中国大陆于今年7月1日起对台免签，并在福建省试点推行卡式台胞证，台湾居民只要持台胞证就可以免签进出大陆。9月21日，大陆宣布全面启用新版卡式台胞证，并停发原来的纸版台胞证，此举引起台湾方面不满。台湾行政院院长毛治国指两岸未完成协商，大陆单方面宣布的做法非常不妥。而新证件在信息安全、是否令台湾“内国化”等方面，亦在岛内受到广泛质疑。
好歹商量一下，太不尊重我们了。
台湾行政院院长毛治国称，“看报纸才知道”这一消息，认为此举“伤害台湾人民感情”、“非常不满意”，并表示陆委会此前已向大陆方面表达诉求，认为推行卡式台胞证需要等台湾方面厘清相关议题后才实施。台湾陆委会也在声明中称，“大陆的作法欠缺完善思考及周延配套，也没有与我方进行良好的沟通，作法上不尊重我方”。
民进党立委邱志伟认为，事件反映大陆没把陆委会放在眼里，两岸对等协商机制已逐步失灵。陆委会则表示，已促请陆方厘清外界疑虑，并呼吁对方在有关两岸重大措施调整的问题上，强化事前沟通。
除程序问题外，卡式台胞证也引发安全性质疑。与纸版相比，卡式台胞证内嵌智能芯片，台湾政治大学国关中心主任丁树范认为，新证便于定位个人行踪、监控能力更强，“不仅隐私权丧失，国安危机更大”。但台湾行政院官员回应称，该芯片没有射频功能，无需担心被定位。
还有人担心，卡式台胞证令台湾被矮化。台联党立委赖振昌认为，卡式台胞证类似香港、澳门民众的“回乡证”，此举形同把台湾“内国化”。国民党立委林郁方则认为，台湾是民主社会，享受便民措施不等于支持两岸统一，“不需要太多忧虑”。
面对岛内忧虑，大陆国台办发言人马晓光21日表示，卡式台胞证是对纸质台胞证的电子化改版，名称、功能等均未改变，是为了“进一步便利两岸同胞往来，推动两岸同胞之间的交流”。上海台湾研究所常务副所长倪永杰也指出，卡式证件机读起来更方便，且便于携带、不易毁坏，符合新的技术要求及规范。他又强调，不应用“台独”立场看待卡式台胞证。
声音
陆方单方面认为，卡式台胞证对台湾民众是很方便的措施，适用范围、对象，都和以前纸本台胞证一样；但是，台湾民众还是有一些疑虑……我们要求陆委会一定要跟陆方沟通清楚，解除大家疑虑之后再公布实施比较好。
很多台湾人民都对隐私权、资安问题有疑虑，因此政府在处理此事时，务必要透过协商将人民担心的问题处理好。
此事充分显示马（英九）当局对两岸问题的处理失去主动性，既不能协商于前，又无法善了于后。
大陆其实对台湾民众免签已研议多时，即使台湾总统大选将近，仍不避讳在这个时间宣布。意在凸显只要能强化台湾民众对大陆的支持，大陆都会持续进行。