近来保护藻礁、反对中油兴建第三天然气接收站的公投连署，因为国民党的支持而导致支持环保运动中、特别是反国民党的民众内部的严重对立。

对保护藻礁公投有所疑虑、甚或大力抨击的人士，一来是担心保护藻礁公投会拉高国民党所推动的重建核四公投的投票率，乃至于因此创造国民党在下次选举再起的契机；二来也担心燃气发电厂无法顺利运作，会使得台湾在防疫成效下，台积电等护国神山扩充产能所带动的经济成长无以为继，其后果有可能是造成核四必得重启，或是削弱台湾的经济实力，以致让中国并吞台湾的野心更有实现的可能。

再加上关于发起护藻礁连署的核心人物的一些传闻，更使得参与推动护藻礁连署的一些环保团体及其主事者背负了支持重启核四，甚或宁可让国民党复辟、让中国得以趁虚而入的罪名。