6月1日，台灣總統蔡英文上任才11天，兩岸間的互動，還在摸索試探。此時「前總統」馬英九突然逕自宣布：15日將去香港訪問。硬生生在兩岸議題上插了一腳。馬把難題丟給蔡，蔡以「不予同意」回擊。這一來一往最重要的意義在於：香港行沒了，意味着至少在未來3年的法定管制期間內，馬英九幾乎不可能訪問中國。
蔡英文政府的決定，立刻引來馬英九方面強烈反擊。馬英九辦公室在聲明中強調，此行是應亞洲出版協會（SOPA）邀請赴港發表公開演講，全程公開透明，僅在香港停留7小時，當天來回，不過夜，連在港生活的女兒都不見。這樣「高度自我約束」的安排，卻仍被否決，不僅是對卸任國家元首不尊重，恐也斲傷台灣自由民主之國際形象。
馬英九辦公室更批評不批准的理由中關於「涉密等級太高」的說法，似乎已經假定馬英九洩密機會很大，這不僅是對卸任國家元首的極不尊重，也是對台灣民主的諷刺。
批評質疑聲不只來自台灣，做為一位華人世界的政治領袖，馬英九在香港及中國一直有相當的支持度。香港親北京的建制陣營首先對蔡英文的決定不以為然，前港府首席顧問劉兆佳接受「中央社」訪問時就認為，此時正值北京向總統蔡英文施壓承認「九二共識」，而馬英九在蔡英文剛上任後就來到香港這個國際大都會講兩岸政策，也就是肯定他自己在兩岸關係上的成就，這難免會凸顯出蔡英文政府在兩岸政策上的不足。
除了親北京的建制陣營外，在香港民主派陣營夙有聲譽的學者鄭宇碩接受中央社訪問時也說：從民主角度看，他期望香港與台灣「各類團體」進行「無限制」的交流。再者，他認為馬英九在香港，應該不致有「安全問題」。
即使民進黨內部都不乏質疑聲音。獨派大老林濁水就認為「可能洩密」的說法太過了些。市議員梁文傑也在臉書上發言認為，不准馬英九到香港可以有很多理由，但「怕洩密」是比較說不通的。「如果馬英九要洩密，其實根本不用出國，對岸派人來會面，或馬派個人過去就好了。如果馬存心要這麼做，那是怎麼防也防不了的。」
為什麼一般被認為與自由派比較靠近的蔡英文政府，會以「國家安全」這樣高度不確定的法律概念，封殺一位已經是一介平民的前總統，進行一趟表面上看似無害、而且宣稱全程公開的香港行呢？在中、港輿論界，不少觀察家都有同樣的疑問。
蔡英文政府究竟有什麼盤算？
國共聯手施壓印象 踩蔡政府紅線
要探討蔡英文政府評估本案的思路，首先要回顧本案最早公布的時間。看在蔡英文政府官員眼中，這時間短的出奇：
6月1日之前，剛卸任的馬英九沒有透過辦公室向蔡英文政府表露任何出訪的訊息，也沒有任何事先的溝通與告知。蔡英文政府相關人士受訪時很納悶：卸任11天就搞定出訪香港，馬英九辦公室究竟是何時開始安排這件事？
相關人士指出，馬此行並非外界想像如此單純，性質與以前「馬市長」到訪香港並不相同，「這是第一次，台灣的卸任總統到中國大陸管轄的香港！」馬現在具有「卸任總統」身份，到達香港之後，港府是否要派人接待？什麼層級的官員？或是港府都不出面？這些都將變成首例。
形式與規格，還不是最重要的關鍵。北京選在這個時間點，同意或安排馬英九到訪香港，用意何在？以馬現在的身份，就算是短暫7小時的訪問，也不可能完全排除政治上的意涵；尤其，當馬英九在香港公開演講，必然會重申強調過去兩岸關係奠基在「九二共識」上，就目前兩岸正處於高度敏感的時間點，在香港如此敏感的地方，不但可能被刻意營造為台灣地位等同於港澳的印象，同時象徵國共「另闢管道」，聯手向蔡英文政府施壓，這已經踩到台灣新政府的紅線。
