新冠肺炎愈演愈烈，也考驗着選後的兩岸關係。新年後的兩週，兩岸官方就經歷了幾個回合的隔空互動。
1月24日，台灣行政院宣布為因應疫情，暫停醫療外科口罩與N95口罩出口一個月，優先保障本地貨源供應無虞。此時全台口罩已經出現脱銷狀況，但此舉仍引發在野黨和部分藝人的強烈批評，尤其是中國大陸國內輿論的反彈。
1月28日，在中國外交部批准美國日本從武漢撤僑之際，滯留武漢的台灣人也成為兩岸最迫切的問題，海基會和陸委會分別向島內表示正與中國溝通。然而國台辦立刻發布新聞稿給「軟釘子」，表示「台灣有人員聲稱『已就各種管道與對岸協調，包括與海協會溝通協商』與事實情況不符」；新聞稿也沒有同意包機要求，只是說「對台胞予以關心和照顧」，等於拒絕了安排包機讓台灣人撤離的方案。
隨即，在世界衞生組織（WHO）就新冠肺炎疫情開會之時，台灣再次被拒之門外，引發美日加等國聲援。