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4月11日，美国总统拜登、日本首相岸田文雄和菲律宾总统小马科斯（Ferdinand Marcos Jr.）在华盛顿举行了首次美日菲三方领导人峰会。会后，美国国务院发布了《日本、菲律宾和美国领导人共同愿景声明》，宣布将加强三方在防务与经济上的合作。
《声明》中关于“合作促进和平与安全”的内容尤为受到外界关注。
《声明》指“对中华人民共和国在南中国海的危险和侵犯性行为表示严重关切”，还“重申强烈反对中国单方面通过武力或胁迫手段改变东中国海现状的任何企图”，并“申明台海和平稳定是全球安全与繁荣不可或缺的重要因素”。
《声明》中再次呼吁中国遵守海牙常设仲裁法院（PCA）于2016年7月12日的南中国海仲裁裁决，指该裁决认定仁爱礁（台称“仁爱暗沙”，菲称“Ayungin Shoal”）位于菲律宾专属经济海域内，是“具有法律约束力的最终裁决”。因应中菲因仁爱礁补给船不断升级的冲突，拜登11日还特别指出，“在南中国海对菲律宾飞机、船只或武装部队的任何攻击都将援引我们的共同防御条约。”
12日，中国外交部发言人毛宁在例行记者会上对该声明作出回应，点名批评《声明》在“操弄集团政治”，表示“坚决反对在本地区搞封闭排他的‘小圈子’”，更称美日菲峰会和三边合作是“针对中国”的“肆意抹黑攻击”。她重申“中国对钓鱼岛及其附属岛屿、南海诸岛拥有无可争辩的主权，中方在东海、南海的活动正当合法、无可非议”。而对于美日菲三国，她不点名地批评：“部分国家拉域外国家撑腰壮胆，有恃无恐，不断在海上采取侵权挑衅举动，引发局势升温。个别域外国家煽风点火、挑动对抗，令人愤慨。”
14日，作为美日菲峰会的回应，中国海警船拦截了菲律宾国家测绘和资源信息局的科考船及为其护航的菲方海警船，使其不得不停留约8小时。
据报导，菲律宾的两艘公务船当时正驶向黄岩岛（菲称“Bajo de Masinloc”）进行水文测量。跟踪中国在该区域海上活动的开源研究计划 SeaLight 收集的卫星图像和船只跟踪数据显示，双方船只在“九段线”的边界相遇，距离菲律宾海岸线仅35海里，且位于菲律宾专属经济区内。SeaLight 的负责人鲍威尔（Ray Powell）说：“这确实是史无前例的：就在它们（菲方船只）越过‘九段线’时，他们（中国海警）拦截了它们。”（延伸阅读：《海上摩擦加剧，中国菲律宾关系滑向寒冬》）
中菲关系围绕南中国海争端已持续紧张数月，尤其是冲突最激烈的仁爱礁，使得该地区的局势一直在升温。菲律宾1999年起以让老旧登陆舰“马德雷山号”（BRP Sierra Madre）搁浅仁爱礁的方式维持其在仁爱礁的存在，且定期派遣补给船前往该舰，而中国则以军舰巡逻周围海边海域来回应。
中菲两国海警船曾于2024年3月数度在仁爱礁因菲方向“马德雷山号”运送补给而发生冲突。菲律宾海岸警卫队发言人塔里拉（Jay Tarriela）3月5日在社交平台 X（前称“Twitter”）上表示，中方船只向菲方船只实施危险的阻拦动作，造成轻微碰撞，并对菲方补给船发射水炮，造成菲方4人轻伤。而中国海警局新闻发言人甘羽则称是菲海警4407号船“无视中方一再警告，违反《国际海上避碰规则》”，以“不专业、危险方式”，“故意冲撞”中方的海警21555艇，导致发生轻微刮蹭，“责任完全在菲方”。
惟关于中菲就仁爱礁上的搁浅登陆舰是否有过“非正式协定”，日前菲律宾国内对此发生了激烈的争论。菲律宾前总统杜特尔特（Rodrigo Duterte）在位时的发言人罗克（Harry Roque）4月初表示，马尼拉和北京在杜特尔特任内达成维持仁爱礁现状的“君子协定”，即菲方补给船仅运送食物、饮水等补给品，不会运送建材，或是在仁爱礁建设或补强搁浅的登陆舰。（延伸阅读：《反美亲中？杜特尔特政府为何镇压反美抗议者？》）
由于“马德雷山号”随时间而逐渐锈蚀，菲律宾开始试图加固这艘军舰，避免其锈蚀解体。中国则持续在周边海域部署海警与海上民兵船来拦阻菲国船只靠近仁爱礁，阻挠菲方运送补给，双方对峙冲突不断。中菲关于此舰的“非正式协定”疑云，在当下无异于深水炸弹，震动整个菲律宾政坛。
此事一出，在菲律宾从议员到政府官员均质疑罗克的说辞，并要求对此事进行问责。11日小马科斯在飞往华盛顿参加美日菲峰会前否认有这一“非正式协定”，称：“我们不知道是否有一个秘密协议。我们对此一无所知。没有文件，也没有记录。在我上任时我们并没有被通报相关情况。”
而中菲关系急剧恶化的当下，菲律宾对中国的提防与戒备也不只在南中国海上。4月5日，菲律宾信息技术部（DICT）称一些中国公司涉嫌冒充美国或欧洲企业来招募菲律宾现役和退伍军人。据报导，这些公司一直在网上为其招募目标对象提供分析师的兼职工作。DICT 表示其早在2023年12月就开始监测这些公司的在线招聘情况。
而面对着中菲间军事力量悬殊的差距与中国在现场压制菲律宾船只的态势，菲律宾也更积极与周边国家合作。
虽然现任菲律宾总统小马科斯上台后，中国媒体曾一度回顾独裁者老马科斯家族和中国的关系，视之为“老朋友”。但小马科斯上任后重回菲律宾传统的亲美之余，更与美国签署《加强防务合作协议》（EDCA）批准美军使用菲军基地；岸田在前首相安倍加强东南亚关系的基础上加强与菲律宾关系，包括与菲律宾签订《互惠准入协议》（RAA），允许两国军队在对方国家进行训练和演习。在美日菲峰会声明中，美日两国指将继续支持菲律宾海岸警卫队的能力建设，“为本地区的伙伴国家提供海事执法培训和支持”以“以应对跨国犯罪、非法、无管制和未报告的捕捞活动”，并计划在2025年进行联合演习。（延伸阅读：《谁在害怕历史：民主化三十多年后，菲律宾为何选出一个洗白戒严史的总统？》）
另据报导，7日澳日菲美四国首次在南中国海举行联合海上军演，四国的防长还同时发布了联合声明，称此举旨在针对中国在南中国海对菲律宾等国日益强化的军事胁迫，展示了四国的团结。而据《金融时报》报导，一位东南亚国家的高级外交官表示，日菲在 RAA 的基础上讨论了在菲律宾部署日本军队的问题，类似于美国在菲律宾保留军队的安排。