6月29日，在英国缺席之下，欧盟27国领袖在比利时首都布鲁塞尔召开第二日的峰会，并同意团结一致应对英国脱离欧盟。
欧洲理事会主席图斯克（Donald Tusk）会后指，如果英国希望日后留在欧盟单一市场，就必须容许欧盟劳动人口自由进出英国；德国总理默克尔（Angela Merkel）也表示，欧盟不会因英国脱欧而修改基本条约，又重申“（英国）要留在单一市场，就必须接受欧盟全部四项自由原则（资本、劳工、服务与货物的自由流动）”。早在28日，她已经明言不能“只挑好处”（cherry-pick），提醒英国不能期望移民政策自主及单一市场资格两者兼得。
法国总统奥朗德（François Hollande）则提出，英国脱欧后，欧元结算中心没有理由继续设於伦敦，并提醒欧洲各国必须做好准备，减少英国脱欧后带来的经济冲击。他又敦促英国在今年秋天新政府组成后，立即正式向欧盟通报脱欧意向，以启动《里斯本条约》第50条的脱欧进程，并展开与欧盟的谈判。
另一方面，在公投中以留欧票占多数的苏格兰，仍未放弃寻求留在欧盟。苏格兰首席部长斯特金（Nicola Sturgeon）于29日就到了布鲁塞尔，与欧盟委员会主席容克（Jean-Claude Juncker）等会面，阐述苏格兰的留欧意愿，并希望游说对方支持。
斯特金结束行程前表示，假如苏格兰独立是维持与欧盟关系的唯一方法，苏格兰民众有权作出决定；在英国此次公投之后，她已表明将再一次推动苏格兰“脱英”独立的公投。
尽管容克指苏格兰民众留欧的意愿有权被听见，不过也强调欧盟无意干预英国内部事务；法国及西班牙亦已表明，反对苏格兰单独与欧盟商讨留欧问题。
声音
目前的关键任务，是确保能最大限度地进入欧盟市场，同时与欧盟就英国自行管控移民达成必要的一致⋯⋯在新政府同意谈判立场之前，英国不应该（向欧盟）发出正式的脱欧通告。
我彻底地反对（苏格兰独自与欧盟商讨留欧问题），欧盟条约也彻底反对，我想所有人也会反对。