中国山东省非法疫苗案曝光后，内地儿童赴香港打疫苗的数量有增长趋势，引发香港“疫苗荒”的担忧。香港卫生署于3月30日宣布，为确保符合资格人士的服务不受影响，将于4月1日起在下辖的31间母婴健康院全面实施疫苗配额制，每月只向非本地儿童提供120个疫苗注射服务名额，每间健康院将分到2至7个名额。
卫生署助理署长（家庭及长者健康服务）李敏碧表示，上周起来自非合资格儿童家长关于疫苗的电话查询明显增多，以往每天只有数宗，但3月24日、29日已分别增加到逾80宗和120宗；而卫生署下辖的12间母婴健康院3月新症预约已爆满，部分更已排期至4月、5月。
李敏碧强调，政府的政策是优先服务本地儿童，非符合资格人士只能在服务有余额时使用非紧急公营医疗服务；署方将密切检查非符合资格人士对这些服务的使用量，如有需要，会随时调整限额或暂停接受非符合资格人士预约。
此外，卫生署还表示公营医疗系统现时没有出现疫苗短缺，署方正联系医学团体及疫苗供应商，如有需要会要求进口更多疫苗。
署方已考虑一系列因素，包括香港出生人数、符合和非符合资格人士到母婴健康院的就诊人次，以及人手安排等，厘定该限额。
李敏碧表示，疫苗限额数量是按往年的服务量而定，去年平均每月约有5千宗新症预约，其中非本地儿童占110个。她指现时提供120个限额已“畀多咗少少（给多了一点）”，但评估后认为这一数量仍可应付。
澳门也在山东非法疫苗案发后采取了行动。澳门卫生局于3月28日发布公告，指卫生局采购的防疫接种疫苗不会供应给非澳门居民，游客只能自费接种破伤风等紧急疫苗，呼吁本地居民毋须就疫苗短缺担心。
对于为何不效法澳门只为本地儿童提供服务，李敏碧表示并未完全排除相关措施，若情况严重到本地服务受影响，例如儿童针期被延误，则会考虑全面停收非本地儿童。
但儿科医生余则文认为，应全面取消非本地儿童使用香港母婴健康院服务。他指相关服务由公帑支付，而非本地儿童打针只付成本价，且有可能影响本地儿童的轮候时间。
立法会议员郭家麒也认为，不应由政府补贴非本地儿童的疫苗注射服务，而是应该由私家医生为非本地儿童打针。他亦担心实行“限额制”后，内地家长不断致电预约，造成前线工作人员压力及混乱，因此建议设立疫苗查询专线。
声音
（香港）当局迟迟未肯推出措施，是怕得罪内地部门。澳门与内地关系，明显比香港与内地好，港府见澳门发出公告，等同“有人垫底”，于是才肯推出港人优先措施，做法非常可悲。
有服务余额时接收非本地居民是一直以来的措施，服务量向来亦保持稳定。
香港人口基数比较固定，但是内地儿童数量庞大，一旦都涌入香港接种疫苗，药厂将很难估计实际的供货量，最终导致跟香港本地儿童买不到奶粉的局面一样，如果不实施政策，即便是私立医院或诊所，都可能会出现供货不足的情况。