今年3月，台灣發生陸配網紅「亞亞」劉振亞因涉武統言論遭移民署廢止居留許可並限期離境，類似個案頻傳，陸籍配偶與台灣人涉中國身分與言論問題成為社會焦點。4月初，台灣移民署再啟動全面清查作業，向1萬2000多名陸配與陸配二代寄出通知書，強調若未在三個月內補繳「大陸除籍證明」將被註銷台灣戶籍。
不過，移民署澄清，此次清查作業為2004年法令延宕執行的行政補件行動，與亞亞事件並無直接關聯。民進黨立委沈伯洋也強調，此波清查是在2004年以前取得身分證的陸配。移民署自去年10月就開始清查了三波，這是最後一波，也就是入籍超過21年的陸配。
台灣曾在2004年3月1日修訂《台灣地區與大陸地區人民關係條例》（下稱兩岸關係條例）第9-1條，明定台灣地區人民不得在大陸地區設有戶籍或領用大陸地區護照，否則喪失台灣地區人民身份等權利，並由戶政機關註銷其台灣地區的戶籍登記。
該法也要求，2004年以前取得台灣身份的陸配，必須在6個月內註銷大陸地區戶籍或放棄領用大陸地區護照並向內政部提出相關證明者，才能保留台灣地區人民身分。
但根據移民署統計，目前在台取得身份的陸配逾14萬人有約13萬人已提出註銷大陸身分證明，但仍有1萬2000多名陸配及陸配二代未繳交喪失原籍證明。
過去20多年來，移民署若接獲原陸籍人士被檢舉在大陸設有戶籍，就會採取動作，截至發稿前，已有676人被註銷台灣戶籍。內政部於4月17日表示，頻繁往返台灣、中國，超出在台灣正常生活約有30人，有部分按規定取消戶籍；此外，目前有19名台灣人因持有中國身分證而遭廢止戶籍。移民署近期的執法態度由被動轉為主動，全面清查陸配、陸配二代繳交大陸除籍證明。對此，移民署副署長陳建成說，給予三個月內補繳的時間，是不樂見直接註銷台灣身份的情況發生，「讓想留在台灣生活的人可以留下來。」
然而，政策一公布，引發不少在台陸配、陸配二代恐慌；加上此次收到通知書者有不少在台居住超過20年的陸配，因身份資料遺失、找尋不易、健康因素又或是政治風險，導致赴陸辦理相關證件有一定困難，導致大量陳情案件出現，移民署、海基會專線打不進去，不少移民署基層人員也無能為力。
國民黨立委王鴻薇表示，收到大量陸配子女的陳情，而且是已來台20、30年的陸配，要求他們3個月內提出在陸撤銷戶籍證明、否則要被除籍，恐怕成為政治人球。
民進黨立委莊瑞雄日前在立法院司法法制委員會質詢時指出，《兩岸關係條例》在2004年修正落實後，經歷總統馬英九、蔡英文到現在的賴清德，超過20年都無人清查；如今有些人未必敢回去，有政治風險或身分敏感的問題，強求他們回去也是強人所難。如今3個月死線定下，假若陸配若繳不出喪失原籍證明，政府真的敢註銷其身分嗎？民眾黨立委麥玉珍批評此舉為「政治清洗」，呼籲政府提供替代佐證方案。
以在台移民第二代為主體的倡議團體「移民青年倡議陣線」也在4月14日召開記者會，理事長劉千萍指出，行政單位在20年前未徹底執行《兩岸關係條例》新制，直到現在才要求補件，相當於行政機關將依法行政斷層的成本轉嫁給公民，做法太過粗糙。
也有多位學者發聲，包括政大勞工研究所教授劉梅君質疑，此一政策是政治動作，大於依法行政。
另一方面，此次收到須補繳除籍證明者，也有為數不少為在大陸出生、但年幼就移居台灣的陸配二代，例如YouTuber「台灣媳婦lily麗麗」就錄製影片分享，自己的大女兒在對岸出生不久便來台，但當初在大陸的房屋早已賣掉，以至於不知該上哪去辦理「早已消失的戶籍」。
對此，陸委會副主委梁文傑回應，此次移民署全面清查，主因是在疫情期間，很多陸配嫁來台灣、取得身份，可是不方便返回中國大陸取得除籍證明，當時政府給予民眾寬限期，現在疫情後必須請大家回去拿；另一方面，有部分「遲遲沒有繳交除籍證明者」及近期相關檢舉案件，讓政府決議完備過去應建立的單一身份制度。
陳建成也承諾，目前移民署研議，若陸配或陸配二代無法順利取得喪失原籍證明文件，將兼顧執行之必要性及人道需求，提出配套措施；移民署也設有服務電子信箱及22個服務站，供其陳情個案問題。
爭議一出，陸委會於4月10日召開記者會，規劃四種類型的人群可適用「替代方案」，以具結方式取代除戶文件，一是赴陸恐怕會有人身安全疑慮的人，如政治、宗教因素曾遭迫害，回去可能被補；二是因重大傷病，且臥床配合醫師療程，身體衰弱或行動不便者；三是10年來沒去過大陸者（2015年1月1日起）；四是台商子女，年幼來台，主張從來沒有在陸設籍，也可以提出經主管機關審核確認。
陸委會在4月16日又新增了二類人群，包含70歲以上高齡者與低收入戶，可以具結取代除戶證明。陸委會也宣布部分情況，如因服刑、兵役、家庭遭遇重大變故、照顧重大傷病親屬、當事人懷孕等，可申請「延後赴陸辦理」，可在各項事由消滅後延長三個月到一年不等的期限。
中國國台辦對於此情況，批評台灣政府升高兩岸對立。陸委會則回應依法行政，並提供最大寬容。
移民署初步統計，目前1.2萬多名未繳交喪失原籍證明的陸配及陸配二代中，約有5000人符合具結或可延後的寬限資格。
不過，移民青年倡議陣線也指出，這波清查對於許多新住民來說，也埋下不安感，「即使取得台灣身分證，不知道哪一天判定會不會又有變動。」對於收到通知的新移民家庭來說，不僅有實務執行上的困難，也帶來情感傷痕。
此外，移民青年倡議陣線也指出，目前仍有約7000名陸配及家庭成員面臨在台除籍的關卡，即便當事人可赴陸補件，中國大陸城鄉差距大，有些鄉下地方必須轉乘多次交通工具才能抵達；中國大陸偏鄉公務人員對於行政的了解程度不一，若年代久遠者很可能處理不了，使得不少新移民家庭面臨焦慮。
