4 月 2 日上午 9 点 28 分，由树林站发车开往台东站、载有 492 名旅客及 4 名乘务人员的台湾铁路管理局（下简称台铁）北回线太鲁阁号列车第 408 车次，于花莲县秀林乡和仁—崇德间的“清水隧道”北端发生出轨事故，导致51人死亡（编按：此为3日晚间官方统计结果，因部分遗体受损情形严重，死亡人数将依现场鉴识结果变动，罹难人数不排除再上修或下修）、超过百人轻重伤。
根据台铁发言人表示，这起事故为台湾73年来最严重的铁路意外事件。
台铁北回线和仁—崇德路段，为山脉紧逼海岸的陡峭地形，短短十公里的铁道上就有 3 组隧道，分别是“东正线”上的和仁、清水、崇德隧道，以及“西正线”上的新和仁、新清水、新崇德隧道，两者轨道平行紧邻。一般而言，南下方向的列车会行驶东正线（即出轨事故所在路线）、北上方向的列车则行驶西正线。
2015 年起，台铁办理“铁路行车安全改善六年计划”，希望“提升铁路行车安全，减少意外事故发生机率”。因此，2019 年起，台铁开始施作“北回线 K51+170~500 山侧边坡安全防护设施工程”（简称“台铁明隧道工程”），也就是为西正线的新清水隧道建造“明隧道斜撑”，以防落石掉进轨道。
根据标案管理系统显示，该工程由台铁局工务处外包给施工厂商“东新营造有限公司”，并由“联合大地工程顾问股份有限公司”负责监造。
台铁明隧道工程原订于今年 1 月 20 日完工，然而为了顾及铁路行车安全，台铁局要求承包商改采夜间施工，施工时间遂由一日 8 小时缩短为一日 4 小时，因而使工程进度展延。截至 3 月底为止，该标案的施工进度已达 99.30%，却在接近完工时发生重大事故。
4月2日早上9点许，东新营造的委外小包商“义祥工业社”负责人李义祥前来巡视工地，并将工程用的吊货车停放在工务所前的斜坡施工便道，便下车进入工务所休息。岂料，工程货车因不明原因溜逸 20 公尺，沿着施工便道滑落边坡、入侵东正线铁轨，与正好行经东正线 K51+450 处的太鲁阁号 408 车次相撞。
当时，太鲁阁号第 408 车次刚驶出和仁隧道、正要驶入清水隧道，却在清水隧道北端出口处，车头（第 8 车厢）被滑落的工程车撞击。
4月2日下午6时，台湾国家运输安全调查委员会（下简称“运安会”）针对此重大事故召开记者会，说明意外经过以及调查进度。事发当日，运安会立即派出调查人员至事故现场，同时成立现场指挥所，针对轨道刮痕、轨枕破坏等情形拍照搜证。
运安会专任委员李纲说明，台铁太鲁阁号为对称设计，第 1 车、第 8 车皆设有驾驶室。初步判断，事故当时，作为车头的第 8 车正要驶入清水隧道，却在进隧道之前，被边坡上滑落的工程车撞击，列车因而出轨冲撞隧道内壁。
强大的撞击力，使得第 8 车、第 7 车严重挤压损毁，第 3 车至第 8 车卡在隧道内，仅第 1、2 车仍在隧道外，而位于第 8 车驾驶室的 33 岁袁姓司机员当场罹难、32 岁江姓助理司机员送医后伤重不治。
李纲表示，此次事故为“正线出轨”，属于铁道出轨事故中最严重的等级之一。根据〈铁路行车规则〉，“正线”指的是“提供旅客运送服务使用之路线，或其他列车运转经常使用之路线”；一般情况下，无论是停靠车站、行驶于站与站之间，或执行列车交会、待避，都是在正线上进行。
与正线相对的概念为“侧线”，指正线以外之路线，为自道岔引出的侧向铁道，常见于车站或是调度场内，有提供列车停放、折返、调度等功能；一般载客的列车并不会进出侧线，且列车进出侧线与正线间，必须搬动转辙器。
而对于各大媒体广为流传的“滑落工程车『疑似为（义祥公司负责人李义祥）未拉手煞车』”，运安会主委杨宏智表示，仍无法确认，需待更进一步的调查。而李义祥则在步出法院后，向现场媒体表示“（我）有拉手煞车。”
