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台湾总统府于6月12日驳回前总统马英九前往香港出席亚洲卓越新闻奖颁奖典礼的申请案，在台湾朝野引发争议。
马英九办公室于12日晚间回应称，府方的操作不尊重卸任国家元首，相关决定也可能会“斲伤台湾自由民主国际形象”。
典礼主办单位亚洲出版业协会（SOPA）也对此表示失望，希望马英九改以录影形式发表演说。马英九办公室于13日表示，经过考量，马英九同意以录影方式向国际媒体为台湾发声。
总统府驳回申请的理由之一，是国安单位对马英九出访安全维护有顾虑。对此，马英九办公室表示，前总统李登辉、前副总统吕秀莲、萧万长卸任后也多次出访，未闻国安单位有顾虑，认为国安单位此次突然有这项考量，“难免让社会大众怀疑非出于专业考量，而有其他动机和原因”。
国民党也对总统府的决定表示不满，并以仍在服刑的前总统陈水扁得以出席6月4日的凯达格兰基金会感恩餐会为例，质疑执政后的民进党搞“双重标准”；国民党立院党团书记长林德福还表示，此举凸显出新任总统蔡英文的“小气”。
马英九在13日公开受访时也表示，总统府的决议在社会上引起很大争议，到底这个决定有没有必要、是否公平，相信社会自有公评。
总统府发言人黄重谚于13日再次回应称，驳回申请的决定是多个部会及专案小组依据《国家机密保护法》审慎研议后的结果，“过度的政治解读，对于本案的讨论并没有实质的帮助。”
中评社评论认为，马英九此行只有一项活动，不仅是公开的演讲行程，且当天来回，全程有随行人员及媒体跟从，根本不可能有泄密的机会，认为总统府驳回的理由牵强。
评论还指，蔡英文上任后一再宣示蓝绿和解，而新政府对待两名前总统陈水扁和马英九的态度却不一致，“驳回之举让绿营支持者拍手称快，却让蔡英文失去了蓝绿和解的重要契机。”
6月12日报导：基于国家安全考虑，台湾总统府驳回马英九赴港申请
刚刚卸任的台湾前总统马英九，日前受到亚洲出版业协会(SOPA)的邀请，拟在6月15日赴香港参加亚洲卓越新闻奖颁奖典礼，并以英文发表专题演讲，分享对两岸关系和东亚情势的看法。如果成行，不仅是马英九卸任后首度出访，也是首次有台湾卸任元首访问香港。
但12日下午，台湾总统府驳回了马英九的出境申请案，主要基于四点理由：
- 马英九经管接触国家机密甚巨，卸任不到一个月，相关机密仍具高度保密之必要；
- 马英九经管的国家机密档案资料尚待更多时间清查确认；
- 对台湾安全而言，香港是高度敏感地区，造访风险难以管控；
- 国安局与香港政府合作无前例可循，且时间紧迫，难以与香港当局充分协商。
并非为了阻挠马前总统公开演说或国际发声，系评估此一行程所能达成之目的与我国国家安全利益可能造成之风险之间两相权衡，尚难认为符合比例原则。
总统府方面还表示，马英九可以透过视频会议的方式发表演讲，并援引先例称马英九曾多次透过视频会议方式举行国际活动或会谈。
这也是自2008年台湾正、副总统适用《国家机密保护法》后，首次有卸任总统在3年管制期间提出出境申请。台湾总统府声明称，过去并没有对是否准许类似个案建立完整的审酌与评估流程，而应借由此案处理过程，建立具有公信力的审核机制。
声音
马英九根本是故意挑战程序，要挑战蔡政府底线，且卸任总统出国，本来就会涉及国家机密，他还挑了个中国香港去，且卸任元首有三年内境管问题，马也无法说明，此趟出访是否涉及泄密，因此总统府的判断是正确的，也为未来卸任总统订下一致标准。
相信大陆方面很关注此事，而此事将令蔡英文政府打开两岸关系大门的难度愈来愈大。