中國山東省非法疫苗案曝光後，內地兒童赴香港打疫苗的數量有增長趨勢，引發香港「疫苗荒」的擔憂。香港衛生署於3月30日宣布，為確保符合資格人士的服務不受影響，將於4月1日起在下轄的31間母嬰健康院全面實施疫苗配額制，每月只向非本地兒童提供120個疫苗注射服務名額，每間健康院將分到2至7個名額。
衛生署助理署長（家庭及長者健康服務）李敏碧表示，上周起來自非合資格兒童家長關於疫苗的電話查詢明顯增多，以往每天只有數宗，但3月24日、29日已分別增加到逾80宗和120宗；而衛生署下轄的12間母嬰健康院3月新症預約已爆滿，部分更已排期至4月、5月。
李敏碧強調，政府的政策是優先服務本地兒童，非符合資格人士只能在服務有餘額時使用非緊急公營醫療服務；署方將密切檢查非符合資格人士對這些服務的使用量，如有需要，會隨時調整限額或暫停接受非符合資格人士預約。
此外，衛生署還表示公營醫療系統現時沒有出現疫苗短缺，署方正聯繫醫學團體及疫苗供應商，如有需要會要求進口更多疫苗。
署方已考慮一系列因素，包括香港出生人數、符合和非符合資格人士到母嬰健康院的就診人次，以及人手安排等，釐定該限額。
李敏碧表示，疫苗限額數量是按往年的服務量而定，去年平均每月約有5千宗新症預約，其中非本地兒童佔110個。她指現時提供120個限額已「畀多咗少少（給多了一點）」，但評估後認為這一數量仍可應付。
澳門也在山東非法疫苗案發後採取了行動。澳門衛生局於3月28日發布公告，指衛生局採購的防疫接種疫苗不會供應給非澳門居民，遊客只能自費接種破傷風等緊急疫苗，呼籲本地居民毋須就疫苗短缺擔心。
對於為何不效法澳門只為本地兒童提供服務，李敏碧表示並未完全排除相關措施，若情況嚴重到本地服務受影響，例如兒童針期被延誤，則會考慮全面停收非本地兒童。
但兒科醫生余則文認為，應全面取消非本地兒童使用香港母嬰健康院服務。他指相關服務由公帑支付，而非本地兒童打針只付成本價，且有可能影響本地兒童的輪候時間。
立法會議員郭家麒也認為，不應由政府補貼非本地兒童的疫苗注射服務，而是應該由私家醫生為非本地兒童打針。他亦擔心實行「限額制」後，內地家長不斷致電預約，造成前線工作人員壓力及混亂，因此建議設立疫苗查詢專線。
聲音
（香港）當局遲遲未肯推出措施，是怕得罪內地部門。澳門與內地關係，明顯比香港與內地好，港府見澳門發出公告，等同「有人墊底」，於是才肯推出港人優先措施，做法非常可悲。
有服務餘額時接收非本地居民是一直以來的措施，服務量向來亦保持穩定。
香港人口基數比較固定，但是內地兒童數量龐大，一旦都湧入香港接種疫苗，藥廠將很難估計實際的供貨量，最終導致跟香港本地兒童買不到奶粉的局面一樣，如果不實施政策，即便是私立醫院或診所，都可能會出現供貨不足的情況。