5月20日，在台湾大选中获胜的民进党主席蔡英文就要正式就任总统，而现任总统马英九也将卸任。但台湾中央研究院前院长翁启惠在4月21日因涉嫌贪污等，被台湾士林地检署列为被告及限制出境，马英九5月11日批准其请辞后，作为台湾最高学术机构的中研院院长至今空缺。距离马英九卸任不足3日，中研院代理院长王泛森终于在17日致函总统府，双方确认马英九将不与三位院长候选人会面，新院长的遴选将交给下一任总统蔡英文来处理。
有关遴选任命新任中研院长之事，将会交给下任总统处理。
17日，总统府发言人陈以信确认收到王泛森致函，王指中研院无法确定能否在20日前安排3名候选人与马英九会面，马英九对此表示尊重。来函中，身为候选人的廖俊智和周美吟院士都希望马英九能对遴选过程的合法性和有效性做出明确指示，然后再面谈。
但马英九的总统府秘书长曾在5月12日的公文中称，已经认定遴选过程“于法尚无不合”，也没有必要再说明。因此，马英九决定将遴选任命事宜都交给下任总统蔡英文处理。而蔡英文的准总统府发言人黄重谚随后也回应，表示会“尊重相关体制办理”。
中研院自前院长翁启惠陷入浩鼎生技股份有限公司（下称浩鼎）股票内幕交易丑闻之后，就风波不断。他一度滞留美国，4月15日终于在舆论压力下返回台湾，21日就被列为被告，罪名涉及贪污、背信等，还被限制出境，成为中研院有史以来首个被控贪污罪的院长。士林地检署指他在中研院将抗癌技术转移给浩鼎的同时，女儿翁郁秀持有3千张浩鼎的股票，而且可能还有其他“私相授受的股份”。
5月11日，马英九批准翁启惠请辞，检方在12日立即二度约谈他，他试图证明女儿的3千股是出钱购买，但未令调查人员信服。
而就在翁启惠事件另中研院陷入舆论风波的同时，却有221名中研院的研究人员在17日发起题为《同仁的沉痛呼吁》的联署，呼吁政府“回归生技条例初衷”，检讨公务员利益冲突机制，并恢复翁启惠的名誉。文中说翁启惠推动台湾生技产业却遭“如此惨痛对待”，恐令其他研究人员不敢再将研究成果产业化。
此外，翁启惠辞职后的新院长遴选程序，也因临时变更选举方式，在台湾社会引起质疑。4月16日，中研院评议会在选举院长候选人时，临时将投票方式改为“无记名排序方式”，选出廖俊智、周美吟及郭位3名候选人。按中研院组织法规定，3名候选人要呈请总统遴选，并任命最终的院长人选。
为应对质疑，国民党在17日已向立法院提案，要求订立“中央研究院院长遴选条例草案”，明确规定中研院院长在全体院士中产生，并要求成立院长遴选委员会。草案还建议院长要先由院士推荐，再由院长遴选委员从中推选2至5人，不以排序方式，呈请总统遴选一人然后任命。草案最快在20日就能交付立法院程序委员会审查。
声音
在与候选人亲自面谈，并征询对中研院未来发展抱负之前，不宜率尔为之。
“浩鼎案”造成极大纷扰，使翁启惠院长遭受媒体强力批判及司法调查，名誉蒙受极大损害。然而，却未见催生此法的朝野各界，捍卫当初所推动之立法，向大众说明“生技新药产业发展条例”揭橥之要旨……让我们这一群研究人员深感痛心与寒心！
不论即将卸任的马英九或即将就任的蔡英文，总统的权柄只能及于同意中研院评议会提交的最高票人选，却不可能照顾或挽回中研院堕落的学术形象，中研院要砸自己的招牌，大罗天仙下凡都救不了，何况是人间权力者。