中國大陸於今年7月1日起對台免簽，並在福建省試點推行卡式台胞證，台灣居民只要持台胞證就可以免簽進出大陸。9月21日，大陸宣布全面啟用新版卡式台胞證，並停發原來的紙版台胞證，此舉引起台灣方面不滿。台灣行政院院長毛治國指兩岸未完成協商，大陸單方面宣布的做法非常不妥。而新證件在信息安全、是否令台灣「內國化」等方面，亦在島內受到廣泛質疑。
好歹商量一下，太不尊重我們了。
台灣行政院院長毛治國稱，「看報紙才知道」這一消息，認為此舉「傷害台灣人民感情」、「非常不滿意」，並表示陸委會此前已向大陸方面表達訴求，認為推行卡式台胞證需要等台灣方面釐清相關議題後才實施。台灣陸委會也在聲明中稱，「大陸的作法欠缺完善思考及周延配套，也沒有與我方進行良好的溝通，作法上不尊重我方」。
民進黨立委邱志偉認為，事件反映大陸沒把陸委會放在眼裏，兩岸對等協商機制已逐步失靈。陸委會則表示，已促請陸方釐清外界疑慮，並呼籲對方在有關兩岸重大措施調整的問題上，強化事前溝通。
除程序問題外，卡式台胞證也引發安全性質疑。與紙版相比，卡式台胞證內嵌智能晶片，台灣政治大學國關中心主任丁樹範認為，新證便於定位個人行蹤、監控能力更強，「不僅隱私權喪失，國安危機更大」。但台灣行政院官員回應稱，該晶片沒有射頻功能，無需擔心被定位。
還有人擔心，卡式台胞證令台灣被矮化。台聯黨立委賴振昌認為，卡式台胞證類似香港、澳門民眾的「回鄉證」，此舉形同把台灣「內國化」。國民黨立委林郁方則認為，台灣是民主社會，享受便民措施不等於支持兩岸統一，「不需要太多憂慮」。
面對島內憂慮，大陸國台辦發言人馬曉光21日表示，卡式台胞證是對紙質台胞證的電子化改版，名稱、功能等均未改變，是為了「進一步便利兩岸同胞往來，推動兩岸同胞之間的交流」。上海台灣研究所常務副所長倪永傑也指出，卡式證件機讀起來更方便，且便於攜帶、不易毀壞，符合新的技術要求及規範。他又強調，不應用「台獨」立場看待卡式台胞證。
聲音
陸方單方面認為，卡式台胞證對台灣民眾是很方便的措施，適用範圍、對象，都和以前紙本台胞證一樣；但是，台灣民眾還是有一些疑慮……我們要求陸委會一定要跟陸方溝通清楚，解除大家疑慮之後再公布實施比較好。
很多台灣人民都對隱私權、資安問題有疑慮，因此政府在處理此事時，務必要透過協商將人民擔心的問題處理好。
此事充分顯示馬（英九）當局對兩岸問題的處理失去主動性，既不能協商於前，又無法善了於後。
大陸其實對台灣民眾免簽已研議多時，即使台灣總統大選將近，仍不避諱在這個時間宣布。意在凸顯只要能強化台灣民眾對大陸的支持，大陸都會持續進行。
