日本首相高市早苗与菲律宾总统马科斯（Ferdinand Marcos Jr.）于5月底在东京会面，宣布双方成为「全面战略伙伴」，并启动专属经济区（EEZ）与大陆架划界谈判。由于谈判范围涉及台湾东部海域，台方要求日菲两国须考虑台湾的主权与立场。而中国则重申台湾是「中国不可分割的领土」，并指日菲在台湾东部海域的计划侵害中方海洋权益，并于6日表示在台湾东部海域展开执法行动，声称是回应日菲的海域划界谈判。
面对中方行动，台湾海巡署6月7日回应称侦测到四艘中国公务船，自厦门港出港航往至台湾西南海域，沿着距离台湾12至24海浬的限制水域线外航行。海巡署说，已调派淡水舰、吉安舰、高雄舰、长滨舰及花莲舰等五艘舰艇部署，并前推100吨级巡防艇至24海浬线上协助监控，中国公务船全程未进入台湾限制水域内。台方指，中国的行动违反国际法。
日菲海域划界
日本与菲律宾在东京峰会后签署联合声明，指双方同意根据《联合国海洋法公约》（UNCLOS）展开正式海域边界谈判，旨在厘清专属经济区与大陆架范围。BBC报导指，若谈判成功，将建立从日本冲绳列岛西南的八重山群岛（Yaeyama Islands）到菲律宾最北端的巴丹群岛（Batan Islands）的经济与安全界线，而这将抵触中国宣称拥有该海域及台湾主权的说法。
专属经济区（Exclusive Economic Zone，EEZ）是根据《联合国海洋法公约》划定，公约指沿海国可从领海基线向外主张最多200海浬的专属经济区，并要求相关国家以协议达成公平解决相关的专属权利及管辖权。
分析指，日菲的合作显示两国关系大幅升温，且被视为在美日菲既有合作框架之外，各国主动打造区域军事与经济联盟的战略布局。而看似技术性的海域划界，事实上更攸关印太地区的国家权益问题。
日本担忧中国的军事扩张，因此高市政府延续前首相安倍晋三的「自由开放的印太」（FOIP）政策强化与菲律宾合作；而菲律宾长期与中国在南海存在主权争议问题，双方多次发生冲突，因此菲律宾也希望加强与他国合作，抵御中国在南海的威胁。
华府智库大西洋理事会（Atlantic Council）非常驻研究员宋文笛向BBC分析，日菲并未公开和台湾政府与中国政府谈判，似乎回避了两岸关系的主权争议。但他认为，在低调外交方面，台日菲三方形成更一致的印太战略定位方向。
华府智库哈德森研究所（Hudson Institute）非常驻研究员长尾贤（Satoru Nagao）分析，由于台湾的东部海域是中国攻下台湾的重要战略要地，因为来自美国、日本与菲律宾等国的补给须经过此处，「中国极有可能逐步在该区域部署力量，从海警逐步升级到海军」，日、菲透过专属经济海域划界确立权利，是一种预防性措施，也等同于对台湾的间接支持。
而菲律宾大学迪里曼分校助理教授安天浩（Enrico V. Gloria）指，菲律宾正在试图建立更大的伙伴网络，与日本进行专属经济海域划界谈判，「反映菲律宾正在地区秩序塑造中扮演更积极的角色，因为它已不能再把仰赖美国视为理所当然。」
台湾反应
台湾政坛对于日菲划界谈判有不同声音，在野的国民党多日来批评执政党与外交部对日菲的态度不强硬，指划界谈判协议可能影响台湾的海洋权益及国家利益。国民党并要求外交部得声明不接受将台湾排除在外的谈判结果、争取加入日菲的协商及要求海巡署需实施护渔专案。
台湾外交部于6月5日表示，日本及菲律宾的划界谈判与结果不影响台湾依国际法及海洋法所享有的主权权利，也不影响台日或台菲双边既有渔业协定的执行。这不仅已获得相关国家公开确认，也是基于《维也纳条约法公约》及国际司法判例中，双边条约或协定仅对缔约国有效的法律依据。外交部并称，已向日菲表达台湾的主权与权利，但强调未提出加入谈判。
8日，日本台湾交流协会则指，划界协定仅适用于协定签署国日本及菲律宾的权利与义务，并不对第三方产生法律约束力。协会补充，日本方认为，此项谈判将成为在自由开放的印太地区基础下，依据国际法和平解决争端的良好范例。
中国反击
中国外交部发言人毛宁于5月29日的记者会上表示，中国拥有台湾东部的海域专属经济区及主权，「日、菲启动所谓海域划界谈判，严重侵害中方海洋权益，严重违反包括《联合国海洋法公约》在内的国际法和国际关系基准则，中方对此强烈不满，坚决反对，已分别向日、菲提出严正交涉。」
毛宁指，日、菲的划界谈判完全非法无效，不会对中方在台湾以东海域的权利主张及行使自身合法权利造成任何影响。
中国海警6月1日在台湾以东海域展开执法巡查。中国央视旗下新媒体《玉渊谭天》发文称，此举「就是为了展示我们对台湾岛以东相关海域的管辖权。」
海洋专家杨霄向《玉渊谭天》表示，「中国海警在台湾东部海域的执法就是中国对国际海洋法规的阐释。」
除了6日中国宣称在台湾东部进行「执法行动」之外，6月5日，台湾政府表示，台湾与中国的海巡船舰在南海顶端附近的东沙群岛发生对峙。台湾海巡署指这是两周内二度发生此类事件，「此举不仅破坏了台湾海峡和平稳定的现状，也使中国成为两岸及区域事务的麻烦制造者。台湾的海洋主权绝不容挑战。」
报导指，东沙群岛位于台湾南部与香港之间，由台湾实际管辖。但不过，由于距台湾本岛逾400公里（约250英里），部分安全专家认为该群岛容易遭受中国侵占。东沙群岛是一环礁，同时也是台湾的国家公园，不过，台湾在此部署的防卫力量有限，由海巡署负责。中国在台湾周边开展军事和准军事行动，多次进入东沙群岛海域活动，并宣称主权。台方则拒绝北京的主权主张。
此外，路透社于6月4日报导，根据卫星图像，黄岩岛（Scarborough Shoal，菲律宾称「斯卡伯勒礁」）入口处出现一处构造物，但后续图像显示该物体已不复存在。据分析师研判，显示环礁入口处疑似出现一个浮筏或浮标，此外在5月27日及29日的图像中，还可见一道横跨入口的屏障。菲律宾则称，已就该事件展开调查。
6月5日，毛宁在记者会上回应表示，黄岩岛是中国的领土，中国有其附近海域的主权，「中国在黄岩岛开展包括科考在内的任何活动都是主权国家的正当权利。」
中国与菲律宾在南海存在主权争议，黄岩岛的主权问题就是其中一项。2016年，位于荷兰海牙的常设仲裁法院就南海多项争端作出裁决，总体上倾向支持菲律宾立场，但黄岩岛主权归属问题则不在其审理范围之内。不过法院指，中国多次封锁黄岩岛的行为违反国际法，因为黄岩岛是包括中国、菲律宾及越南在内多国的传统渔场。
2025年，中国宣布在黄岩岛设立国家级自然保护区，遭菲律宾抗议，菲方形容此举是「企图占领的明显借口」。
