2021年5月14日，台湾中央流行疫情指挥中心宣布，单日新增29例本土确诊个案、5例境外移入个案；新增的本土确诊病例中，有2例为台北市立联合医院和平院区的住院病患。
这是台湾自COVID-19疫情爆发以来，单日新增本土确诊案例最多的一次。
今天新增的29个本土确诊案例中，有5例与芦洲群聚案（其中1例在高雄检出，目前已累计24例个案）相关、16例与万华茶艺馆群聚案相关、1 例与宜兰游艺场群聚案相关，另有7例尚查无关联性。
指挥中心发言人庄人祥证实，其中1名确诊者为新北市某国中的学生。确诊案例已经隔离、相关班级也已停课、将学生予以隔离，不会影响高中会考或招生。
此外，和平医院的2例确诊病患，与“万华群聚案”相关，两人分别于5月9日、5月10日因身体不适到和平医院急诊，住院三天后出现喘气、发烧等症状，采检后确诊。
继今年2月发生“桃园医院群聚感染事件”后，今日又在单日新增确诊案例创新高的情况下，再度有医院发生院内感染，发生地点刚好是18年前爆发SARS疫情遭到“封院”的和平医院，情势格外紧张。
2003年，台湾正值SARS（严重急性呼吸道症候群）疫情期间，台北市立和平医院爆发大规模SARS院内感染，由于当时不确定感染来源，导致院内病患、工作人员交叉感染。4月24日，台北市政府宣布和平医院即刻“封院”，并召回所有医护、行政人员等医院员工接受隔离，且医院员工若有不从，将视为“敌前抗命”，除了祭出强制处分、追究行政责任外，也不排除当场逮捕违反隔离规定者。
由于封院后缺乏配套措施、医疗资源调度混乱，染疫者、未染疫者混处同一空间，导致最后“疑似感染者”有154人（医护人员57人、民众97人），并且有31人死亡（医护人员7人殉职、民众24人；其中一人为自杀，其余染疫死亡），惨痛伤亡，让许多台湾民众记忆犹新，也是台湾社会对本次防疫政策格外配合、警觉的重要原因。
昨晚，和平医院传出有病患确诊后，今日上午，台北市政府便召开“和平医院两病患确诊调查防治记者会”说明疫情，指挥官陈时中台北市长柯文哲连袂出席，强调中央地方会同心抗疫。
面对外界疑虑，陈时中表示，和平医院“目前没有封院的问题”，台北市长柯文哲也指出，当年SARS封院、后来桃园医院也实施过清零计划，有经验的累积，（防疫措施）会越来越好，会有一定的步骤让医院逐步恢复运作。
有关和平医院院内感染一案，指挥中心专家谘询小组召集人张上淳表示，有密切接触的医护人员和医院同仁都会在今天采检完毕，急诊时间有重叠的，也会对其他的病人、陪病家属进行追踪，有疑虑的都会采检。
现场有媒体提问：芦洲、万华茶艺馆、宜兰游艺场几起群聚案虽有相关，但和平医院传出确诊、疫情也持续扩大，是否满足台湾疫情第三级警戒规定中的“单周内三起以上群聚”标准？
对此，指挥官陈时中回覆，由于确诊案例之间的关联性还没有查清楚，因此目前并没有准备要升到三级警戒。
（以下为5月13日即时更新内容）
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今天（5月13日）下午，中央流行疫情指挥中心记者会宣布国内新增 13 例本土 COVID-19 确诊病例。其中 9 例与芦洲群聚案相关，3 例与万华茶艺馆群聚案相关，1 例感染源待厘清。
指挥中心指出，芦洲、宜兰游艺场群聚案的病毒基因定序结果，与华航诺富特案染疫为相同的病毒株，研判各群聚案可能是同样的传染链，但因果关系、谁传给谁还需要进一步厘清。
