1月13日，銅鑼灣書店老闆李波已失蹤兩星期，其妻子相繼收到疑似李波發來的「親筆信」和視頻「報平安」後，對媒體噤聲。失蹤案陷入一片迷霧，不安感愈發瀰漫整個香港社會。
端傳媒獨家調查發現，經營色情行業、曾混跡社團的香港男子「陳生」全名陳顯誠，在李波失蹤前一個半月突然出面接手銅鑼灣書店，據稱他「背後有一名大陸老闆」，並蒐集書店內保存的數千名內地客人資料。李波失蹤後，陳顯誠一度失蹤，無法聯繫，直至1月7日香港警方才找到他協助調查。
「陳生」是誰？來書店目的是什麼？
1月2日下午接受端傳媒訪問時，李波妻子蔡嘉蘋曾透露，銅鑼灣書店4名股東及員工失蹤不久，當時獨立支撐書店的李波與一名自稱「陳生」的人簽約，由後者接手銅鑼灣書店半年。但李波失蹤後，再也無法聯繫上「陳生」。
此前，端傳媒就獲得業內人士消息，指這名陳生在2015年11月，由一名律師介紹給李波認識，說他的「老闆」對書店有興趣；李波於11月12日與「陳生」簽約，「書店若賺錢，他取1/4利潤，而虧損的話，就由他包底」。他接手書店後，委派一名「鄧小姐」天天看店，「陳生」自己從不對書店職員公布全名和透露聯繫方式。
端傳媒進一步調查發現，這名「陳生」全名陳顯誠，據查冊資料，他是位於佐敦的淘金沙桑拿的股東及董事，其持股量為6名股東之首。他亦是一間位於火炭的信惠電器實業有限公司的董事。記者前往位於佐敦道大街上的淘金沙桑拿查看，那是一間只招待男賓的大型桑拿，該處一名女職員表示︰「我不認識，我不知道陳顯誠」。記者再問有沒有其他人可查詢，她連番說「不清楚、不方便」，便趕記者離開。
另外，記者前往信惠電器實業所報稱、註冊辦事處位於火炭一工業大廈內的地址，發現該處實際為一間商務中心，一名男負責人表示沒有該公司。而該公司所報，位於尖沙咀東部一寫字樓的地址，亦是另一間公司。
除了這兩門生意，據知情人透露，陳顯誠還曾經營通訊公司和運輸貿易，與新界社團人仕過從甚密，「是一個看錢做事的人」。
據悉，李波失蹤後，陳顯誠非常慌張，通知所有朋友不要透露其行蹤，其親人朋友亦難以與他取得聯繫。
另一相關人士向端傳媒記者透露，陳顯誠委派來看店的「鄧小姐」年約30歲，接管書店的一個多月來，天天到銅鑼灣書店看舖，「每天都化粧來上班，又抽煙，他們兩人根本不懂書，突然出現（在書店內）好奇怪」。
陳顯誠及鄧小姐這兩個外行人突然接手書店，書店人員都感到莫名其妙。而一名與李波相熟多年的資深業內人士向端傳媒透露：「他們要的是一份記載了數千名內地客人姓名資料的名單」，他認為這份名單是「大陸想要蒐集的罪證」。據他表示，銅鑼灣書店常年做內地自由行遊客生意，亦積累了穩定的客源，而載有這些客人資料的那份名單，即被存放在書店內的一個文件夾中。
熟悉內情的知情者告訴端傳媒記者，「非法經營罪」是最有可能用來控告書店職員的罪名。根據中國大陸法律，「非法從事出版物的出版、印刷、複製、發行業務，嚴重擾亂市場秩序，非法經營數額在15萬元以上」，可判「非法經營罪」。
2014年在大陸被刑事拘留的著名維權學者郭玉閃，2015年1月正是被以「非法經營罪」正式批准逮捕，其它被控以此罪名的還包括異見作家鐵流、禁書《洗腦的歷史》作者傅志彬等。
而2014年5月在深圳被拘捕的香港永久居民、香港政論雜誌《新維月刊》、《臉譜》的經營者王健民（同時持美國護照）與咼中校，在被拘17月後，亦是因涉嫌「非法經營罪」公開受審──核心情節是，他們將這些雜誌寄給了八位內地讀者。
從本土到國際，不安瀰漫
