雖然特朗普剛剛為「維基解密」（WikiLeaks）創辦人阿桑奇（Julian Assange）澄清解密電郵並非來自俄羅斯的言論點讚，但美國國家情報總監顯然並不同意這一結論。
1月5日，美國參議院軍事委員會就俄羅斯干預美國大選的傳聞舉行聽證會。國家情報總監（DNI）克拉珀（James Clapper）在會上表示，確信俄羅斯從多個層面介入了此次美國大選，其行動不僅包括發動網絡攻擊和洩露民主黨全國委員會（DNC）的電子郵件，還包括傳統的輿論煽動、以及製造和散布假新聞等等。
此外，出席這場聽證會的情報機構長官稱，目前已分析了俄羅斯干預此次大選的動機，計劃週四晚些時候向美國總統奧巴馬提交調查報告，週五時也將與特朗普進行討論。這份報告的公開版本預計將於下週發布。
我不認為在我們的選舉史上，有遇到過比這次更具侵略性、更明目張膽的干預。
克拉珀的言論，被外界認為是凸顯了特朗普與情報部門之間的矛盾。就在聽證會前一天，特朗普還在 Twitter 上引用阿桑奇的發言，批評美國情報部門對他當選正當性的質疑。克拉珀在聽證會回應稱，歡迎對調查結論進行討論，但同時不點名批評特朗普，強調「質疑與詆毀是有區別的」。
特朗普和情報部門間緊張的關係，也引發外界對於他上任後會否削弱情報部門權力的猜測。路透社援引消息人士稱，特朗普過渡團隊對於未來是否削弱情報系統的地位意見不一。特朗普任命的國家安全顧問弗林（Michael Flynn）據稱有意重組情報部門並削弱國家情報總監辦公室（ODNI）的權力，但也有消息指特朗普目前對此並沒有下決定。
就在聽證會舉行的同一天，曾多次對俄羅斯總統普京表達欣賞的特朗普，卻任命了一名對俄立場一貫強硬的國家情報總監。新總監柯慈（Dan Coats），曾擔任印第安納州參議員，在2013年末至2014年初的烏克蘭親歐盟示威運動期間，他曾推動奧巴馬政府對俄羅斯進行制裁，並在2014年被俄羅斯當局列為須受旅遊和財務限制的9名美國國會議員之一。有分析認為，這顯示特朗普並沒有計劃未來要削弱 ODNI 的權力。