一位理性、儒雅的老外交家的离世，表示哀悼是应当的。即使他的对手，也在这一点上忙着捞形象分。不过，死者为大，也不妨碍客观评价其历史作用。这一次，大陆极左（毛派）和民族主义阵营甚嚣尘上的辱骂不值一评，但自由派对吴先生的正反评价，也不无各取所需。

正面评价最高上升到“外交思想”层面。然而，这一评价忽略了中共外交的基本定位：忠实执行党中央外交方针的“文装解放军”。要说思想，以“韬光养晦和平崛起”保障改革开放的战略机遇期，仍是人尽皆知的邓小平外交路线。吴的价值在于，在外交领域整体上忠实随高层左转的背景下，尽力独立思考，劣势中敢于发声。当然，这也得益于其足够的资历和退休后的超脱。

反面评价，则指责吴建民参与了“六四”后中共戏弄美国的外交战，更指出他多次为中国人权状况官式强辩。但对前一点，1991年只是司长的他作用不大；而后一点，则几乎是中共高级外交官的“原罪”。