自去年10月底起，銅鑼灣書店相關人士桂民海、呂波、張志平與林榮基相繼在泰國、東莞與深圳失蹤。由桂民海、李波妻子與呂波分別持股34%，34%與32%的巨流媒體有限公司，2012年4月成立，專出各類政治禁書。2014年年底，巨流買下由林榮基創辦二十餘年的銅鑼灣書店，後者在書店易手後留任店長。4人失蹤後，僅剩的股東李波艱難維持書店運作，但他亦於兩個月後的12月30日在香港失蹤。
據1月12日《明報》報導，有目擊者稱，李波於2015年12月30日離開最後現身的柴灣康民工業中心時，被多名男子推上一架停在大廈門口對出巴士站的客貨車，期間有人目擊喝問「做咩事？！」但客貨車隨即關門，絕塵而去。
失蹤案被踢爆以來，香港特區政府三次對事件作出回應。1月4日中午，特首梁振英在記者會中強調，「根據《基本法》，香港以外執法人員無權在港執法。」1月10日，香港政府新聞網發表聲明表示，「由於警方正全力調查事件，政府在未完全掌握事實之前，不宜作揣測。」1月12日，特首梁振英再次表示對事件「高度關注」，並表示已就李波事件向內地相關部門尋求協助，但並未透露是哪個部門，並指出與內地執法部門的通報機制下，內地的回覆時間「有長有短」。
香港警方亦一再表示案件仍在調查中，但並未公布任何具體進展。
1月12日，法律年度開啟典禮今午舉行，律政司司長袁國強致辭時主動提及銅鑼灣書店負責人李波等5名失蹤人士，並強調不能容許任何人或任何機構進行未獲授權的刑事調查或非法拘捕，特區政府也必定徹查任何涉及疑似該等違法事件。
為向北京當局施壓，支聯會在1月10日組織市民遊行至中聯辦請願，同時也主動接觸失蹤者家屬以作支援，並計畫於近日向聯合國下屬的「強迫及非自願失蹤工作組」投訴銅鑼灣書店失蹤事件。
支聯會接受端傳媒訪問時表示，李波失蹤後，曾有在港的禁書業內人士主動向他們求助，擔心自己將成為在香港境內突然「被失蹤」的「第6個人」。
支聯會統計稱有6000名香港市民在1月10日走上街頭，沿途高喊「抗議政治綁架、捍衞一國兩制」等口號。參與遊行的包括佔中發起人戴耀廷、香港特區前政務司司長陳方安生等，陳方安生表示這次事件遠比2003年的23條立法嚴重，因為顯示內地執法人員可能在香港執法，威脅一國兩制和香港獨立的司法制度。
1月4日，中國外交部發言人華春瑩在例行記者會上，回答關於銅鑼灣書店五人失蹤一事時稱，對此不了解，沒有相關信息。
1月5日，正在北京訪問的英國外相夏文達會見中國外交部長王毅時表示，李波持有英國護照，是英國公民，而王毅則回應指「李波首先是屬中國公民」，更籲「各方無必要作出無謂猜測」。華春瑩亦於當日表示，「根據基本法和中國的國籍法，凡是具有中國血統的香港居民、本人出身在中國領土包括香港的人，以及其他符合中國國籍法規定而具有中國國籍條件的人，都是中國的公民。」不過華春瑩兩日的相關問答都未出現在外交部官方網站上所列載的「發言人表態」中。
1月6日，夏文達在結束北京訪問行程時再評論銅鑼灣書店事件。他表示，「我們要知道發生什麼事，是誰人所做，包括最終負責者和直接牽涉者。」而假若是「最壞的情況」，那麼就意味著「嚴重地違反」一國兩制、《基本法》和《聯合聲明》。這是香港回歸18年以來，首次有英國官員公開表示《聯合聲明》被破壞的可能。
歐盟、英國、美國也對事件表達關注。歐盟於1月7日發表聲明，指出銅鑼灣失蹤者桂民海是瑞典籍，李波是英國公民，歐盟對「香港銅鑼灣書店5名股東及員工失蹤表示極其擔憂，呼籲展開調查」。1月8日，美國國務院發言人在例行記者會上表示，對失蹤事件，「美國和香港人一樣感到擔憂，美方正密切關注這一問題」。
