虽然特朗普刚刚为“维基解密”（WikiLeaks）创办人阿桑奇（Julian Assange）澄清解密电邮并非来自俄罗斯的言论点赞，但美国国家情报总监显然并不同意这一结论。
1月5日，美国参议院军事委员会就俄罗斯干预美国大选的传闻举行听证会。国家情报总监（DNI）克拉珀（James Clapper）在会上表示，确信俄罗斯从多个层面介入了此次美国大选，其行动不仅包括发动网络攻击和泄露民主党全国委员会（DNC）的电子邮件，还包括传统的舆论煽动、以及制造和散布假新闻等等。
此外，出席这场听证会的情报机构长官称，目前已分析了俄罗斯干预此次大选的动机，计划周四晚些时候向美国总统奥巴马提交调查报告，周五时也将与特朗普进行讨论。这份报告的公开版本预计将于下周发布。
我不认为在我们的选举史上，有遇到过比这次更具侵略性、更明目张胆的干预。
克拉珀的言论，被外界认为是凸显了特朗普与情报部门之间的矛盾。就在听证会前一天，特朗普还在 Twitter 上引用阿桑奇的发言，批评美国情报部门对他当选正当性的质疑。克拉珀在听证会回应称，欢迎对调查结论进行讨论，但同时不点名批评特朗普，强调“质疑与诋毁是有区别的”。
特朗普和情报部门间紧张的关系，也引发外界对于他上任后会否削弱情报部门权力的猜测。路透社援引消息人士称，特朗普过渡团队对于未来是否削弱情报系统的地位意见不一。特朗普任命的国家安全顾问弗林（Michael Flynn）据称有意重组情报部门并削弱国家情报总监办公室（ODNI）的权力，但也有消息指特朗普目前对此并没有下决定。
就在听证会举行的同一天，曾多次对俄罗斯总统普京表达欣赏的特朗普，却任命了一名对俄立场一贯强硬的国家情报总监。新总监柯慈（Dan Coats），曾担任印第安纳州参议员，在2013年末至2014年初的乌克兰亲欧盟示威运动期间，他曾推动奥巴马政府对俄罗斯进行制裁，并在2014年被俄罗斯当局列为须受旅游和财务限制的9名美国国会议员之一。有分析认为，这显示特朗普并没有计划未来要削弱 ODNI 的权力。