2016上半年喧騰台灣一時的浩鼎案於1月9日偵結。台灣士林地檢署認定前中研院長翁啟惠和台灣浩鼎生技股份有限公司（下稱浩鼎）董事長張念慈涉收受賄賂及行賄罪嫌，被以貪污罪起訴；另張念慈等5名浩鼎公司內部人士則被認定違反內線交易規定，也一併被提起公訴。
爰審酌被告翁啟惠身為國家最高學術機關中研院之院長，不思國家與人民所託以恪守法度、善盡職責，竟為一己私利而背於公務員之廉潔義務，於執行職務時期約及收受賄賂，實敗壞國家官箴並損及人民對公務員職務公正性之信賴，為維法治及綱紀，請量處適當之刑，以儆效尤。
此涉貪風波於2016年2月爆發。浩鼎公司備受市場期待的乳癌新藥 OBI-822 解盲結果（雙盲測試公布結果）以失敗告終，股價下跌。而後檢方因民眾檢舉調查內線交易，卻接續爆出時任中研院院長翁啟惠之女為浩鼎大股東，翁啟惠疑似利用女兒的名義收受浩鼎股票賄賂，將新藥技術轉移給浩鼎；以及翁啟惠在解盲前代女出售股票，涉嫌內線交易等情事。
調查過程中，翁啟惠一度滯留美國，而後才在輿論壓力下於4月15日返台接受調查。4月21日，翁啟惠因涉嫌貪污、背信、內線交易等罪名，被台灣士林地檢署列為被告及限制出境，成為中研院有史以來首名遭列貪污被告的院長。時任總統馬英九於5月11日批准其請辭後，更曾使中研院院長職位一度空缺。
經過9個月調查後，檢方發現翁啟惠、張念慈2人私交甚篤，張為了取得中研院改進醣分子生產方法的關鍵技術，以降低乳癌新藥成本，2011年便曾以浩鼎公司1500張技術股作為交換技術的條件，對翁進行賄賂。但後來此事因經濟部有疑義告吹，雙方僅犯期約賄賂之嫌。
但在2012年，張為了取得翁研究團隊的研發成果及資源，再以3000張股票賄賂翁，而翁則利用其女的賬戶收受股票，讓張念慈合資的「潤雅」生技公司得以無償地派員至中研院取得技術。因而檢方認定翁、張兩人各犯貪污治罪條例收受、交付賄絡罪嫌。
但就涉嫌內線交易部分，檢方認為翁在2月21日參加浩鼎召開的專家會議後才得知解盲後的重大利空消息，但他未直接參與臨床試驗業務，無證據證明其先前知悉該試驗結果不佳，而其代女賣股的時間則是早於會議的2月18日，因而檢方認為尚難認定翁有違反內線交易犯行。不過，張念慈及其他浩鼎公司內部人，則因知悉解盲消息，卻於消息公布前出脱股票，而被認定為內線交易犯罪事證明確。
對此偵查結果，士林地檢署以翁「敗壞官箴」，請法官處適當之刑。當初大力質詢浩鼎案的國民黨立委曾銘宗則表示，結果證明他當初的質詢是對，但他仍尊敬翁啟惠在學術上的成就，鼓勵翁啟惠勇於面對。
聲音
浩鼎案重創翁啟惠學者形象，曾經是「最接近諾貝爾獎」的台灣人，如今，或許一座學術上的諾貝爾獎，可能都很難助翁啟惠掙脱內線交易的困境。
我不認為我做過任何違背良心的事，貪污、背信等一干罪名我絕對不能接受。
起訴並非原先預期之中的結果，且事出突然，中研院內部人員今天心情都很沉重、感同身受。