9月13日，美國貿易代表向世界貿易組織（WTO）發起申訴，指控中國通過設定最低收購價的形式非法補貼水稻、玉米和小麥種植戶，造成市場價格扭曲和生產過量，稱這一行為不僅有違2001年中國加入 WTO 時的承諾，也使得美國農民無法與之進行公平競爭。
金融時報稱，美方認為在2015年，北京通過設定偏高的大米、小麥和玉米最低收購價，向種植戶提供近1000億美元非法補貼。這一數字接近2015年全年美國對華出口額。美國貿易代表辦公室稱，2012年以來，中國對小麥、秈稻、粳稻和玉米四種農作物的價格補貼均高於WTO規定的8.5%的上限。
中國商務部回應稱，中方對美方就此提出的磋商請求表示遺憾，將根據世貿組織爭端解決程序進行妥善處理，積極維護中國的産業利益和貿易利益。
中國不止拒絕履行加入 WTO 時的承諾，還試圖通過隱瞞它為農民提供的補助掩飾其違法行為。中國政府和越來越多先進的發展中國家（advanced developing country）的做法，正對危害美國農民和牧場主。
美國參議院農業、營養、林業委員會成員 Debbie Stabenow 表示，他將密切關注這一事件，中國需為損害美國農民利益的反競爭貿易案例負責，「我們必須確保美國農民在公平的競爭環境中。」
據 WTO 規則，提起申訴、要求磋商是貿易爭端解決機制的第一個環節。如果磋商無法達成滿意結果，美方可提請WTO成立專家組進行審理。
美國政府向 WTO 申訴後雙方達成和解並非沒有先例。今年4月，在美國政府的持續申訴下，中國政府終於同意停止通過「示範基地」公共服務平台體系對7大行業提供貿易補貼，包括紡織服裝與鞋類、先進材料和金屬、輕工業、特種化學品、醫療產品、五金建材和農業。
不過，研究機構 AgResource 的首席經濟學家 William Tierney 認為，「未來六個月最大的影響可能是刺激中國對包括農產品在內的美國商品實施反傾銷關税。訴訟不會對中國的農業政策產生影響。」
美國小麥價格上月跌到10年新低，玉米價格同樣在今年觸及9年來新底，而根據美國農業部的數據，2015年中國已是僅次於加拿大的美國農產品第二大購買國。能源諮詢公司 Pira Energy Group 農業大宗商品高級主管 Peter Meyer 指出，「此次美國申訴的時機很冒險，因為大多數玉米和小麥的農民正努力達到收支平衡。」美國政府選擇了激怒最重要的客戶而非與其談判協商。
此次貿易爭端是2009年以來美國貿易代表第14次就中國的貿易補貼向 WTO 申訴。它不僅使得中美貿易摩擦進一步升級，也令奧巴馬政府更加看中 TPP（跨太平洋貿易協定）的意義。
美國總統奧巴馬在13日就指出， TPP（跨太平洋貿易協定）對於保障美國在全球貿易競爭中能夠主導局面有重要作用，「當美國工人、商人和農民在全球經濟中擁有公平競爭機會時，我們會贏；當其他國家蔑視規則，試圖削弱美國工人和農民時，我們需要讓他們負責。」