9月13日，美国贸易代表向世界贸易组织（WTO）发起申诉，指控中国通过设定最低收购价的形式非法补贴水稻、玉米和小麦种植户，造成市场价格扭曲和生产过量，称这一行为不仅有违2001年中国加入 WTO 时的承诺，也使得美国农民无法与之进行公平竞争。
金融时报称，美方认为在2015年，北京通过设定偏高的大米、小麦和玉米最低收购价，向种植户提供近1000亿美元非法补贴。这一数字接近2015年全年美国对华出口额。美国贸易代表办公室称，2012年以来，中国对小麦、籼稻、粳稻和玉米四种农作物的价格补贴均高于WTO规定的8.5%的上限。
中国商务部回应称，中方对美方就此提出的磋商请求表示遗憾，将根据世贸组织争端解决程序进行妥善处理，积极维护中国的产业利益和贸易利益。
中国不止拒绝履行加入 WTO 时的承诺，还试图通过隐瞒它为农民提供的补助掩饰其违法行为。中国政府和越来越多先进的发展中国家（advanced developing country）的做法，正对危害美国农民和牧场主。
美国参议院农业、营养、林业委员会成员 Debbie Stabenow 表示，他将密切关注这一事件，中国需为损害美国农民利益的反竞争贸易案例负责，“我们必须确保美国农民在公平的竞争环境中。”
据 WTO 规则，提起申诉、要求磋商是贸易争端解决机制的第一个环节。如果磋商无法达成满意结果，美方可提请WTO成立专家组进行审理。
美国政府向 WTO 申诉后双方达成和解并非没有先例。今年4月，在美国政府的持续申诉下，中国政府终于同意停止通过“示范基地”公共服务平台体系对7大行业提供贸易补贴，包括纺织服装与鞋类、先进材料和金属、轻工业、特种化学品、医疗产品、五金建材和农业。
不过，研究机构 AgResource 的首席经济学家 William Tierney 认为，“未来六个月最大的影响可能是刺激中国对包括农产品在内的美国商品实施反倾销关税。诉讼不会对中国的农业政策产生影响。”
美国小麦价格上月跌到10年新低，玉米价格同样在今年触及9年来新底，而根据美国农业部的数据，2015年中国已是仅次于加拿大的美国农产品第二大购买国。能源咨询公司 Pira Energy Group 农业大宗商品高级主管 Peter Meyer 指出，“此次美国申诉的时机很冒险，因为大多数玉米和小麦的农民正努力达到收支平衡。”美国政府选择了激怒最重要的客户而非与其谈判协商。
此次贸易争端是2009年以来美国贸易代表第14次就中国的贸易补贴向 WTO 申诉。它不仅使得中美贸易摩擦进一步升级，也令奥巴马政府更加看中 TPP（跨太平洋贸易协定）的意义。
美国总统奥巴马在13日就指出， TPP（跨太平洋贸易协定）对于保障美国在全球贸易竞争中能够主导局面有重要作用，“当美国工人、商人和农民在全球经济中拥有公平竞争机会时，我们会赢；当其他国家蔑视规则，试图削弱美国工人和农民时，我们需要让他们负责。”