2016上半年喧腾台湾一时的浩鼎案于1月9日侦结。台湾士林地检署认定前中研院长翁启惠和台湾浩鼎生技股份有限公司（下称浩鼎）董事长张念慈涉收受贿赂及行贿罪嫌，被以贪污罪起诉；另张念慈等5名浩鼎公司内部人士则被认定违反内线交易规定，也一并被提起公诉。
爰审酌被告翁启惠身为国家最高学术机关中研院之院长，不思国家与人民所托以恪守法度、善尽职责，竟为一己私利而背于公务员之廉洁义务，于执行职务时期约及收受贿赂，实败坏国家官箴并损及人民对公务员职务公正性之信赖，为维法治及纲纪，请量处适当之刑，以儆效尤。
此涉贪风波于2016年2月爆发。浩鼎公司备受市场期待的乳癌新药 OBI-822 解盲结果（双盲测试公布结果）以失败告终，股价下跌。而后检方因民众检举调查内线交易，却接续爆出时任中研院院长翁启惠之女为浩鼎大股东，翁启惠疑似利用女儿的名义收受浩鼎股票贿赂，将新药技术转移给浩鼎；以及翁启惠在解盲前代女出售股票，涉嫌内线交易等情事。
调查过程中，翁启惠一度滞留美国，而后才在舆论压力下于4月15日返台接受调查。4月21日，翁启惠因涉嫌贪污、背信、内线交易等罪名，被台湾士林地检署列为被告及限制出境，成为中研院有史以来首名遭列贪污被告的院长。时任总统马英九于5月11日批准其请辞后，更曾使中研院院长职位一度空缺。
经过9个月调查后，检方发现翁启惠、张念慈2人私交甚笃，张为了取得中研院改进糖分子生产方法的关键技术，以降低乳癌新药成本，2011年便曾以浩鼎公司1500张技术股作为交换技术的条件，对翁进行贿赂。但后来此事因经济部有疑义告吹，双方仅犯期约贿赂之嫌。
但在2012年，张为了取得翁研究团队的研发成果及资源，再以3000张股票贿赂翁，而翁则利用其女的账户收受股票，让张念慈合资的“润雅”生技公司得以无偿地派员至中研院取得技术。因而检方认定翁、张两人各犯贪污治罪条例收受、交付贿络罪嫌。
但就涉嫌内线交易部分，检方认为翁在2月21日参加浩鼎召开的专家会议后才得知解盲后的重大利空消息，但他未直接参与临床试验业务，无证据证明其先前知悉该试验结果不佳，而其代女卖股的时间则是早于会议的2月18日，因而检方认为尚难认定翁有违反内线交易犯行。不过，张念慈及其他浩鼎公司内部人，则因知悉解盲消息，却于消息公布前出脱股票，而被认定为内线交易犯罪事证明确。
对此侦查结果，士林地检署以翁“败坏官箴”，请法官处适当之刑。当初大力质询浩鼎案的国民党立委曾铭宗则表示，结果证明他当初的质询是对，但他仍尊敬翁启惠在学术上的成就，鼓励翁启惠勇于面对。
声音
浩鼎案重创翁启惠学者形象，曾经是“最接近诺贝尔奖”的台湾人，如今，或许一座学术上的诺贝尔奖，可能都很难助翁启惠挣脱内线交易的困境。
我不认为我做过任何违背良心的事，贪污、背信等一干罪名我绝对不能接受。
起诉并非原先预期之中的结果，且事出突然，中研院内部人员今天心情都很沉重、感同身受。