杨宏智解释，接下来调查团队将检视第 1 车及第 8 车的闭路电视监视影像、ATP（Automatic Train Protection，列车自动保护系统）等事证，调查重点为：铁道拥有专用路权、禁止人车入侵，工程车为何坠落该处？根据相关规定，建筑工地应有一定合理的防护措施，为何工程车还会自工地滑落边坡并入侵轨道？
驾驶肇事工程车的工地主任李义祥，同时也是“义祥工业社”、“义程营造有限公司”的负责人。2015年至今，义祥、义程两公司总共施作了超过30件政府标案；2016年，李义祥还曾为了取得工程款，变造施工日志和施工照片，被花莲地方法院判刑。
回顾当年李义祥犯法的纪录，是因为2014年至2015年间，花莲县政府建设处办理“花莲县万荣乡西宝大桥整建工程”，由隆成工程顾问有限公司完成设计、预算书图后，县政府建设处便公开招标施工厂商，标案最终由最低标“义程营造有限公司”获得。
当时，李义祥曾向县政府建设处建议“增设围堰以维护工安”，花莲县政府建设处审核后亦同意变更设计，因此新增了“桥墩补强围堰工程4座”的工项，并追加新台币55万左右的预算。然而，李义祥为了取得变更设计后的工程款，在没有兴建临时围堰的情况下，于施工日志中假造施作围堰的纪录，并剪贴、变造施工照片，以躲避县政府建设处的查核。
本此太鲁阁出轨事件发生后，花莲地检署随即展开调查，并向法院声请羁押。花莲地方法院3日中午裁定，李义祥可以50万元交保，但限制住居及出境、出海八个月，并不得与相关证人、或与其等就本案边坡安全防护措施计划工程有契约关系之人接触。李义祥目前已经返回花莲家中。
本次发生事故的408班次为“台东地区实名制常态列车”（提供给居住于花莲、台东的居民以及一等亲优先订票，可理解为当地居民的返乡专车）且事故发生时适逢清明节连假，因此车上多为设籍台东、花莲的返乡旅客。实名制列车的由来，是由于台湾东半部的地形较为狭窄多山、交通不便，因此，2019 年起台铁开始提供“实名制列车”，以疏运花莲、台东的返乡人潮。台铁除了于平日、例假日设置常态的实名制班次外，也于春节等国定假日加开实名制列车。
根据台铁当日的实名制订票纪录，乘客当中身分证V开头（编按：台湾身分证字号编号机制，头一个英文字母代表出生地）订票的人数最多，共计324人。现场死伤最严重的集中在5到8节车厢，也是台铁安排给“直达台东”的车位，相当程度可推定，本次的伤亡人数以台东人居多。台东县政府也向媒体证实，死伤者确实多为台东人。
在列车上除了台湾本国籍乘客，另有1名美国籍旅客、1名法国籍乘客不幸丧生；1名澳大利亚及2名日本乘客受轻伤，另有一名美国籍旅客失踪，仍在寻找当中，伤者则均在医院接受治疗。陆委会也证实，有一名陆生受到轻微皮肉擦伤，当天即出院离开，并无其他陆籍人士伤亡。
台湾逢此意外，美国、欧盟、日本、法国等国都表示哀悼之意，各邦交国亦在第一时间致函慰问。中共中央总书记习近平亦特别表达“高度关切”，并“向遇难同胞表示深切的哀悼，向遇难者家属及受伤同胞表示诚挚的慰问，祝愿伤者早日康复。”
香港艺人杜汶泽则宣布，捐款新台币一百万元慰问伤亡家属，“感谢过去台湾人对香港的支持。”
截至3日晚间为止，搜救行动仍未完全结束。总统蔡英文、行政院长苏贞昌均已经至现场巡视与慰问伤者，4日，副总统赖清德也将至医院与灵堂致意。自3日开始，为了对此一不幸事件表示哀悼与默哀之意，全国悬挂国旗处将降半旗三日。
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