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在台湾总统当选人蔡英文表示就任总统后仍会续任民进党主席后，引发外界质疑。国民党中央委员张斯纲批评蔡英文前后不一，更有网友找出她在2009年时批评马英九在担任总统期间兼任国民党主席是“丧失制衡机制”、“有很大宪政风险”的言论，认为她“自己打脸”。
我说过的话我当然自己要去承担，那我们昨天的这个决定，主要是为了要去适应现在所要去面对的新的政治情势。那现在看起来最适合做整合的人大概就是总统兼主席的这样的安排。
蔡英文也于3月3日首度回应事件。她表示，兼任党主席是为了“适应现在所面对的新的政治情势”，如今政党再轮替、民进党首次在立法院取得过半议席，必须建立有效率、能沟通整合的团队，让政见最有效率地执行。
她又提到两项重要的民进党党章修改：一是未来行政部门的政务官不再兼任党职，让行政团队有更大空间；二是执政期间将地方执政首长、党团三长这些具有民意基础的公职人员纳入民进党中常会、中执会，让两会有更好的民意基础，可以避免“党意凌驾民意的情况”。
蔡英文又表示，由于这两项修改需要整合执政县市、立法院等多个有民意基础的团队，而只有总统兼党主席的人，才最适合进行这样的整合工作。
3月3日报导：考量党政协调，蔡英文就任总统后将继续担任党主席
民进党于3月2日召开中央执行委员大会（中执会），总统当选人蔡英文在会上表示，将在今年5月20日就任总统后继续担任民进党主席。
民进党上一次执政时，时任总统陈水扁曾以“党政同步”原则推动修订党章，规定民进党籍总统可在任期内兼任党主席。此外，民进党党章13条、15条也规定，民进党籍副总统、总统府秘书长、行政院长是该党“当然中常委”，而民进党籍总统府副秘书长、中央政府院长、副院长、秘书长、政务委员、部会正副首长等政务官则为“当然全国党代表”。
而为了因应全民政府及行政中立的原则，此次中执会通过党章研修草案，拟于4月9日召开临时全代会，移除政府要员担任民进党当然中常委、当然全国党代表的相关规定。
但有中执委提出，若这一修正案获得通过，未来民进党中常会中将缺乏行政系统代表，因此纷纷“劝进”蔡英文兼任党主席。
多位中执委认为，总统兼任党主席是为落实政见、加强党政协调，未来走向党政同步。
据中央社引述媒体报导，蔡英文本不想兼任党主席，但为避免选党主席引发党内斗争，以及近来部分民进党立委推出争议法案（如总统交接条例、废除国父遗像等）与蔡英文施政策略不同步，在考量党政协调和落实竞选政纲，蔡英文最终同意兼任党主席职务。
另据风传媒报导，蔡英文原本希望由高雄市长陈菊来接掌民进党主席，但陈菊为确保市长一职能顺利交棒，没有意愿担任党主席。
国民党政策会执行长赖士葆对蔡英文的决定表示“尊重”。但他认为，党主席必须捍卫党的利益，若党的利益与全民利益有冲突，就无法做到“全民总统”。他还指出，前总统陈水扁、总统马英九兼任党主席都“做得很糟”，提醒蔡英文不要犯前人的错，把立法院当成行政部门的橡皮图章。
昔日曾批评马英九兼任国民党主席是“毁宪乱政”的前民进党主席谢长廷，此次则对蔡英文的兼任表示支持。他指出，民进党籍立法院长苏嘉全已退出党务，且行政要职担任当然中常委、党代表的规定也都拟被删除，这些措施都可避免总统未来集权或扩权。
声音
全民给了民进党期待，党主席就有责任，怎么让民进党的基层声音能够完全传达，基层声音就代表人民声音。
蔡英文兼任党主席，更能够让党务成为政务后盾，有利政务推动以及落实总统竞选的政见。
总统兼任党主席，无异较为方便搭建党政沟通平台，然而一旦兼任，总统在宪法上超然、仲裁的地位，恐将立即受到质疑；用人及决策，也容易受制于所属政党，难以大开大阖。