马绍章和海基会的渊源，要从2008年底说起。众所周知，那一年马英九当选总统，两岸关系全面回暖，马英九5月20日才就职，6月11日新任海基会董事长江丙坤就率团访问北京，签下“两岸直航”和“陆客赴台观光”两项协议。但年底海协会长陈云林回访台湾，全程抗议声不断，抗议人士甚至包围国民党荣誉主席吴伯雄宴请陈云林的酒店，宾主尴尬狼狈不堪。

这一次江陈会后，马英九政府决定下重手改组海基会，多位民进党时期进用的高阶干部相继离职。马绍章就在这场被外界形容为“清绿”的改组中，接下了海基会副秘书长，2014年2月调升为副董事长并兼原职。

但早在任职海基会之前，马绍章就开始接触两岸事务。2005年国民党主席连战访问中国大陆的“破冰之旅”，马绍章是核心幕僚之一。连战在北大的演讲，初稿就是出于马绍章之手。