印尼連環爆炸再次將伊斯蘭國和其他穆斯林極端組織推向輿論焦點，印尼警方發言人表示，早在去年11月，便曾收到有關伊斯蘭國即將在印尼發動襲擊的警告。
警方發言人Anton Charliyan說，警方目前已將事件列為恐怖襲擊，並稱十一月下旬收到的警告稱，印尼「將會有一場表演（concert）」，意指會發動襲擊。
就在不久前，印尼安全部隊曾在全國展開搜查，拘捕宣誓效忠伊斯蘭國的極端組織頭目桑托斯（Santoso），並逮捕了數名計劃進行恐怖襲擊的伊斯蘭國支持者。
但桑托斯只是滄海一粟，目前在印尼、菲律賓及馬來西亞，分別有大批組織和成員，宣誓效忠伊斯蘭國，成為哈里發國的「海外聖戰士」。僅印尼就有至少七個激進伊斯蘭組織，宣佈效忠伊斯蘭國。
1.伊斯蘭祈禱團：是東南亞影響力最大的激進武裝組織之一，長期將組織成員送到阿富汗受訓，目的是在東南亞建立一個「大伊斯蘭國家」。2.拉斯卡吉哈：是印尼反基督教的伊斯蘭組織，目前已擁有超過一萬名成員。該組織曾公開表達支持9.11對美國的恐怖襲擊。3.伊斯蘭防衞者陣線：成立於1998年，組織遍布印度尼西亞22個省，領導層大多有阿拉伯血統。4.阿布薩耶夫：是菲律賓一個自治抗爭組織，目的是通過武裝鬥爭建立一個伊斯蘭國家，規模較小、手段激烈殘酷。5.摩洛伊斯蘭解放陣線：菲律賓國內最大的恐怖組織，約有三萬五千多名成員，受到來自馬來西亞、巴基斯坦、中東等地區激進伊斯蘭教團體的資助。
有外界分析指，伊斯蘭國希望在東南亞國家，尤其是穆斯林人口最多的印尼，建立「哈里發國」的衛星城，或者叫附屬國。
目前伊斯蘭國未在包括印尼、馬來西亞及菲律賓等東南亞穆斯林人口大國建立分支，伊斯蘭國「領土」內，印尼及馬來等國戰士也尚屬少數，據估算總數僅為數百名。不過他們在東南亞國家，尤其是印尼，卻有一套行之有效的方針：與當地原有的極端組織合作，進行招募、培訓，進而將東南亞戰士送往敘利亞、伊拉克等地，或者留在當地伺機而動。
由於本土極端組織號召力極強，外界擔憂，一旦被派遣到伊拉克和敘利亞的戰士回到國內，組織征召國內受訓的極端分子，很容易在短期內建立戰鬥力可觀的「戰鬥單位」，進而策劃發動襲擊。
美國國際開發署（USAID）的一份報告，認為伊斯蘭國尚未為東南亞地區安全帶來顯著威脅，不過也承認一旦伊斯蘭國在中東地區遭到重大打擊，丟失大量領土和兵源，「哈里發國」隨時有能力在東南亞「衛星城」開闢戰場，屆時上述東南亞國家將首當其衝，成為東南亞「哈里發國」推進的前線。
而現階段最可能出現的情況則是，部分接受訓練的極端武裝分子，由於區域內國家加強戒備，難以遠赴中東參與「聖戰」，只能留在本國。這批人員成為極不穩定因素，容易策劃針對官方機構、外國人甚至平民的襲擊。
而基地組織頭目扎瓦西里早前則發佈「伊斯蘭之春」系列錄音，其中最新一期24分鐘長的錄音中提到，東南亞國家，尤其是印尼、馬來西亞以及菲律賓，聖戰士已經準備好甦醒。
兩大恐怖組織對當地的取態一致，都認為東南亞穆斯林國家是「兵家必爭之地」，東南亞或許將成為下一個國際反恐前沿。