5月13日，中国最高人民检察院侦查终结，并指定天津市人民检察院一分院，对令计划案提起公诉，指控罪名是受贿罪、非法获取国家秘密罪和滥用职权罪。对这些罪名，分别有“巨额”和“情节严重”的程度描述。
被告人令计划利用其担任中共中央办公厅副主任、主任、中央书记处书记、中央统战部部长、全国政协副主席等职务上的便利，为他人谋取利益，索取、非法收受他人巨额财物；非法获取国家秘密，情节严重；滥用职权，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，情节特别严重。对令计划，依法应当以受贿罪、非法获取国家秘密罪、滥用职权罪追究刑事责任。
《人民日报》
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“泄露国家机密”的套路
令的命运可想而知。由于第二项罪名涉及“国家机密”，此案理所当然将不公开审理。众所周知，与此牵连的令计划之弟令完成已“携密叛逃”，成为“中国史上最具破坏力的叛逃者”。然而早在2月12日，令完成就通过律师发表声明，否认持有大量中国机密，更否认将机密交给华府的传言。