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6月20日，香港特首梁振英在特首办与保安局局长黎栋国一同会见传媒，回应铜锣湾书店事件。梁振英表示，会就事件做三项措施，一是去信中央反映港人忧虑，二是检讨香港与内地的通报机制，三是有需要会安排官员到内地跟进。
梁振英说，特区政府一直严格按照基本法和一国两制处理香港特区事务。他强调，基本法只授权香港的执法机关在香港执法，因此香港以外的任何执法机关，包括内地和外国执法机关，都无权在香港执法。因此，所有境外人员在港执法，是违反香港法律，不能接受的。
此外，梁振英还重申，特区政府一直重视铜锣湾书店事件，警方也有立案调查，并主动透过现有机制向内地相关部门查询、要求协助。他还指，上周林荣基开记者会后，警方已经立即主动联络林荣基，希望了解事件的始末和真相，并为林荣基提供协助，确保他的人身安全，目前正等待林荣基答复。
梁振英又指，20日早上召开记者会前，已就铜锣湾书店事件召开了跨部门会议，他刚刚结束休假回港。
6月17日报导：李波脸书“澄清”林荣基说法，建制派反指林“一面之词”
铜锣湾书店店长林荣基在6月16日晚上关于自己被内地官方拘捕内幕的发言，引起轩然大波。
中国外交部强调内地部门“有权依法处理”林案，曾关押林的宁波警方则否认曾强迫林荣基不得聘请律师；有香港泛民主派议员计划在立法会大会提出紧急质询讨论铜锣湾书店事件，而一名建制派议员则批评这只是林的“一面之词”。
人在香港的铜锣湾书店另一股东李波，17日中午在个人 Facebook 写道：“本来不想再说，但林荣基说的一些话，我不得不澄清一下”。
他澄清内容包括三点：一，他“从来没有使用过铜锣湾书店的电脑，更没有打印过任何顾客名单，当然不可能把什么名单交给公安。”；二，“我在和林荣基谈话时，根本没有提到过我怎样返回内地的事，更没有跟他说过『非自愿被带返内地』或类似的话”；三，这段期间，他配合调查的是宁波公安机关，没听说过“中央专案组”这回事。
他还指今天去找他的记者很多，但他要说的都说过了，“希望大家能给我和我的家庭一点安宁和私隐”。林荣基16日晚在记者会上指，李波当日早晨私下跟他透露是“违反自己意愿被带走”，且李波曾将铜锣湾书店的读者订书资料依中央要求带回内地，使内地掌握500到600名读者资料，而提审他的人既不是国安、军人，也不是公安，而是“中央专案组”。
由于林荣基先生事件影响，由即日（2016年6月16日）开始，本店不会保留任何会员购书记录，
宁波公安：林荣基已认“非法经营罪”
在铜锣湾书店案中常常能拿到“独家”报导的星岛日报，则在17日的报纸中引述了宁波市公安局一名负责林案的警员。警员指林荣基等人“在明知违反内地法律的情况下，长期向内地非法销售大量未经内地有关部门许可的书籍”，涉嫌“非法经营罪”。报导还指，早在2012年9月，林荣基就曾因为携带非法书籍入境，被罗湖海关行政处罚。
星岛引述该警员说，2015年10月24日，林荣基在入境罗湖口岸会见其女友胡某时，被公安机关“依法采取强制措施”。警员指胡某是林荣基非法经营案的涉案人员，而林荣基和胡某是出于“自身的原因”才主动写了不聘请律师、不会见家人的声明。但林荣基在6月16日记者会上的说法则是，到宁波以后对方要求他签署这两项声明，而自己是“孤零零一个人，唯有签纸”。
报导还称，林荣基在2013年10月到2015年10月，用伪装封面等手段，直接邮寄或由在内地的胡某等人转寄书籍，把书籍销售给内地购书人，并通过内地银行卡收款。该警员称林荣基已经认罪，并书写了认罪悔过书，随后被取保候审。
