今年3月，台湾发生陆配网红“亚亚”刘振亚因涉武统言论遭移民署废止居留许可并限期离境，类似个案频传，陆籍配偶与台湾人涉中国身分与言论问题成为社会焦点。4月初，台湾移民署再启动全面清查作业，向1万2000多名陆配与陆配二代寄出通知书，强调若未在三个月内补缴“大陆除籍证明”将被注销台湾户籍。
不过，移民署澄清，此次清查作业为2004年法令延宕执行的行政补件行动，与亚亚事件并无直接关联。民进党立委沈伯洋也强调，此波清查是在2004年以前取得身分证的陆配。移民署自去年10月就开始清查了三波，这是最后一波，也就是入籍超过21年的陆配。
台湾曾在2004年3月1日修订《台湾地区与大陆地区人民关系条例》（下称两岸关系条例）第9-1条，明定台湾地区人民不得在大陆地区设有户籍或领用大陆地区护照，否则丧失台湾地区人民身份等权利，并由户政机关注销其台湾地区的户籍登记。
该法也要求，2004年以前取得台湾身份的陆配，必须在6个月内注销大陆地区户籍或放弃领用大陆地区护照并向内政部提出相关证明者，才能保留台湾地区人民身分。
但根据移民署统计，目前在台取得身份的陆配逾14万人有约13万人已提出注销大陆身分证明，但仍有1万2000多名陆配及陆配二代未缴交丧失原籍证明。
过去20多年来，移民署若接获原陆籍人士被检举在大陆设有户籍，就会采取动作，截至发稿前，已有676人被注销台湾户籍。内政部于4月17日表示，频繁往返台湾、中国，超出在台湾正常生活约有30人，有部分按规定取消户籍；此外，目前有19名台湾人因持有中国身分证而遭废止户籍。移民署近期的执法态度由被动转为主动，全面清查陆配、陆配二代缴交大陆除籍证明。对此，移民署副署长陈建成说，给予三个月内补缴的时间，是不乐见直接注销台湾身份的情况发生，“让想留在台湾生活的人可以留下来。”
然而，政策一公布，引发不少在台陆配、陆配二代恐慌；加上此次收到通知书者有不少在台居住超过20年的陆配，因身份资料遗失、找寻不易、健康因素又或是政治风险，导致赴陆办理相关证件有一定困难，导致大量陈情案件出现，移民署、海基会专线打不进去，不少移民署基层人员也无能为力。
国民党立委王鸿薇表示，收到大量陆配子女的陈情，而且是已来台20、30年的陆配，要求他们3个月内提出在陆撤销户籍证明、否则要被除籍，恐怕成为政治人球。
民进党立委庄瑞雄日前在立法院司法法制委员会质询时指出，《两岸关系条例》在2004年修正落实后，经历总统马英九、蔡英文到现在的赖清德，超过20年都无人清查；如今有些人未必敢回去，有政治风险或身分敏感的问题，强求他们回去也是强人所难。如今3个月死线定下，假若陆配若缴不出丧失原籍证明，政府真的敢注销其身分吗？民众党立委麦玉珍批评此举为“政治清洗”，呼吁政府提供替代佐证方案。
以在台移民第二代为主体的倡议团体“移民青年倡议阵线”也在4月14日召开记者会，理事长刘千萍也指出，行政单位在20年前未彻底执行《两岸关系条例》新制，直到现在才要求补件，相当于行政机关将依法行政断层的成本转嫁给公民，做法太过粗糙。
也有多位学者发声，包括政大劳工研究所教授刘梅君质疑，此一政策是政治动作，大于依法行政。
另一方面，此次收到须补缴除籍证明者，也有为数不少为在大陆出生、但年幼就移居台湾的陆配二代，例如YouTuber“台湾媳妇lily丽丽”就录制影片分享，自己的大女儿在对岸出生不久便来台，但当初在大陆的房屋早已卖掉，以至于不知该上哪去办理“早已消失的户籍”。
对此，陆委会副主委梁文杰回应，此次移民署全面清查，主因是在疫情期间，很多陆配嫁来台湾、取得身份，可是不方便返回中国大陆取得除籍证明，当时政府给予民众宽限期，现在疫情后必须请大家回去拿；另一方面，有部分“迟迟没有缴交除籍证明者”及近期相关检举案件，让政府决议完备过去应建立的单一身份制度。
陈建成也承诺，目前移民署研议，若陆配或陆配二代无法顺利取得丧失原籍证明文件，将兼顾执行之必要性及人道需求，提出配套措施；移民署也设有服务电子信箱及22个服务站，供其陈情个案问题。
争议一出，陆委会于4月10日召开记者会，规划四种类型的人群可适用“替代方案”，以具结方式取代除户文件，一是赴陆恐怕会有人身安全疑虑的人，如政治、宗教因素曾遭迫害，回去可能被补；二是因重大伤病，且卧床配合医师疗程，身体衰弱或行动不便者；三是10年来没去过大陆者（2015年1月1日起）；四是台商子女，年幼来台，主张从来没有在陆设籍，也可以提出经主管机关审核确认。
陆委会在4月16日又新增了二类人群，包含70岁以上高龄者与低收入户，可以具结取代除户证明。陆委会也宣布部分情况，如因服刑、兵役、家庭遭遇重大变故、照顾重大伤病亲属、当事人怀孕等，可申请“延后赴陆办理”，可在各项事由消灭后延长三个月到一年不等的期限。
中国国台办对于此情况，批评台湾政府升高两岸对立。陆委会则回应依法行政，并提供最大宽容。
移民署初步统计，目前1.2万多名未缴交丧失原籍证明的陆配及陆配二代中，约有5000人符合具结或可延后的宽限资格。
不过，移民青年倡议阵线也指出，这波清查对于许多新住民来说，也埋下不安感，“即使取得台湾身分证，不知道哪一天判定会不会又有变动。”对于收到通知的新移民家庭来说，不仅有实务执行上的困难，也带来情感伤痕。
此外，移民青年倡议阵线也指出，目前仍有约7000名陆配及家庭成员面临在台除籍的关卡，即便当事人可赴陆补件，中国大陆城乡差距大，有些乡下地方必须转乘多次交通工具才能抵达；中国大陆偏乡公务人员对于行政的了解程度不一，若年代久远者很可能处理不了，使得不少新移民家庭面临焦虑。
