近來保護藻礁、反對中油興建第三天然氣接收站的公投連署，因為國民黨的支持而導致支持環保運動中、特別是反國民黨的民眾內部的嚴重對立。

對保護藻礁公投有所疑慮、甚或大力抨擊的人士，一來是擔心保護藻礁公投會拉高國民黨所推動的重建核四公投的投票率，乃至於因此創造國民黨在下次選舉再起的契機；二來也擔心燃氣發電廠無法順利運作，會使得台灣在防疫成效下，台積電等護國神山擴充產能所帶動的經濟成長無以為繼，其後果有可能是造成核四必得重啟，或是削弱台灣的經濟實力，以致讓中國併吞台灣的野心更有實現的可能。

再加上關於發起護藻礁連署的核心人物的一些傳聞，更使得參與推動護藻礁連署的一些環保團體及其主事者背負了支持重啟核四，甚或寧可讓國民黨復辟、讓中國得以趁虛而入的罪名。