林在16日的发布会上称自己一再表示希望回港见到家人，但该警员对星岛日报表示是林荣基自己提出与妻儿关系不和，因此在香港居住困难，从而请求公安机关帮助。
林荣基于6月14日返港，该警员指是公安机关根据林的申请同意他回港处理个人事宜，但“鉴于林目前的情况”，办案部门将“适时提请启动与香港警方的相关工作机制”。
中国外交部指“有权依法处理”林荣基
17日下午，中国外交部发言人华春莹在北京回应林荣基事件，指宁波公安机构已经接受一家香港传媒采访澄清事件，又指“林荣基是中国公民，他在内地违反中国法律，中国部门当然有权依法处理”。华春莹还否认林荣基所说的李波涉被跨境执法，指李波已经“通过某种方式否认林荣基的说法”，又指中国政府贯彻一国两制的决心坚定不移。
由于特首梁振英正在外休假，因此港府由署理特首曾俊华出面表态。被问到此事有否影响一国两制时，他重申香港以外的执法人员若在港执法是不合法，港府不能接受。
同日上午，香港政府发表新闻稿回应传媒查询，指警方正在主动联络林荣基了解，并会做适当的跟进。港府指香港警方曾在林荣基14日返港后在口岸接触他，当时林要求销案，并指无需香港政府或警方协助。但林荣基在16日记者会上被问到有否寻求香港警方协助时，指警方不站在市民一边，也不知港府救过什么人。
中国官媒环球时报则在17日的报纸上发表社评《铜铁湾店长“翻供”的实质内容不多》，指林荣基的话“显然提供了全面质疑铜锣湾书店失踪五子案件的最新炮弹，让内地执法部门看上去有些被动”，包括指李波被“跨境执法”从香港抓走，但却没有提供证据，李波本人也不是这么说的。
报导还指林荣基的记者会“至少证实了他在内地没有受到虐待和刑讯逼供，这与一些人凭空想像的内地执法人员会粗暴对待林荣基等被抓者的情景显然不一样”，又说林荣基承认是在深圳被捕，这说明内地警方对违反内地法律的林荣基采取强制行动，是“符合法治原则”。
不过，这篇报导的网络版已在17日中午时被删除。
实质内容不多？那说明还是有一点的。
香港多团体谴责、示威，泛民将约见林郑月娥
16日记者会后，香港泛民主派政党公民党发表声明，指事件是“回归以来最严重的政治掳劫事件”，批评“中央政府无视一国两制”。声明还谴责中央政府“捏造事实”，“掩饰政治掳劫事件”，要求港府严正要求中央保证不伤害林荣基及其他铜锣湾书店的相关人士，并就跨境执法事件向中央严正交涉，要求中央向港府转交涉案公安，由香港律政司检控。
公民党还提出，必须成立专责委员会彻查事件，一有结论就向市民交代及公开道歉，涉事和知情的官员应立即问责下台。公民党党魁梁家杰说，泛民将在下周的立法会大会上提出紧急质询，并约见政务司司长林郑月娥等人。
民主党立法会议员、立法会保安事务委员会委员涂谨申则认为，内地要求林荣基交出寄书纪录，就反映出对方并非只着眼于林带禁书回内地的问题，加上内地也没有禁书名单，没有明文规定不能说哪些言论，“以这样的角度实践一国两制，令香港不知如何自处”。
而亲政府的建制派议员则多回避媒体采访。港区全国人大代表刘佩琼对明报表示，“事情太复杂，非我所能理解。”而全国人大代表、民建联立法会议员叶国谦表示， 林荣基是因违反内地法例被拘留，内地做法并无抵触基本法，看不到涉跨境执法，立法会无理由跟进。
声音
林荣基钜细无遗披露细节，差不多确认了越境执法的存在，很难否认，内地当局也无依据宪法处理，是严重冲击一国两制，对香港人信心造成负面影响。
现时只是一面之词，点知你真定假（怎么知道你是真的还是假的），开记者会亦无拿出真凭实据。
林一回到香港就开这个记者会，并且不担心自己的安全，这从一个侧面也证明了香港的自由。香港一些舆论宣称铜锣湾书店案使得“一国两制”从此“不复存在”，他们在做此批评时应当悠着点。