香港政府公布高鐵一地兩檢方案，成為林鄭月娥上任特首以來首個政治挑戰。回想2009年立法會辯論高鐵撥款的時候，已預見一地兩檢安排將會成為一個燙手山芋。經歷八年來大幅加深的中港矛盾，事件恐怕不但會再一次引發嚴重的社會撕裂，更有可能觸發憲制危機。
高鐵香港段預計明年通車，政府建議讓內地人員進駐西九龍總站並實施一地兩檢。離港旅客在完成離港出境手續後，會先通過內地的入境手續然後才上車前往內地，到達後就不用再次通關。反過來，全國各地的旅客則要到達香港後才需要辦中國的出境手續，然後再辦香港的入境手續。
這個安排和現時中港之間的直通列車明顯不同。例如旅客現時從香港乘列車到北京，在香港境內完成出境手續後便會上車，然後要到達北京下車後才會辦內地的入境手續，也就是兩地兩檢。未來的高鐵要辦一地兩檢而不是兩地兩檢，官方說法是因為列車服務方式不同。以從香港開往北京的列車為例，途中會停留不少車站。由於從香港出發的乘客尚未完成通關手續，列車在入境上處於密封狀態，途中便只可以讓他們下車入境內地，卻不可讓內地的旅客中途上車，以免做成混亂，結果減低營運效率。如果能在香港處理內地的出入境檢查，在內地就不用區分赴港列車和其他列車，可以開往香港的班次就能增加。
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但是這個看似美好的圖像，卻難以符合香港《基本法》的要求。《基本法》沒有授權內地官員在香港執法的條文，反而嚴格禁止內地官員干預香港本地事務。如果要在香港境內設立內地的出入境口岸，就要想辦法讓內地的法例在香港生效。但是《基本法》第18條禁止內地法律於香港實施，第154條又訂明出入境是香港自治範圍。