国民党于10月17日召开临时全国代表大会（临时全代会），出席会议的891位党代表以逾九成（812票）的大比数通过了废止洪秀柱代表国民党参选总统的提名案，并征召国民党主席朱立伦参选总统。洪秀柱在会上表示，废止提名的做法在合理性、正当性和程序合法性上都有高度争议，自己无法认同，但身为党员唯有被迫接受；而朱立伦则再次向洪秀柱致歉，并称自己将勇敢承担党内同志的托付。
孤臣可弃，但绝不折节！党可以不要我，秀柱绝不会放弃党！
洪秀柱还在发言中重申了自己在两岸问题上的立场，称完全了解国民党目前的两岸论述，即“九二共识、一中各表”的历史贡献，但认为它“仅维持两岸关系脆弱地稳定”；而自己作为总统参选人，希望“再进一步”，故提出在五个前提下签署两岸和平协定，并称“如果本党的总统参选人不敢坚持这点，这才是违反党章，背离民意！”
端传媒特约撰稿人乔侠青曾分析，“换柱”之所以成为现实，与国民党内“统派”和“维持现状派”的路线之争有关。寻求两岸统一的国民党“统派”在目睹去年“九合一”选举惨败后，认为有必要将国民党拉回寻求统一的“正确道路”，洪秀柱正是代表他们参选。然而“统派”在意的并不是选举获胜，而是借机宣传自己的两岸理念。当国民党中央意识到这一点，受影响的不只总统大选，还有立委选举，“换柱”也就势在必行。
朱立伦亦在表决前发表讲话。他先向全体党员三鞠躬致歉，称自己作为党主席“努力不够、沟通不足”，造成了洪秀柱的委屈和困扰。但他指出，距离总统和立委选举不足百日，而国民党“选情空前低迷，情势空前危险”，因此不得不重新调整。他强调，明年的大选不仅关乎国民党的利益，也关乎国家的利益，若由“一向主张台湾独立、逢中必反的党派”胜出，中华民国、台海稳定等都可能受到威胁。
在现场与会党代表以举手表决的方式决定废止洪秀柱的参选资格后，国民党中央提名审核委员会随即召开会议，决定征召朱立伦参选总统，该提案经临时中央常务委员会（中常会）通过，后由临全会代表们起立鼓掌通过。
获得参选资格后，朱立伦随即向蔡英文下“战书”，辩论两岸关系，要求她说明如何面对“中华民国”、希望维持的又是哪种“现状”。朱立伦又承诺，若当选总统将会进行国会改革，而自己每年也都会到立法院进行国情报告，并接受重要政党代表的谘询。他又形容明年大选是一场“不可能的任务”，但自己会在“险中求胜、败中求胜”。
身兼新北市市长的朱立伦还对新北市市民表示歉意，称去年6月参选市长时曾承诺做满任期，因此迟迟没有做出参选总统的决定。有媒体引述消息称朱立伦倾向于“带职参选”，不会辞去市长职务，只会请假。而新北市政府发言人则称朱立伦将在下周作出“正式完整公开说明”。
“换柱”表决结束后，洪秀柱到会场外与数百名支持者对话。有支持者建议她改选国民党主席，洪秀柱回应称“如果这是你们期望的道路，我会努力”。洪秀柱又呼吁党员们不要退党，但并没有呼吁支持者支持朱立伦参选。
声音
在这次选举过后，未来当我们谈到民主制度的建立，以及程序正当性的捍卫时，本党今日所为，究竟会如何载入辉煌的党史呢？
如果明年大选，本党全面失利，台湾还会有民主的制衡吗……如果经常性采取群众抗争、霸占主席台、肢体冲突、拒绝被质询……这些从政模式的党派，全面当权，台湾还会有民主吗？
“换柱”是性别问题也是民主机制问题……国民党男性不参选2016总统大选，洪秀柱挺身而出，而这些人却在背后搞各种动作，硬要把洪秀柱换下来，这是更应该检讨的地方。
对照过去7年来马英九总统总是把执政失败责任推给国际环境、推给在野党，朱立伦今天的讲话，让人看到另外一个马英九。