日本首相高市早苗與菲律賓總統馬科斯（Ferdinand Marcos Jr.）於5月底在東京會面，宣布雙方成為「全面戰略夥伴」，並啟動專屬經濟區（EEZ）與大陸架劃界談判。由於談判範圍涉及台灣東部海域，台方要求日菲兩國須考慮台灣的主權與立場。而中國則重申台灣是「中國不可分割的領土」，並指日菲在台灣東部海域的計劃侵害中方海洋權益，並於6日表示在台灣東部海域展開執法行動，聲稱是回應日菲的海域劃界談判。

面對中方行動，台灣海巡署6月7日回應稱偵測到四艘中國公務船，自廈門港出港航往至台灣西南海域，沿著距離台灣12至24海浬的限制水域線外航行。海巡署說，已調派淡水艦、吉安艦、高雄艦、長濱艦及花蓮艦等五艘艦艇部署，並前推100噸級巡防艇至24海浬線上協助監控，中國公務船全程未進入台灣限制水域內。台方指，中國的行動違反國際法。

日菲海域劃界

日本與菲律賓在東京峰會後簽署聯合聲明，指雙方同意根據《聯合國海洋法公約》（UNCLOS）展開正式海域邊界談判，旨在釐清專屬經濟區與大陸架範圍。BBC報導指，若談判成功，將建立從日本沖繩列島西南的八重山群島（Yaeyama Islands）到菲律賓最北端的巴丹群島（Batan Islands）的經濟與安全界線，而這將抵觸中國宣稱擁有該海域及台灣主權的說法。

專屬經濟區（Exclusive Economic Zone，EEZ）是根據《聯合國海洋法公約》劃定，公約指沿海國可從領海基線向外主張最多200海浬的專屬經濟區，並要求相關國家以協議達成公平解決相關的專屬權利及管轄權。

分析指，日菲的合作顯示兩國關係大幅升溫，且被視為在美日菲既有合作框架之外，各國主動打造區域軍事與經濟聯盟的戰略布局。而看似技術性的海域劃界，事實上更攸關印太地區的國家權益問題。

日本擔憂中國的軍事擴張，因此高市政府延續前首相安倍晉三的「自由開放的印太」（FOIP）政策強化與菲律賓合作；而菲律賓長期與中國在南海存在主權爭議問題，雙方多次發生衝突，因此菲律賓也希望加強與他國合作，抵禦中國在南海的威脅。

華府智庫大西洋理事會（Atlantic Council）非常駐研究員宋文笛向BBC分析，日菲並未公開和台灣政府與中國政府談判，似乎迴避了兩岸關係的主權爭議。但他認為，在低調外交方面，台日菲三方形成更一致的印太戰略定位方向。

華府智庫哈德森研究所（Hudson Institute）非常駐研究員長尾賢（Satoru Nagao）分析，由於台灣的東部海域是中國攻下台灣的重要戰略要地，因為來自美國、日本與菲律賓等國的補給須經過此處，「中國極有可能逐步在該區域部署力量，從海警逐步升級到海軍」，日、菲透過專屬經濟海域劃界確立權利，是一種預防性措施，也等同於對台灣的間接支持。

而菲律賓大學迪里曼分校助理教授安天浩（Enrico V. Gloria）指，菲律賓正在試圖建立更大的夥伴網絡，與日本進行專屬經濟海域劃界談判，「反映菲律賓正在地區秩序塑造中扮演更積極的角色，因為它已不能再把仰賴美國視為理所當然。」

台灣反應

台灣政壇對於日菲劃界談判有不同聲音，在野的國民黨多日來批評執政黨與外交部對日菲的態度不強硬，指劃界談判協議可能影響台灣的海洋權益及國家利益。國民黨並要求外交部得聲明不接受將台灣排除在外的談判結果、爭取加入日菲的協商及要求海巡署需實施護漁專案。

台灣外交部於6月5日表示，日本及菲律賓的劃界談判與結果不影響台灣依國際法及海洋法所享有的主權權利，也不影響台日或台菲雙邊既有漁業協定的執行。這不僅已獲得相關國家公開確認，也是基於《維也納條約法公約》及國際司法判例中，雙邊條約或協定僅對締約國有效的法律依據。外交部並稱，已向日菲表達台灣的主權與權利，但強調未提出加入談判。

8日，日本台灣交流協會則指，劃界協定僅適用於協定簽署國日本及菲律賓的權利與義務，並不對第三方產生法律約束力。協會補充，日本方認為，此項談判將成為在自由開放的印太地區基礎下，依據國際法和平解決爭端的良好範例。

中國反擊

中國外交部發言人毛寧於5月29日的記者會上表示，中國擁有台灣東部的海域專屬經濟區及主權，「日、菲啓動所謂海域劃界談判，嚴重侵害中方海洋權益，嚴重違反包括《聯合國海洋法公約》在內的國際法和國際關係基準則，中方對此強烈不滿，堅決反對，已分別向日、菲提出嚴正交涉。」

毛寧指，日、菲的劃界談判完全非法無效，不會對中方在台灣以東海域的權利主張及行使自身合法權利造成任何影響。 

中國海警6月1日在台灣以東海域展開執法巡查。中國央視旗下新媒體《玉淵譚天》發文稱，此舉「就是為了展示我們對台灣島以東相關海域的管轄權。」

海洋專家楊霄向《玉淵譚天》表示，「中國海警在台灣東部海域的執法就是中國對國際海洋法規的闡釋。」

除了6日中國宣稱在台灣東部進行「執法行動」之外，6月5日，台灣政府表示，台灣與中國的海巡船艦在南海頂端附近的東沙群島發生對峙。台灣海巡署指這是兩週內二度發生此類事件，「此舉不僅破壞了台灣海峽和平穩定的現狀，也使中國成為兩岸及區域事務的麻煩製造者。台灣的海洋主權絕不容挑戰。」

報導指，東沙群島位於台灣南部與香港之間，由台灣實際管轄。但不過，由於距台灣本島逾400公里（約250英里），部分安全專家認為該群島容易遭受中國侵佔。東沙群島是一環礁，同時也是台灣的國家公園，不過，台灣在此部署的防衛力量有限，由海巡署負責。中國在台灣周邊開展軍事和準軍事行動，多次進入東沙群島海域活動，並宣稱主權。台方則拒絕北京的主權主張。

此外，路透社於6月4日報導，根據衛星圖像，黃岩島（Scarborough Shoal，菲律賓稱「斯卡伯勒礁」）入口處出現一處構造物，但後續圖像顯示該物體已不復存在。據分析師研判，顯示環礁入口處疑似出現一個浮筏或浮標，此外在5月27日及29日的圖像中，還可見一道橫跨入口的屏障。菲律賓則稱，已就該事件展開調查。

6月5日，毛寧在記者會上回應表示，黃岩島是中國的領土，中國有其附近海域的主權，「中國在黃岩島開展包括科考在內的任何活動都是主權國家的正當權利。」

中國與菲律賓在南海存在主權爭議，黃岩島的主權問題就是其中一項。2016年，位於荷蘭海牙的常設仲裁法院就南海多項爭端作出裁決，總體上傾向支持菲律賓立場，但黃岩島主權歸屬問題則不在其審理範圍之內。不過法院指，中國多次封鎖黃岩島的行為違反國際法，因為黃岩島是包括中國、菲律賓及越南在內多國的傳統漁場。

2025年，中國宣布在黃岩島設立國家級自然保護區，遭菲律賓抗議，菲方形容此舉是「企圖佔領的明顯藉口」。