此外，馬英九可能提到「南海和平倡議」，以目前南海局勢緊繃的態勢，馬在香港這個地方表達這樣的立場，只是增加台灣面對南海問題的複雜性；相關人士也說，美國高度關注南海的局勢，可能的發言與活動將不可避免受到關注與關切。
不過就在今年2月，馬英九面對一個親近香港媒體的邀約演講，尚且有相當的顧慮而婉謝出席。2月時婉謝了7月的演講邀約，為什麼6月的反而可以親自出席？
除了「九二共識」和「南海、東海和平倡議」兩項敏感議題外。更令民進黨政府專案小組懷疑的，是馬英九這一趟香港行，裏頭究竟包含多少「主動成分」？因為專案小組清查資料時曾經發現一紙公文，內容提到「香港某媒體」曾於今年2月間來函，邀請馬前總統於卸任後之7月前往香港演講。
知情人士證實，這個所謂「香港某媒體」是《亞洲週刊》，馬英九在任時曾經不只一次引用週刊的內容，週刊的立場也傾向支持馬英九。但即使如此，當時總統府秘書長曾永權仍然回函指出，「惟以屆時恐尚未便赴港」，並且詢問對方「可否以視訊方式辦理」。
也就是說，不過就在今年2月，馬英九面對一個親近香港媒體的邀約演講，尚且有相當的顧慮而婉謝出席。2月時婉謝了7月的演講邀約，為什麼6月的反而可以親自出席？
對這個問題，馬英九辦公室人士事後的說法是SOPA的邀約在《亞洲週刊》之前，因為不宜短時間內一去再去才婉謝《亞洲週刊》。辦公室人士強調，馬英九是被動受邀去香港談馬習會和兩岸關係，原本到香港必定會與香港民主與人權的問題互動，而這一切是哪一方安排，馬英九方面並不清楚。
上述這一段說法，是不是曾經傳達給蔡英文政府的專案小組，外界不得而知。但從結果看來，馬英九赴港實際交涉的過程，仍然讓蔡英文政府高度存疑，而最終支持了「不予同意」的決定。
台灣政府不准馬英九訪港的四點理由
訪港或為日後訪中鋪路
「馬前總統」瞄準兩岸領域，這令人聯想到去年11月歷史性的「馬習會」後，馬習何時「二會」始終引人揣測。兩岸人士就認定，馬此行去香港，應該是為了日後訪問中國大陸暖身鋪路。
簡單說，蔡英文政府透過這件事，向北京傳達了一種訊息，如果刻意跳過兩岸官方「第一軌」，透過私下默契安排馬英九訪港，這樣的模式不可行。為了馬的香港行，北京還是關門不願溝通協商，這也不可行。同時，蔡政府也向馬傳達了一個訊息，不能去香港，以後要去中國大陸，機會渺茫。
把時間再拉遠，回顧國共兩黨在2005年的「破冰」，連戰和胡錦濤一乾杯，「國共論壇」就此成立。之後每逢國共論壇，就成了北京政府單方面發布「惠台政策」的時候。說「單方面」也不盡然，因為形式上是「國、共兩黨共同商議發布」，完全繞開了當時的民進黨政府。這一段歷史，在陳水扁時代歷任要職的蔡英文必定點滴在心。
如今民進黨再次上台，「地動山搖」的陰影沒有消除，兩岸官方「第一軌」，至今還搭不上線，兩岸未來何去何從，情勢詭譎多變。在蔡英文方面，520就職演講，拋出《中華民國憲法》、《兩岸人民關係條例》作為定義兩岸關係屬性的依據。台灣官方兩岸事務相關人士分析，這個出乎預料的善意或讓步，的確讓北京有「直接的感受」。因此，北京官方學者第一時間公開發言認定蔡表達了「善意」、「符合相向而行的第一步」；但接着中國官方口徑轉了調，緊咬住「九二共識」，重新設定「九二共識」必須是兩岸兩會 ( 海基會與海協會 ) 延續溝通協商機制的前提。兩岸高層間的拉扯角力進入不同階段，蔡遲遲未推出新任海基會董事長，也肇因於此。
