6月15日晚，埃及民航處發表聲明，指已經確認埃及航空墜毀客機 MS804 主要殘骸的位置，並收到殘骸照片，搜救船上的調查人員將繪製一幅殘骸分布地圖。
MS804 航班於開羅時間5月19日凌晨2時45分飛行至地中海上空時在雷達上消失，後確認墜機，但原因不明。機上66人被確認全部遇難，搜救組仍在努力搜尋客機的黑盒（飛行紀錄儀）。
調查委員會已經收到殘骸的第一張照片。
此次發現客機主殘骸的是埃及政府僱傭的 John Lethbridge 搜救船，該船帶有水下機器人，一周前加入搜救行動。埃及軍方此前曾於5月20日在大港以北295公里處發現客機的部分表面殘骸，及一些乘客的遺體和個人物品。
6月1日，參與搜救的法國海軍船隻 LaPlace 號還曾檢測到海底發出的客機黑盒信號，但未能確定具體位置。MS804 航班客機型號為空客 A320，帶有兩個黑盒，一個記錄數據，一個記錄聲音，目前尚不清楚檢測到的信號來自哪個黑盒。6月13日，埃及政府指該黑盒的電池預計將在6月24日用完，屆時信號將失效。搜救組正在地中海最深的海域之一、深達3000米的海底全力搜尋黑盒，希望能揭開客機墜毀的原因。
埃及政府本周通過雷達圖像確認，MS804 航班飛行3小時40分後，進入距埃及領空約16公里的地中海上空，之後曾兩次突然轉向，先向左急轉90度，又向右急轉360度；此後，飛機又經歷兩次急降，從1萬1300米高空落到4600米，又再落到3000米，然後就從雷達上消失。法國航空安全部門 BEA 曾指，飛機失事前，機艙內的煙霧報警器曾被觸發，但專家指這並不意味機內一定發生過火災或爆炸。埃及航空部長5月20日曾表示，不排除墜機由恐怖襲擊造成，但目前尚無任何恐怖組織聲稱對事件負責。
衞報採訪了43歲遇難者 Nasser Hamdy Hamad 的親屬 Ihab Al Hawary 和27歲遇難者 Ismail 的兄弟 Mohammed Shabana，兩人都指埃及航空至今未向他們提供遇難者的死亡證明。對於15日確認了殘骸位置，兩人認為事件調查進度緩慢，找出真相希望不大。埃及政府5月24日曾發表聲明指，對所有發現的遇難者遺骸還在進行 DNA 檢測。
MS804 航班上搭載多國公民，包括30名埃及人、15名法國人、2名伊拉克人、1名英國人、1名加拿大人、1名科威特人、1名比利時人、1名沙地阿拉伯人、1名蘇丹人、1名乍得人、1名葡萄牙人和1名阿爾及利亞人，合共56名乘客，其中包括一名兒童和2名嬰兒；機上另有10名機組人員。
聲音
我們沒有時間了，我們早應該找出真相而不是拖到現在。
相比於出現技術問題，由不尋常舉動或是恐怖襲擊導致墜機的可能性更高。
我對最終能找到墜機背後的真實原因不抱太大希望。