我確確實實地告訴你們：一粒麥子如果不落在地裏死去，它仍然是一粒；如果死了，就結出很多子粒來。－－《約翰福音》12:24
一個自殺的牧師能不能上天堂？1996年楊雅惠牧師創辦同光同志長老教會，簡稱同光教會。跟一般教會不一樣，這是一個接納同志的會所。當時社會氣氛很不友善，很多人會惡意滋事。為了保護會眾，同光教會早期招募的時候，約可能的新成員見面要在公園，說好帶著一本紅色的聖經，甚至加註碰面的暗號，要經過好幾層審核，才會確認可不可以讓此人加入。2008年，創立同光教會的楊雅惠牧師在一般教會找不到工作，自述「全台灣的教會我幾乎都投過了，也請身邊的朋友幫忙，但是最後都石沉大海。」
楊雅惠不是同志，卻願意挺身而出，走在時代的前方，孤身帶領群眾。由於疾病、經濟、批評等種種原因，楊牧師燒炭自殺，留下僅印刷150本的遺著《揹著十字架的女牧師－－楊雅惠牧師的信仰歷程》。「死去的麥子落在地裏，會結出更多子粒」，這是《牧者》紀錄片的由來。但是製片起初來找盧盈良導演的時候，他是沒有興趣拍攝的，覺得同志議題在這時代已經稀鬆平常，好像沒有太多可說。
信仰與性向的恆久戰場
「許多感受是來自她（楊牧師）的自傳。所以我找一片荒野，她一個人，打著赤腳走。」
「隔一陣子製片失蹤，透過了解，發現製片跟家裏出櫃，他是第三代基督徒，被趕出家族。沒想到同志跟宗教扣在一起，衝突會這麼大。」盧盈良說，「經過介紹，我認識曾恕敏牧師，他給我楊牧師的自傳，看完非常感動。楊牧師對我來講是人權精神的展現，上網查詢，發現沒什麼紀錄著墨，維基百科只有短短兩行字，問了一些基督徒、同志基督徒，沒什麼人知道他。他的故事跟生命在我們的記憶中慢慢被遺忘，我覺得我要做點事情，決定要拍一部紀錄片。」
從2013年夏天拍到2017年年底，在十字架的巨大光環與陰影下，《牧者》跟隨三位基督徒的腳步，去窺看信仰與性向之間的恆久戰場。黃國堯牧師來自香港，因為創辦同志團契遭受排擠，數年前帶著妻子來到台灣，接下同光教會的職務；曾恕敏牧師則是出櫃同志，因為台灣教會很難接受同志牧者，必須打零工度日；小恩則完全被牧師之路抹除，當時長老教會總會年會的反同牧函通過，她在台南神學院的考試前，直接被取消資格。