但弔詭的現象在於，明明蔡英文退了一步，拉進了與北京的距離，但藍軍反而出現高度的憂慮。連忙以質疑取代肯定，趕緊重申「九二共識」；藍營學者則是紛紛撰文提醒，認定蔡政權是「借殼上市」，骨子裏還是「台獨基因」。
北京當權派自己設定了「同屬一中的九二共識」，而中國共產黨自始自終把兩岸定性為「國共關係下的內戰遺緒」，這些「條條框框」不能輕易轉身改變。因此「民共互動」可以暫時停滯，國民黨這個「老朋友」不能遺棄，國共平台的延續，對內有平撫質疑，強化「政治正確」的作用，消除權力矛盾下被咬住藉口的機會；對外則有逼迫蔡英文政府再讓步的操作空間與功能。
據透露，國民黨現正積極與對岸交涉溝通，接洽如何舉辦新形式的國共論壇，還有國共兩黨領導人會面，時間點規劃在9月至10月間。
馬英九和國民黨內心都很清楚，蔡英文政府執政期間，唯一能夠發揮的空間舞台，就是兩岸。只要兩岸官方「第一軌」遲遲無法搭建，國共之間就有「第二軌」的機會；馬英九擁有「卸任元首」的頭銜身份，把過去8年兩岸互動當作重大施政成果，馬想在歷史舞台上找到新的鎂光燈，目標就是成為「第二軌」的核心，凌駕國民黨，也超越連戰。
台灣在野的藍營以及北京的非主流勢力，在兩岸問題上，立場巧妙地趨於一致，為了以後的政治利益，都不希望見到「民共搭橋」，兩者都緊抓着「九二共識」。
眼看着在論述上藍營和北京漸趨同調，在戰略上中共似乎有意把馬英九培養成新的代理人。不難想像蔡英文政府必須果斷行事，決不容許在自己上任初期就出現一位「新連戰」牽制民進黨政府的兩岸政策。或者退一萬步，如果「新連戰」的出現勢不可免，也要拖到3年過去，馬英九可以訪問中國大陸之後。以爭取時間安排、理順民進黨政府與北京的關係。
換言之，在這個複雜敏感的時間點，馬在試探蔡，北京也在試探，蔡政府也藉此表達明確的態度與立場，把試探拋回給北京。從這樣的脈絡來看，馬英九的香港行，則是現階段兩岸複雜多角的賽局裏，一個極為敏感的政治動作，但馬英九本人更多只是一個被動的角色。
不過對馬英九來說，香港行被蔡英文政府否決，可能也是「利大於弊」。以「受害者」的姿態，獲得藍軍整體的同情與支持，馬可以站穩藍軍中心點的位置，實質上的高度已經超越了國民黨。
但最後回問一個問題，既然蔡英文在就職至今明白表現了一定的善意，北京何不索性接下這個球？答案可能是明年中共十九大前，北京政治高層權鬥傳聞不斷，內部非主流派藉勢強硬高舉「政治正確」，壓迫當權派面對台灣問題時不能有太多開展，只能保守地緊抓「九二共識」。
現階段，台灣在野的藍營以及北京的非主流勢力，在兩岸問題上，立場巧妙地趨於一致，為了以後的政治利益，都不希望見到「民共搭橋」，兩者都緊抓着「九二共識」。
事實上，兩岸當權派之間的角力，不只是雙邊的競合如此單純，首先的挑戰都來自內部矛盾。台北的朝野之爭、北京的鷹鴿拉鋸都是如此，因而形成一種多角的賽局，這是決定未來兩岸走向不可忽略的脈絡。馬英九去香港這件事，必須先放在這樣的局面下看待。