根据疫调，芦洲群聚案中，有部分个案曾至台北市万华区茶艺馆活动；万华茶艺馆群聚案相关个案中，也有个案曾至宜兰县礁溪乡、宜兰市的游艺场活动，该两家游艺场为罗东“银河百家乐游艺场”的分店。指挥中心强调，卫生单位将持续深入调查，以厘清三起群聚事件的关联性。
此外，由于台北市万华区的游客众多、出入复杂，感染风险升高，副指挥官陈宗彦表示，将针对4月15日至5月12日出入万华特定区域内（边界：康定路、和平西路三段、梧州街、桂林路）的民众发送疫情警示简讯，下午两点起已发送 60 万则。
指挥官陈时中进一步补充，由于万华群聚个案的足迹相对复杂，简讯是针对高风险接触者进行匡列，收到简讯者建议去采检；若有症状，务必正确佩戴口罩、尽速就医，避免搭乘大众交通工具，就医时也应主动告知医疗人员相关暴露及接触史。
端传媒记者提问，华航诺富特群聚案之后，航空机师的检疫会不会有所调整？此外，华航表示机师检疫至少会影响1成的货运进出口，这部分政府是否有应对措施？
对此，陈时中回应，华航的货运可以调配得过来，“没有问题，”陈时中解释，“机师检疫时间越长、（出勤）受限制时间也越长，（与货运）是彼此消长的关系，这部分相信华航或会做妥善的安排，因为华航最专业。”
不过，陈时中也再次强调，机师居家检疫完后，一定要确认检验阴性，才能进入社区。
就在指挥中心召开记者会说明疫情的同时，台湾高雄兴达电厂因事故而停机，导致系统供电不足，将进行紧急分区轮流停电。下午3点19分，疫情指挥中心召开记者会途中，现场突然跳电、陷入一片黑暗，全场一片惊呼，陈时中在内的指挥官员，全都愣在发言桌上，尚来不及反应，只有在场的媒体大呼“发即时”的喊声。
约十秒后，指挥中心发电机启动、记者会场地恢复照明，工作人员在确认音响、麦克风的同时，与会官员立刻起身离开，并未就停电一事多做说明。除了记者会的礼堂空间外，在下午四时左右，位于台北精华地带的台湾疾管署（指挥中心所在地）大楼其余区域仍是一片黑暗。
（以下为5月12日即时新闻内容）
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2021年5月12日，台湾中央流行疫情指挥中心宣布，单日新增16例本土确诊案例、4例境外移入，尚有1例在调查当中。这是台湾继今年2月“桃园医院群聚感染事件”危机解除以来，单日新增本土确诊病例最高的一次。
早在前一日，指挥中心指挥官陈时中便已向外界宣布，台湾疫情已经正式进入社区感染阶段。陈时中并宣布，台湾进入第二级警戒，即日起至6月8日暂停办室外500人以上、室内100人以上集会活动。
12日下午，总统蔡英文也于指挥中心记者会之前，特别针对疫情最新变化发表公开谈话。蔡英文表示，目前台湾防疫物资、医疗系统皆充足，疫苗也会陆续到位，将协调相关部会和地方政府共同强化防疫措施；同时，她也呼吁民众不要恐慌，提高警觉、遵从指引，勿被假讯息误导，特别请民众“先查证讯息再转发”。
在11日指挥中心的例行记者会中，便已公布单日新增 7 例本土 COVID-19 病例，让台湾社会感受到疫情危机。在11日公布的确诊案例中，有1例来自“华航机师案”的同住家人，其余6例“感染源不明”，分别来自新北市芦洲的社区感染事件，以及宜兰罗东的“游艺场群聚”事件。
这一波疫情始于4月20日，中华航空发生一起机师确诊案例，接着，邻近机场、作为华航员工防疫宿舍的“诺富特华航桃园机场饭店”，爆发集体染疫的事件，连同华航机组员、饭店员工以及确诊者的同住家人，陆续有 36 例确诊。
