1月13日，香港警方國安處人員指要調查一宗協助通緝在逃人士案件，突擊搜查香港民意研究所（香港民研）主席及行政總裁鍾庭耀的住所，並將他帶走。其後，警方在早上10時把他載至黃竹坑南滙廣場的香港民研辦公室協助調查。
直至傍晚時分，鍾庭耀和另外兩位職員被帶離辦公室，他們未被扣上手扣。警方至少帶走6箱物品和數部電腦硬碟。
保安局局長鄧炳強13日中午見記者，表示「這一刻」未拘捕鍾庭耀，而是把他帶走協助警方調查，懷疑他和他的機構協助被通緝人士，並需要警方進一步調查才能確認。鄧炳強指是次行動跟該機構所作的民意調查沒有關係。
據報是次案件涉及正被通緝的香港民研前副行政總裁鍾劍華，網媒「香港01」報導指，國安處正追查民研與鍾劍華的聯繫，釐清民研和鍾庭耀是否有向鍾劍華提供資金，以及查找勾結外國勢力的證據。
鍾劍華自2024年12月24日起被香港警方懸紅100萬港元通緝，指其涉嫌「煽動分裂國家」及「勾結外國或者境外勢力危害國家安全」罪。警方稱他在2024年透過不同平台鼓吹港獨，又在2020年至2023年期間要求外國對中國及香港採取制裁、封鎖及敵對行動。
鍾庭耀當時表示，鍾劍華與研究所之間已無任何關係，亦很久沒有聯絡，並指國安處沒有搜查或聯絡民研，相信指控與研究所無關。他強調：「香港民研的研究工作完全不受事件影響。」
鍾劍華為前香港理工大學應用社會科學系助理教授，自2020年退休後在香港民研出任前副行政總裁。2022年4月，他在社交平台以「不願作逃兵，無奈需避秦」為題發文，宣布已離港赴英。他接受傳媒訪問時表示曾遭國安處多次約談。
鍾劍華昨天（13日）在社交平台發帖，指自2022年4月底參與一次網上民調發布會評論後，除了過年過節互發問好圖片外，便沒跟鍾庭耀聊天；他又在帖文中「祝願好人平安」。
此前曾發表家書，指留下不為抗爭為堅持
近年香港民研處於風眼位置。2020年7月民主派初選前夕，警方持搜查令到協助研發投票系統的香港民研辦公室，指有人涉及不誠實使用電腦，事件中沒有人被捕。翌年1月的初選案大抓捕中，香港民研的辦公室再被警方搜查，鍾庭耀和鍾劍華協助調查。警方解釋，搜查辦公室是要求香港民研協助調查案件，不是搜查投票人士的資料，也不屬拘捕行動。鍾劍華指投票人的個人資料已完全銷毀，呼籲市民不用憂慮。
2023年6月，香港民研「因應相關政府部門經過風險評估後的建議」，取消發布「六四週年調查報告」，同月宣布將取消四分一民調題目，並取消公布8項調查結果，轉為內部參考或付費查閱，當中包括紀律部隊民望、身份認同、六四事件的調查。鍾庭耀解釋是為了「與時共舞」，考慮了市民大眾對研究資料的渴求程度、資源、以及風險等。2024年，香港民研擱置多項調查，包括行政會議成員民望、六四事件、回歸、政治團體民望及紀律部隊民望。
2025年1月9日，香港民研舉行記者會，總結2024年的工作和公布今年發展方向。鍾庭耀表示有朋友指民研經營困難，市民不重視又面對風險，「答你都可能有危險」，令他想過「光榮結業」。
另外，他亦指也有人叫他離港。不過他決定留港，為香港繼續堅持現時的工作。「我自己認為我不是為了要抗爭一些什麼東西，而是為了一少少的堅持而已。」他說這種堅持由中學開始，「作為一個科學家，作為一個知識份子，應該講實話說真理。」
同日鍾庭耀在香港民研網站發表以《2025可是退休的好日子？》為題發表家書。他表示想過今年退休，但曾承諾編寫一本全球通用的民研教科書，「似乎還是退不了。」他又指三年前友人勸他離開，但他留下來，同樣「不是為了抗爭，而是為了堅持」。
鍾庭耀還在文中提到年輕時著迷天文，領悟前人對真理的執着。「宇宙的定律，不會因人而改。地心論、日心論、無神論、以至一切理論，可以一時受制於權柄，但真相從來不會因時制宜或因人而異。」他又引用印度聖雄甘地名言：「在歷史的長河裡，暴政必亡，真理必勝。」
2020年，鍾庭耀曾接受「香港01」專訪，指自己沒有入獄的準備，日後即使面對被捕風險，也不會離開香港。
投身民研逾三分一世紀，由港大民研過渡至獨立機構
鍾庭耀在民研領域工作超過三分一個世紀，在1991年成立「香港大學民意研究計劃（港大民研）」，為首批由大學主理的民意追蹤長期調查計劃。
多年來，港大民研進行特首及問責官員民望調查、選舉票站和遊行人數調查，以及不同範疇的民間投票項目，獲傳媒和學術研究廣泛引用，成為香港民情指標之一。
港大民研早年曾承受壓力，引發風波。
2000年，鍾庭耀在報刊撰文指時任特首董建華透過「中間人」向他施壓，要求停止特首及政府民調。
港大當時成立獨立調查小組調查，發現「中間人」為時任港大校長鄭耀宗及副校長黃紹倫，鄭耀宗解釋指董建華的特別助理路祥安約見他討論民調，希望阻止不利政府聲譽的民調結果。最終鄭耀宗及和黃紹倫宣布辭職。
2019年鍾庭耀退休，港大民研宣布脫離港大社會科學學院，成立獨立機構「香港民研」，自負盈虧接替港大民研的研究工作。香港民研在2019年7月1日正式運作。
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