5月20日,在台灣大選中獲勝的民進黨主席蔡英文就要正式就任總統,而現任總統馬英九也將卸任。但台灣中央研究院前院長翁啟惠在4月21日因涉嫌貪污等,被台灣士林地檢署列為被告及限製出境,馬英九5月11日批准其請辭後,作為台灣最高學術機構的中研院院長至今空缺。距離馬英九卸任不足3日,中研院代理院長王汎森終於在17日致函總統府,雙方確認馬英九將不與三位院長候選人會面,新院長的遴選將交給下一任總統蔡英文來處理。
有關遴選任命新任中研院長之事,將會交給下任總統處理。
17日,總統府發言人陳以信確認收到王汎森致函,王指中研院無法確定能否在20日前安排3名候選人與馬英九會面,馬英九對此表示尊重。來函中,身為候選人的廖俊智和周美吟院士都希望馬英九能對遴選過程的合法性和有效性做出明確指示,然後再面談。
但馬英九的總統府秘書長曾在5月12日的公文中稱,已經認定遴選過程「於法尚無不合」,也沒有必要再說明。因此,馬英九決定將遴選任命事宜都交給下任總統蔡英文處理。而蔡英文的準總統府發言人黃重諺隨後也回應,表示會「尊重相關體制辦理」。
中研院自前院長翁啟惠陷入浩鼎生技股份有限公司(下稱浩鼎)股票內幕交易醜聞之後,就風波不斷。他一度滯留美國,4月15日終於在輿論壓力下返迴台灣,21日就被列為被告,罪名涉及貪污、背信等,還被限製出境,成為中研院有史以來首個被控貪污罪的院長。士林地檢署指他在中研院將抗癌技術轉移給浩鼎的同時,女兒翁郁秀持有3千張浩鼎的股票,而且可能還有其他「私相授受的股份」。
5月11日,馬英九批准翁啟惠請辭,檢方在12日立即二度約談他,他試圖證明女兒的3千股是出錢購買,但未令調查人員信服。
而就在翁啟惠事件另中研院陷入輿論風波的同時,卻有221名中研院的研究人員在17日發起題為《同仁的沉痛呼籲》的聯署,呼籲政府「回歸生技條例初衷」,檢討公務員利益衝突機制,並恢復翁啟惠的名譽。文中說翁啟惠推動台灣生技產業卻遭「如此慘痛對待」,恐令其他研究人員不敢再將研究成果產業化。
此外,翁啟惠辭職後的新院長遴選程序,也因臨時變更選舉方式,在台灣社會引起質疑。4月16日,中研院評議會在選舉院長候選人時,臨時將投票方式改為「無記名排序方式」,選出廖俊智、周美吟及郭位3名候選人。按中研院組織法規定,3名候選人要呈請總統遴選,並任命最終的院長人選。
為應對質疑,國民黨在17日已向立法院提案,要求訂立「中央研究院院長遴選條例草案」,明確規定中研院院長在全體院士中產生,並要求成立院長遴選委員會。草案還建議院長要先由院士推薦,再由院長遴選委員從中推選2至5人,不以排序方式,呈請總統遴選一人然後任命。草案最快在20日就能交付立法院程序委員會審查。