辱骂美国总统奥巴马的风波刚刚平息，菲律宾总统杜特尔特（Rodrigo Duterte）要求驻菲美军撤离的言论，再次让美菲关系蒙上阴影。9月12日杜特尔特在官员就职典礼发表演说，称驻扎在菲律宾南部棉兰老岛（Mindanao）的美军可能成为伊斯兰极端组织阿布沙耶夫（Abu Sayyaf）的绑架目标，“我不想（菲律宾）和美国出现裂缝，但他们必须离开。”
杜特尔特的发言人 Ernesto Abella 指出，总统的发言反映菲律宾正计划打造独立的外交政策。Abella表示，杜特尔特认为正是由于20世纪初美军曾在该地区屠杀穆斯林，棉兰老地区才成为穆斯林反政府的温床，“美国在这一问题的沉默与其‘道德’立场缺乏一致性”。
只要我们和美国站在一边，我们在那个岛上就永不会有和平。
菲律宾是美国在东南亚地区的传统盟友，而除了在二战中短暂被日本占领，菲律宾从1898年到1946年都是美国的殖民地，直到二战结束方迎来独立。冷战结束时，两国关系一度降温，但在2001年美国推出反恐战略及之后南海局势紧张后，双方又迎来回暖，并在菲律宾前总统阿基诺三世执政期间达到高峰。
美国国务院发言人 John Kirb 表示，并未收到来自菲律宾政府的正式撤军要求，美国政府将维持与菲律宾的盟友关系。美国国防部发言人 Gary Ross 则形容美国和菲律宾的关系“是我们在亚太地区最持久和重要的关系”和“过去70年稳定的基石”，并表示美国国防部将继续为菲律宾提供协助。
而杜特尔特所指的阿布沙耶夫组织，是由伊斯兰恐怖分子所组成的摩洛人分离主义组织，主要势力范围在菲律宾南部，曾多次绑架外国游客。由于与阿布沙耶夫和谈无果，近期菲律宾军方部署7000余名士兵，计划将其彻底剿灭。然而，就在9月2日，杜特尔特曾出任市长20年的菲律宾南部城市达沃（Davao）发生爆炸，造成14人死亡70人受伤，阿布沙耶夫一度宣称对这次爆炸袭击负责。9月10日晚，3名马来西亚船员又在沙巴以东水域被掳走，此事同样被怀疑与阿布沙耶夫有关。
为了协助菲律宾政府打击阿布沙耶夫组织，美国从2002年在菲律宾南部驻扎军队，为菲律宾军队提供训练和建议。最高峰时驻菲部队人数有1000人。美军从2015年2月陆续撤走，目前只留有少量顾问和技术支援团队。
杜特尔特的措辞也引来部分菲律宾政治家的反对。前海军官员 Antonio Trillanes IV 认为总统的判断受到情绪影响，“杜特尔特总统的反美偏见不应改写我们的安全政策。美军特种部队对于发展和有效提升我们（的军事实力）是基础性的。”
由于上台后采取铁腕政策处决毒贩，杜特尔特政府近几月受到多方谴责。其中，美国国务院发言人曾在8月8日批评杜特尔特令执法人员射杀毒犯的行为“令人担忧”，联合国更在8月发布报告，批评杜特尔特政府未经审判处决涉毒嫌犯，涉嫌侵犯人权。美菲关系也因此遇冷，而杜特尔特更扬言退出联合国。