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港府在圣诞前夕公布将于西九文化区兴建香港故宫文化博物馆后，连日来引发不少争议。有声音质疑，相关项目绕过立法会审批拨款程序、缺乏公众咨询，并且没有进行公开招标。1月5日，民间组织“JR团队”成员卢俊宇向高等法院提出司法覆核，要求法院颁令就项目进行公众咨询及公开招标。
而政务司司长办公室及西九文化区管理局在同日交予立法会的文件显示，西九管理局将在本月9日起，就相关项目展开为期6周的公众参与活动，活动会收集公众和持份者对博物馆设计和营运、以及其展览和教育活动的重点方向的意见。
换言之，此次咨询并非讨论建或不建，而是如何建。
西九文化区管理局又解释说，之所以没有前期的公共咨询，是因为项目的特殊情况和保密的要求，当局与北京故宫在签署《合作备忘录》之前没有任何基础进行公众咨询。而身兼西九管理局董事局主席的政务司长林郑月娥，1月6日将向立法会内务委员会解释整个计划。
政府提交的文件中，包括了《合作备忘录》文本。文件显示，之后在香港展出的故宫博物院展品，将由双方协议；而西九管理局会成立一间全资拥有的附属公司，负责香港故宫文化博物馆管治事宜。
另外，文件列明：“任何一方可以在任何时间以任何理由给予6个月预先通知，以书面终止本备忘录。本备忘录一旦终止，双方均不须向对方负上任何责任。一旦终止本备忘录，西九管理局将停止使用‘故宫’名称。”
至于提交司法覆核的卢俊宇就声明指，知悉政府将进行公开咨询，但这并不妨碍自己申请司法覆核，因为相关咨询不是就是否兴建香港故宫文化博物馆作咨询。他表示，根据《西九文化区管理局条例》第19条，管理局须就有关发展或营运艺术文化设施等咨询公众，又质疑今次工程没有公开招标，违反一般政府工程程序。
如果大半年，用来走这些程序，只要有一方说不同意，就会产生一个非常尴尬的局面。
12月23日报导：为庆祝香港回归20周年，西九龙文化区将建故宫博物馆
12月23日下午，香港特首梁振英、政务司司长林郑月娥在北京与故宫签订合作协议，宣布将于香港西九龙文化区兴建“香港故宫文化博物馆”。香港赛马会慈善信托基金会将捐出港币35亿元，以资助设计、兴建该博物馆及其筹备展览的费用；博物馆将于明年动工，预计于2022年落成，将长期展示北京故宫珍藏文物。
据香港电台引述西九文化管理局的消息报导，该博物馆并非北京故宫在香港设置的分馆，北京故宫将不会参与其日常运作事务；该博物馆的兴建、管理及营运，将由西九管理局全权负责，局方将为博物馆成立全资拥有的附属公司。
据特区政府公布，博物馆建筑面积达3万平方米，设有展览馆、教育活动室、演讲厅等设施；西九文化管理局则指，馆内将设有专门展示宫廷生活和文化珍品的永久展厅。
梁振英在签约仪式上形容，今次合作是庆祝香港回归二十周年的“最好、最大的礼物”；他又表示，香港土地珍贵，特区政府于九龙半岛西部市中心海旁拨地兴建该博物馆，是以行动说明政府高度重视文化艺术事业。他又强调，香港是中华民族的一份子，港人“为故宫感到骄傲，为中华民族感到自豪”。
故宫博物院是世界上最有影响力的博物馆之一，承载了五千年的中华文明。到过故宫的香港人，都为故宫感到骄傲，为中华民族感到自豪。
林郑月娥则表示，香港故宫文化博物馆切合西九文化区作为香港艺术枢纽的愿景，也与其他正在兴建或规划的核心艺术文化设施配合，特别是西九文化区 M+ 博物馆；她形容，两间博物馆分别展现中华传统和西方现代艺术，将构成一幅“华美的文化织锦”。