公元5012年，外星人入侵地球，几乎完全摧毁人类文明。仅存的人类逃往月球，守护地球的是人造人（Androids）——人类创造的机器人。它们与外星人制作的机械生命（Machines）军团作战，一战就是数千年。
作为玩家，我们扮演来自地球的人造人：战斗型人造人2B和分析型人造人9S。刚刚出场的她们被委以相同使命：消灭地球上所有外星人与机械生命，协助人类重返母星。要到任务开始多年以后，当人造人2B知道这个使命源自一个巨大的谎言，她才会想起与机械生命“波伏娃”的殊死一战、乃至整个任务根本没有那么伟大的意义。
“波伏娃”不是普通的机械生命，它煞费苦心模仿人类行为，打扮成女人模样：美丽面具、红色盖头、鲜艳裙装，身上还挂著人造人的尸体作为装饰。一见面，它就朝著2B和9S发出惨烈的鸣叫，不断发射出球型弹幕和跟踪导弹，疾速进攻。战斗正酣，它忽然机械地扭动身体，发出巨大的声波：“我……我……要变得更美丽！！”霎那间，场上出现无数人造人的尸体，他们都被“波伏娃”改造成武器，向2B和9S发起攻击。“波伏娃”的哀鸣一声惨过一声：“变得更漂亮……变得更漂亮……更漂亮……”最终，“波伏娃”不敌主角进攻，身上的装饰被焚烧一空，光秃秃的机械残骸散落一地。
这本当是一场正义的胜利——人类创造的人造人消灭对方一员大将，推进人类重返地球的庞大计划。然而一切并没有那么简单。