一位理性、儒雅的老外交家的離世，表示哀悼是應當的。即使他的對手，也在這一點上忙着撈形象分。不過，死者為大，也不妨礙客觀評價其歷史作用。這一次，大陸極左（毛派）和民族主義陣營甚囂塵上的辱罵不值一評，但自由派對吳先生的正反評價，也不無各取所需。

正面評價最高上升到「外交思想」層面。然而，這一評價忽略了中共外交的基本定位：忠實執行黨中央外交方針的「文裝解放軍」。要說思想，以「韜光養晦和平崛起」保障改革開放的戰略機遇期，仍是人盡皆知的鄧小平外交路線。吳的價值在於，在外交領域整體上忠實隨高層左轉的背景下，盡力獨立思考，劣勢中敢於發聲。當然，這也得益於其足夠的資歷和退休後的超脱。

反面評價，則指責吳建民參與了「六四」後中共戲弄美國的外交戰，更指出他多次為中國人權狀況官式強辯。但對前一點，1991年只是司長的他作用不大；而後一點，則幾乎是中共高級外交官的「原罪」。