「報平安」方式不斷升級，欲蓋彌彰？
伴隨著國際輿論的不斷升温，李波「報平安」的方法也不斷升級。
1月2日下午，蔡嘉蘋表示李波於12月30日晚上7時左右失蹤後，自己曾3次收到李波致電「報平安」，手機顯示電話來自廣東深圳，電話中李波有別於平常，用普通話與妻子溝通。
1月4日下午，蔡嘉蘋收到了李波的「親筆信報平安」後，前往警署註銷此前所報的失蹤案。銷案消息由香港無綫電視首先披露，而親筆信則由台灣中央通訊社與香港星島報業集團旗下的《星島日報》與《頭條日報》首先在台、港兩地曝光。
1月8日晚上，輿論發酵幾日後，《星島日報》再報導，蔡嘉蘋收到李波的視頻和新一封「親筆信」。根據媒體報導，視頻中李波穿著長袖T恤和格子背心，頭髮整齊，說話時用手指向自己。該「親筆信」沒有寫收信人，信中寫道，「我注意到，香港近日有些人士，因為我的事要組織遊行，對此我十分困惑和不解」，「這次回內地完全是我的個人行為，是為了解一些個人事情」，「我不知道為什麼有人為了這件事大造文章」，「這樣的氛圍下，我還怎麼回香港？」
李波升級「報平安」之後，一直願意公開事件的李波太太蔡嘉蘋開始噤聲，端傳媒曾多次致電或發手機信息嘗試聯絡，但未獲任何回覆。
對於此次失蹤事件，《人民日報》旗下《環球時報》也先後刊文評論。1月4日刊文稱：「（銅鑼灣書店）那些書籍通過各種渠道流進內地，成為一些政治謠言的源頭，在一定範圍內造成惡劣影響。雖然銅鑼灣書店存在於香港的環境中，但它實際上就是靠給內地社會搗亂維持生存的。」1月5日、6日兩天連發社評，其中6日的社評中稱：「全世界的強力部門通常都有規避法律讓一個被調查者進行配合的辦法，既達到開展工作的目的，又不跨越制度的底線」，並說李波「原本大概很願意這次配合調查『低調進行』，港媒大肆炒作對他本人、對書店的生意都不是什麼好事。」
但這類「報平安」信息和環球時報評論並未平息事件，反令更多香港市民感到恐懼。
香港資深媒體人區家麟在1月5日的評論中寫道：「請放心，肯肯定，無人在港執法，他們只是幫你『用自己的方式』回內地，請你談談心，現在無人說過那五人已被拘留，家有家規，正式拘留前，可以請你飲茶、被旅遊、請你住酒店，可以被享受好長時間；沒有拘留記錄，也不須通報任何人...... 這幫人，就用自己的方式引狼入室，用自己的方式斷送這城最後堡壘。」
不少政界和社會人士也公開就此事發言。香港立法會主席曾鈺成在一個電視節目上表示，有關事件已令社會有不同的猜測，他不相信中央政府會同意讓執法人員來港執法，縱容破壞一國兩制。他希望特區政府及中央政府重視，中港合作解決李波事件，應將真相公諸如世，如果事件拖延，只會引起更多無根據猜測。而行政會議召集人林煥光則表示，期望本港警方盡快調查銅鑼灣書店股東李波失蹤的來龍去脈，並期望相關人士和組織，能公開交待，使外界知道李波的安全不受任何威脅。
另外，香港知名導演舒琪製作、陳分奇執導、香港7位名人包括歌手黃耀明、演員王宗堯、港大法律學院副教授戴耀廷、前立法會議員吳靄儀、前政務司司長陳方安生、民主黨創黨主席李柱銘、學民思潮黃之鋒合力拍攝了英語短片《失蹤的李波，失蹤的香港》（Disappearance of Lee Bo… Disappearance of Hong Kong ），並上傳至YouTube，呼籲國際社會關注。