven by complacency）。綜合彭博社對台灣前疾管署長張鴻仁、香港行政會議成員林正財（也是港府疫苗政策團隊成員）的採訪內容，這篇報導認為，台灣致死率高，與政府未在病例數較低時積極接種疫苗、提升篩檢能力、強化醫療量能有關。
我們在第七週的「數據儀表板」曾簡介「致死率偏高」議題：數據的計算，會受檢測人數、人口結構、醫療照護系統限制，詳見第七週的疫情週報。
致死率的高低，也與重症率有關。6月1日，確診個案重症率為16.3%，60歲以上則有30.2%；截至7月31日，重症率上升至19.5%，60歲以上增幅更大、增至38.8%。
為降低致死率及重症率，在前線醫護、防疫人員接種疫苗後，指揮中心優先讓高齡者施打疫苗，作為預防措施。除此之外，6月的作為還包括：採購已通過美國食藥署「緊急使用授權」（EUA）的單株抗體藥物bamlanivimab、高流量氧氣鼻導管全配系統（HFNC），減少輕中症者轉為重症；大量採購、儲備用於治療重症者的藥物瑞德西韋，並委請疾管署增加類固醇訂購量，於患者呼吸困難時使用、降低死亡機率。
7月5日的防疫記者會上，指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳分析疫情資料時表示，使用單株抗體對病人有很大幫助，更能減少重症死亡狀況。
政府的疫苗數據資料：無法回看過去資料，中途有數次錯誤
接種疫苗後仍可能染疫，但誠如上述，可避免重症死亡，疫苗相關數據故為防疫重要指標。截至7月30日，台灣疫苗「接種一劑涵蓋率」為 32.82%、「接種二劑涵蓋率」為 1.62%，「劑次人口比」則是34.4。過去七日，疫苗平均施打速度每日約21.8萬人次（上週日則為17.8萬人次），以此速度估算，「接種一劑涵蓋率」要達到 40%、60% 分別還需約6天、28天。
在第九週、第十週的疫情週報，我們說明了「疫苗接種涵蓋率」、「劑次人口比」的差異及意義。過去這段時間，衛福部疾管署每日於「COVID-19 疫苗統計資料」專區上傳的檔案，經過多次改變：
6月9日前，僅公告疫苗接種累計人次，自6月10日起增加公布AZ、莫德納疫苗個別接種人次；6月22日起，新增第二劑接種人次，我們因而能計算「接種二劑涵蓋率」；7月9日起，開始公告縣市別疫苗累計配送劑數與接種人次，我們透過這些數據，計算各縣市「劑次人口比」、比較區域間的差異。
但7月27日起，政府不再繼續公布縣市別疫苗累計配送劑數與接種人次，各縣市累計配送劑數、第一劑及第二劑個別的累計接種人次、以及疫苗剩餘量，都無法繼續掌握。
7月29日，陳時中在疫情記者會上表示，暫時不會公布各縣市疫苗剩餘量，以「避免比較心理」：「每個縣市有它的想法，剩的多會被說打得慢，剩的少又會被說打太快 ，所以要避免比較心理」。
出於官方的這項調整，我們無法繼續透過「劑次人口比」衡量區域分配的現況。端傳媒計算台灣各地疫苗「劑次人口比」，自7月9日至7月26日，六都數據分別為：台北市由20.19升至40.43、新北市由12.46升至29.97、桃園市由15.03升至29.03、台中市由13.92升至28.26、台南市由13.2升至26.52、高雄市由14.17升至29.59；最高的縣市連江縣，由54.69升至69.16，最低的新竹縣則由9.02升至22.16。
另外，台灣政府採用逐日更新、不可回溯的方式更新疫苗統計資料，僅能在當日下載前一天的資料，隔日過往的資料便無法再翻查。端傳媒曾試圖向指揮中心索取過往特定日期的疫苗數據，以核實相關資料，指揮中心回應：
「疫苗統計資料可能依醫療機構補上傳資料而隨時變動，故各項數據皆可能回補修正先前之統計資料，指揮中心在每日記者會後於官網公布前一日疫苗統計相關數據，不另提供過往之數據資料，建議每日於該頁面取得留存。」
新竹縣衛生局直至上週，都還會在網站上的「COVID-19疫苗專區」留存疫苗資料，但近日端傳媒記者發現，該連結會直接導入衛福部的疫苗專區，也無法回溯過往資料。端傳媒記者就此致電詢問，新竹縣衛生局表示，考量衛福部官方為最新、確認無誤的資料，且沒有民眾反映有翻查過往數據的需求，因此決議撤下相關資料，直接導流至衛福部的最新資料。
事實上，端傳媒記者曾在翻查疫苗數據時發現多處應勘誤的部分，包括但不限於：6月23日，將「接種人口涵蓋率」以接種一劑＋二劑的累計人次計算，但6月24日之後都是以接種一劑累計人次計算，同一指標採用不同算式卻未說明；7月2日，將接種一劑＋二劑累計人次誤植為接種一劑累計人次，數個小時更正後重新上載，但沒有公告、也未向傳媒通知原先提供的資料有誤。
端傳媒將現有的疫苗資料全數彙整上傳雲端硬碟，讀者可點選連結參閱。
外國疫苗陸續抵台，蔡英文宣布施打國產「高端」疫苗
本週，台灣預計取得的疫苗中，有18.4%已到貨，較上週增加1.2%：
7月26日，捷克衛生部長渥伊泰赫（Adam Vojtěch）宣布，將捐贈台灣3萬劑疫苗。捷克成為立陶宛、斯洛伐克之後，第三個宣布捐贈疫苗給台灣的歐洲國家。
7月27日，政府訂購之AZ疫苗第四批抵台，約有58.2萬劑。指揮中心指出，與AZ藥廠簽署1,000萬劑COVID-19疫苗供應合約，先前已到貨3月3日11.7萬劑、7月7日62.6萬劑、7月15日56萬劑，本次提供第四批疫苗，截至目前總計約188.5萬劑到貨。
7月31日，立陶宛宣布捐贈的2萬劑AZ疫苗抵台。台灣外交部指出，立陶宛捐贈台灣的疫苗原預訂在今年9月底運抵台灣，但在立陶宛政府積極推動並經雙方密切協調下，提前兩個月運達。
另外，台灣國產高端疫苗於7月25日納入公費接種作業計畫，並於7月27日新增至疫苗預約平台的意願登記選項。7月28日，總統蔡英文表示，「我已經完成疫苗意願登記，並且選擇接種國產高端疫苗。」
截至7月31日17時，疫苗意願登記只選AZ疫苗有768,534人、佔比6.55%；選擇AZ與莫德納有6,073,185人，佔比51.79%；選擇AZ、莫德納及高端有566,304人、佔比4.83%；選擇AZ、高端為28,718人、佔比0.24%；只選莫德納有4,021,008人、佔比34.29%；選擇莫德納與高端有113,720人，佔比0.97%；只選高端有155,641人、佔比1.33%。
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