新冠肺炎愈演愈烈，也考验着选后的两岸关系。新年后的两周，两岸官方就经历了几个回合的隔空互动。
1月24日，台湾行政院宣布为因应疫情，暂停医疗外科口罩与N95口罩出口一个月，优先保障本地货源供应无虞。此时全台口罩已经出现脱销状况，但此举仍引发在野党和部分艺人的强烈批评，尤其是中国大陆国内舆论的反弹。
1月28日，在中国外交部批准美国日本从武汉撤侨之际，滞留武汉的台湾人也成为两岸最迫切的问题，海基会和陆委会分别向岛内表示正与中国沟通。然而国台办立刻发布新闻稿给“软钉子”，表示“台湾有人员声称‘已就各种管道与对岸协调，包括与海协会沟通协商’与事实情况不符”；新闻稿也没有同意包机要求，只是说“对台胞予以关心和照顾”，等于拒绝了安排包机让台湾人撤离的方案。
随即，在世界卫生组织（WHO）就新冠肺炎疫情开会之时，台湾再次被拒之门外，引发美日加等国声援。