有人指學術自由在中國早已名存實亡，這此徹底「裸奔」，將會帶來怎樣的影響？
復旦大學曲衛國教授提出學術「無用而自由」，學術自由的實質為何？
有網友提出學術難以獨立的根本性問題，即需要經濟上的支持，復旦是應姓「黨」，姓「錢」，還是有其他可能？
中國著名高校上海復旦大學早前向教育部申請修改章程，並於本月初獲批覆核準，在網絡甚至國際社會引發巨大爭議。
原校章的更改有兩個方面的重點，其一是學術自由，思想獨立被黨的領導取締。以章程序言中第二段為例，「思想自由」被刪除，添加「愛國奉獻」以及一些據稱是上海市政府的宣傳語句。序言第三段大幅增加了「學校堅持中國共產黨的領導，全面貫徹黨的教育方針，堅持馬克思主義指導地位和社會主義辦學方向，紮根中國大地辦大學，始終為人民服務，為中國共產黨治國理政服務，為鞏固和發展中國特色社會主義制度服務，為改革開放和社會主義現代化建設服務。」學術研究方面，「師生依法獨立自主開展學術研究」，「獨立」二字被刪除，只剩下「依法自主開展學術研究」。原章程第十七條，刪去「學校是以學術為核心的共同體」。
其二是大學管理方面。章程中原本是表明「接照黨委領導、校長負責、師生治學、民主管理的基本原則運行」，修改後變成「黨委領導下的校長負責制」。而校長的主要職責亦被修改，添加「貫徹執行黨的教育方針」、「依法治校」、「培養德智體美勞全面發展的社會主義建設者和接班人」、「堅持用習近平新時代中國特色社會主義思想武裝師生員工頭腦，在師生員工中培育和踐行社會主義核心價值觀」、「做好統一戰線工作」等字句。第九條新增了「堅持黨管幹部原則」、「堅持黨管人才原則」，「堅持用習新時代中國特色社會主義思想武裝師生員工頭腦」等眾多內容。第十五條，新增「（共青團復旦大學委員會）指導學生會和研究生會，指導和管理學生社團工作」。
值得一提是，復旦大學最高學術機構學術委員會的產生辦法，「學術委員會委員由各學術分委員會提名」、「選舉產生」、「學校黨政領導不參加學術委員會」等內容被刪除，變成「委員由學校不同學科、專業的教授及具有正高級專業技術職務的在職人員擔任」、「依照民主集中制原則產生」；甚至復旦大學將會設置「教材委員會」，「在學校黨委領導下，對學校教材建設、使用與管理工作進行指導、審議和監督」，主要職責是「貫徹黨和國家關於教材工作的方針政策，指導和統籌全校教材工作」。
新章程還更加強調「思想政治教育」，將「在本科生教育中，學校構建以通識教育為基礎」改為「在本科生教育中，學校構建以思想政治教育為根本、通識教育為基礎」。
原校章是復旦大學在2010至2014年期間，歷時四載十易其稿，不斷徵求各界意見的結果。原章程強調學校遵循學術獨立、思想自由的精神。明確教師治學、民主管理、學術為魂等原則。
這一次大型修訂之倉促，令人訝異。
復旦大學外文學院教授曲衛國在微博表示非常吃驚。他表示，教育部批覆的時間是2019年12月2日，而按復旦大學章程第七十四條之規定，章程的修改由校長辦公會議或者教職工代表大會提出，應經由學校教職工代表大會以會議決議方式提出修改意見和建議。而復旦的教代會是2019年12月10日至17日召開的，也就是說從時間上看，上報到教育部的章程修改稿並沒有經過教職工代表大會。
因為不滿刪改，多名上海復旦大學學生昨天（12月18日）在校內餐廳高唱校歌抗議。復大歷史悠久的校歌，其中一句歌詞就是「學術獨立思想自由，政羅教網無羈絆」。合唱過程中，一名學校保安員試圖勸阻未果；餐廳內幾乎所有人都站立起來，氣氛激昂。
合唱影片在推特熱傳，許多網友讚揚這些復旦大學學生的勇氣，並稱「光復復旦，時代革命」、「願榮光歸復旦」。
許多中國網友還在微博、微信轉發復旦大學的校歌，表達抗議，但很快這些貼文已悉數被刪除，部分帳號被查封。如今，在微博搜「復旦」二字，已經搜不出個人發布的內容，只剩機構發布的內容。
除了抗議外，也有一些人認為，中共這樣做「確實消除了一些表裡不一的誤會」，只是走個形式，本來早已經沒有學術和思想自由，「之前一聽到復旦五字總會有些羞愧，這樣一改便不覺得有什麼不同了。」
長期在互聯網上揭露學術造假和學術腐敗的方舟子在推特上直言：「復旦大學修改章程，連口頭上的『思想自由』也不要了，變成復旦黨校。」
專欄作家蘇小和在自己的Youtube頻道上講到，「我們每個人都是接受過大學教育的，大學教育對人的影響很大。如果這個世界如果沒有真正意義上的大學，會是什麽樣子？文革時候取消了大學。美國的物理學家勸毛澤東，如果沒有大學，中國會距離這個世界越來越遠。」
對於刪改校章的初衷，有評論認為這是四中全會後「黨領導一切」的第一個大學表徵，也有網友猜測是校方內部權力鬥爭，有人主動獻媚。
近年來，中國中央紀律檢查組進駐大學校園，檢查高等學府的「政治紀律」，包括意識形態問題以及西方價值的滲透，包括民主和言論自由等。
據《金融時報》報導，今年3月清華法學教授許章潤，倡導憲政民主、依法治國，卻被「下課」；根據法國國際廣播電台報導，這種情況才其他高校均有出現，告密、監視已經成風。甚至著名學術刊物《中國季刊》（China Quarterly）曾被迫把北京政府視為敏感的「八九六四」、「西藏問題」等學術文章下架。
曲衛國去年卸任復旦大學外文系院長時，曾在畢業典禮發表演說，直言閉門鎖國文化會如近親繁殖一般使物種退化。
他還反對「東方」「西方」在許多網絡語境中的用法，直言「別有用心的人篡改跨文化差異的討論基本前提是有想法的，他們企圖用文化之間的對抗來掩蓋了自身文化內的矛盾和衝突，用反對他文化的強權來遮掩自己的強權。」
在那次演講中，他還反覆重申讀書要「自由而無用」的民間校訓，提到「即便是在研究或學習中，我們的思想其實常常不是我們以為的那樣自由。」
「在繁雜思潮的影響、無恥強力的壓迫和各種利益的誘惑的夾擊下，捍衛自己的思想自由變得非常困難。我們通常相信讀書能使自己強大，但在讀書過程中，我們的獨立意志或思想自由常常會有意無意地被綁架。大家都認為讀書是好事，但如果讀書時獨立意志停擺，沒有了自由思想，結果也許比不讀書更糟。」
他指出，有用無用是他人規定的目的，讀書堅持自由而無用就意味著我們讀書不是為了用於他人所規定的目的，而是為了自己獨立的生命體驗，實現思想的自由。
但另一方面，也有復旦網友認為，討論「學術獨立，思想自由」，應該支持，但是課題經費如何獨立，研究開銷如何自由？
同時該網友還指出，這些年來復旦的意識形態撕裂嚴重，在這件事上有所體現。堅定的左派包括理工學院的師生和馬克思主義學院的大佬，而最右的人則集中在新聞，歷史，經管這些文科專業，特別是崇尚「自由而無用」之人。他觀察，上述專業是這幾天朋友圈裏最多抱怨的專業。