馬紹章和海基會的淵源，要從2008年底說起。眾所周知，那一年馬英九當選總統，兩岸關係全面回暖，馬英九5月20日才就職，6月11日新任海基會董事長江丙坤就率團訪問北京，簽下「兩岸直航」和「陸客赴台觀光」兩項協議。但年底海協會長陳雲林回訪台灣，全程抗議聲不斷，抗議人士甚至包圍國民黨榮譽主席吳伯雄宴請陳雲林的酒店，賓主尷尬狼狽不堪。

這一次江陳會後，馬英九政府決定下重手改組海基會，多位民進黨時期進用的高階幹部相繼離職。馬紹章就在這場被外界形容為「清綠」的改組中，接下了海基會副秘書長，2014年2月調升為副董事長並兼原職。

但早在任職海基會之前，馬紹章就開始接觸兩岸事務。2005年國民黨主席連戰訪問中國大陸的「破冰之旅」，馬紹章是核心幕僚之一。連戰在北大的演講，初稿就是出於馬紹章之手。