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因在2014年發起「318攻佔立法院行動」引發後續「太陽花學運」，事後被台北地檢署依煽惑他人犯罪、妨害公務等罪嫌起訴的立委黃國昌、學運領袖林飛帆、陳為廷等22人，於3月31日上午由台北地方法院一審宣判全部無罪。
北院行政庭長廖建瑜解釋，本次無罪判決的主要依據是台灣首次引用的「公民不服從」概念；他表示，法院審理案件時，詳細審酌了黃國昌等人提出的「公民不服從」抗辯理據，認為本案符合相關概念，有正當事由，不具實質違法性。
他又指出，「公民不服從」包括7項要點：
- 抗議對象是與政府或公眾事務有關的重大違法或不義行為；
- 須基於關切公共利益或公眾事務的目的；
- 抗議行為須與抗議對象間具有可得認識的關聯性；
- 須為公開及非暴力行為；
- 須有適當性原則，即抗議手段須有助於訴求目的的達成；
- 須有必要性原則，也就是沒有其他合法、有效的替代手段可以使用；
- 要符合狹義比例原則，也就是抗議行動所造成的危害，須小於訴求目的所帶來的利益，且侷限於最小可能的限度。
這個判決，從憲政民主的高度，肯認了公民精神與行動。
法院審判後，多名被告在法院門外召開記者會。黃國昌表示，這場官司不是針對他個人的審判，而是對於這場面對憲政危機的公民自救運動的判決，無罪判決在司法史上具有憲政意義。林飛帆則表示，此次判決是下一輪民主改革的重要準備，而學運期間的攻佔行政院及路過中正一分局運動的起訴案，也都應判無罪。
陳為廷則對執政民進黨發出呼籲。他指，3年前的這場運動是因為兩岸服貿協議而起，然而民進黨至今還沒有通過監督條例，甚至沒有任何審查動作，還頻頻退縮，修改民間版監督條例的嚴格審查機制，以及刪除政治談判的相關公投規定等。他認為民進黨政府應儘速推動兩岸監督條例。
2014年3月17日，時任國民黨立委張慶忠在立院內政委員會上，在30秒內宣布完成《海峽兩岸服務貿易協議》審查，引發關注此議題的學生及社會人士反彈。3月18，在林飛帆、陳為廷等的帶領下，反服貿群眾衝進立法院展開為期24天的抗議，期間又發生了323行政院流血衝突、411路過中正一分局事件。事後，台北地檢署針對此三宗案件起訴逾百人。
在蔡英文政府上台後，行政院長林全以太陽花學運屬「政治事件」而非法律事件為由，決定針對323行政院案撤告。但學運領袖魏揚等21人被控的妨害公務、毀損公物、煽惑他人犯罪、竊盜等罪，因非告訴乃論，由台北地方法院繼續審理，將於4月10日下午4時宣判。
2016年5月24報導：太陽花學運126名被告獲撤訴，台灣朝野反應不一
2014年3月至4月台灣「太陽花學運」期間，部分學運人士闖入並佔領行政院，後因此被起訴。時隔兩年，5月23日，台灣行政院發言人童振源宣布，行政院長林全在20日上任後批出的第二份公文，就是撤回對126名太陽花學運人士的起訴。
童振源引述林全表示，太陽花學運是「政治事件」，而非單純的法律事件，應在「多一點和諧、少一點衝突」的原則下盡量從寬處理， 因此決定撤告。
他還引述林全表示，太陽花學運訴求已普遍成為社會共識，立法院也依訴求對兩岸協議監督條例進行立法，凸顯太陽花學運的正當性與社會貢獻。
立法院長蘇嘉全於23日表示，社會對太陽花運動的訴求持正面看法，對於行政院的做法，立法院「基本上還是尊重」的。總統府發言人黃重諺也於24日表示，太陽花學運是深化台灣民主的重要里程碑，支持行政院撤回對太陽花學運人士的控訴。
過去政府不做，就由現在政府來做。
2014年3月23日晚上7時左右，部分反服貿群眾和學生爬入行政院，在行政院正門前廣場靜坐抗議。社運組織「黑色島國青年陣線」隨後在 Facebook 宣布佔領行政院；台灣清華大學研究所學生魏揚宣稱是佔領行動的總指揮。
警方在24日凌晨展開強制驅散行動，過程中與學運人士發生肢體衝突；警方還開動鎮暴水車，以水炮驅散學運人士。後經行政院評估，驅散過程中約有107人受傷，包括學生與警察，另學運人士闖入行政院破壞公物，造成約300萬新台幣損失。
台北地檢署於2015年偵辦此案，依侵入建築物罪起訴魏揚等93名被告；部分人被指竊取行政院內的濃煙逃生袋、以手機拍下行政院公文、對警員嗆聲、破壞行政院的門等，依竊盜、妨害公務、毀損等罪名被起訴。
對於今次相關學運人士被撤訴，國民黨文傳會副主委王鴻薇於23日表示，行政院以政治方式解決司法案件，是縱容民眾入侵公署、損害公物，認同群眾以違法手段達到政治目的，國民黨對此深表遺憾。
王鴻薇還表示，新政府在第一個上班日，即以政治考慮撤告，未經法律層面的廣泛討論就草率決定，是不負責任的做法，並指：「如果行政公署都可以攻佔，那麼新政府可下令各機關不必再設置駐衛警了。」
民進黨立法院黨團書記長陳亭妃則表示，太陽花學運是民眾對自己國家的未來發聲，但（當屆）政府不聽，所以民眾才走上街頭。時代力量立法院黨團總召徐永明也表示，撤訴是正面的事情，希望林全進一步追究當時警察毆打學生跟民眾的責任。
率領佔領行政院行動的魏揚表示，撤訴代表政府肯定公民不服從的權利。太陽花學運領袖林飛帆也在 Facebook 表示，撤訴是很好的開始，而他更期待的是學運的訴求能真正落實於新政府施政中，包括兩岸協議監督條例的六大主張，以及公民參與憲政改革的實質推動。
曾參與太陽花學運的時代力量執行黨主席黃國昌也表示，相關決定代表林全承認學運對台灣民主的重要貢獻，個人給予林全「相當高度的評價」。
聲音
這個問題本來就不完全是一個法律事件，學生運動本來就有很多社會問題和政治問題在裏面。
林全撤告是嚴重的錯誤，打擊執法人員士氣，應對林全依瀆職罪提告。
既然林全已公開闡述太陽花學運為政治事件，並非單純法律事件，呼籲檢察官對於因反黑箱服貿涉訟的案件應予以撤回起訴。
感謝新政府的這個決定；就我個人而言，司法結果如何並不足懼，無論結果如何我們都會承擔，我期待的是新政府的善意，也能實踐於三一八運動裏那些尚未被完成的訴求。