但在华航诺富特案之外，其他6起本土确诊案例，包括宜兰罗东银河游艺场的员工、常客共 5 名确诊者，以及 1 名足迹曾至新北市芦洲的民众，近期全都没有出国史，感染源仍在调查当中。
今天的 16 例本土确诊案例中，有 3 例为宜兰游艺场相关案例，包括一位游艺场员工以及前一天确诊案例的接触者，近期皆没有出国史。目前，宜兰游艺场群聚事件已累计 8 例，确诊者足迹遍及宜兰罗东镇、礁溪镇、冬山镇、宜兰市。
与新北市芦洲社区感染相关的案例，则新增 10 例接触者确诊。另有有 2 例于新北市中和区、台北市万华区检出，两人分别在万华区的“鸿达茶艺馆”、“枫香清茶馆”工作，还有 1 例于基隆长庚医院检出，此三人近期也都没有出国史。指挥中心表示，新增确诊者的个案活动史及接触史，仍在持续调查中。
指挥官陈时中表示，由于疫情升温，指挥中心将强力检查高风险场所是否遵守防疫规定，全国无法落实防疫管理的场所，应暂停营业。此外，为了因应骤增的确诊案例，指挥中心也将恢复部分停止检疫的站点、扩大匡列接触者，以加速通报疑似案件，并扩增防疫旅馆。
陈时中今日稍早表示，现在国内有不只两条隐形传播炼，疫情非常严峻，“不是开玩笑”，近日有可能将疫情警戒提升至台湾前所未有的“第三级”警戒。
根据指挥中心的“疫情警戒标准及因应事项”，第三级警戒的条件为“国内单周出现 3 件以上社区群聚事件，或 1 天确诊 10 名以上感染源不明的本土病例”。
过去，规模较大的染疫事件（如部立桃园医院），多发生机场所在地、出入境人员染疫风险高的桃园市；如今，感染源不明的确诊案例，已经扩及新北市、宜兰、基隆等北台湾各县市。
今年 1 月，桃园医院群聚感染事件曾累计 21 例确诊，并导致 2 人染疫死亡。当时，指挥中心人员进驻桃园医院成立“前进指挥所”，清空相关楼层、严格管制各区域进出，全院患者只出不进，并启动“清零计划”，核酸检验（PCR）采检超过 3000人、居家隔离超过 4000人，历时超过一个月才解除危机。
如今，华航及诺富特感染事件已累计超过 36 例确诊，规模超越年初的桃园医院群聚感染，再加上数组感染源不明的社区感染，台湾疫情形势之严峻，可谓前所未有。
针对华航诺富特染疫事件，疫情指挥中心实施“清零计划2.0”，中华航空公司也宣布会配合指挥中心，将华航空勤组员分组，分批安排居家检疫14天，透过分组调派人力，尽量维持客货营运。华航强调不会全面停飞，但初步估计将影响 1 成多的货运运能。这是否会影响台湾在疫情中的贸易转口地位，甚至影响晶片与民生物资运输，尚有待观察。
这一波疫情，有望让台湾人的疫苗接种意愿大幅提高。台湾民众原本对疫苗持观望态度，疫苗接种率偏低，可能成为新一波疫情蔓延的隐患，自3月22日开打疫苗以来，至5月10日为止，累计接种人数仅10万1376人，疫苗接种率不到 1%。
根据报导，台大医院两周内的公费、自费疫苗预约名额均已额满，且院内员工的施打意愿明显提升；私立振兴医院也指出，疫苗开打初期，一天的接种人次只有20至30人，5月10日群聚感染爆发以来，接种人数明显上升、成长率达三倍以上，目前公费疫苗的预约已爆满。
疫情升温，上午一度传出指挥中心将于今日将升至第三级警戒，台股盘中一度大跌1417.86点、跌幅达8.55%，双双创下历史纪录。除了恒大、康那香等口罩、防疫相关概念股涨停之外，其余多下跌甚至跌停作收。台湾国安基金呼吁，投资人要保持冷静。